Análise de genes diferencialmente expressos associados à tolerância ao frio em seringueira (Hevea brasiliensis) : Analysis of differentially expressed genes associated with cold tolerance in rubber trees (Hevea brasiliensis)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Bavaresco, Ramir Junior, 1994-
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640561
Resumo: Orientadores: : Anete Pereira de Souza, Carla Cristina da Silva, Camila Campos Mantello
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Apesar de a seringueira (Hevea brasiliensis) ser uma espécie nativa da floresta amazônica, cujas condições edafoclimáticas são ótimas para seu crescimento e produção, nesta região ocorre o fungo Pseudocercospora ulei, causador do mal-das-folhas, principal doença que acomete a heveicultura, no Brasil. Desta forma, as plantações de seringueira se expandiram para regiões de escape do fungo, porém sob condições de estresses abióticos, como frio e seca, que limitam seu crescimento e produção de látex. Os programas de melhoramento genético em seringueira buscam por genótipos tolerantes às condições de estresse abiótico impostas pelas regiões de escape. Todavia, o ciclo completo do melhoramento genético de seringueira leva de 20 a 30 anos para obtenção e recomendação de um novo genótipo. Como uma alternativa, o emprego de técnicas de biologia molecular associados às ferramentas de bioinformática podem contribuir no conhecimento genômico sobre a espécie, como na identificação de genes e vias associados às condições de estresse abióticos e, consequentemente, auxiliar os programas de melhoramento reduzindo áreas experimentais e tempo para obtenção de novas variedades. Dentre as técnicas, o sequenciamento de RNA mensageiro (RNA-Seq) por sequenciadores de nova geração (NGS) se tornou uma ferramenta muito importante na busca de genes responsáveis por caracteres agronômicos de interesse. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo investigar o perfil de expressão dos genótipos GT1 e RRIM600, os quais apresentam estratégias diferentes ao estresse por resfriamento. Para isso, foram realizadas análises de expressão diferencial e redes de coexpressão gênica. Utilizamos os genes de Heat-Shock Proteins (HSPs) diferencialmente expressos para criar sub-redes de genes coexpressos com HSPs possivelmente envolvidos na resposta ao frioAbstract: The rubber tree is the largest source of natural rubber in the world, whose raw material is used in the manufacture of more than 50,000 products, with a fundamental role in the tire industry. Besides, latex has unique physicochemical properties and cannot be entirely replaced by synthetic rubber. Although the rubber tree (Hevea brasiliensis) is a species native to the Amazon rainforest, whose edaphoclimatic conditions are excellent for its growth and production, in this region also occurs the fungus Pseudocercospora ulei, which causes SALB (South American leaf blight) the main disease that affects rubber cultivation in Brazil. Thus, the rubber plantations expanded to escape areas without the occurrence of the fungus, such as the southeast plateau, but under conditions of abiotic stresses, such as cold and drought, which limit their growth and latex production. The rubber breeding programs seek genotypes tolerant of the abiotic stress conditions imposed by the escape regions. The complete cycle of genetic improvement of rubber takes 20 to 30 years to obtain and recommend a new genotype. As an alternative, the use of molecular biology techniques associated with bioinformatics tools can contribute to genomic knowledge about the species, such as in the identification of genes and pathways associated with abiotic stress conditions and, consequently, assist breeding programs by reducing experimental areas and time to obtain new varieties. Among the techniques, the sequencing of messenger RNA (RNA-Seq) by Next Generation Sequencing (NGS) has become an important tool in the search for genes responsible for agronomic characters of interest. Thus, the present study aimed to investigate the expression profile of the GT1 and RRIM600 genotypes, which present different strategies for cooling stress. For this, the analysis of differential expression and networks of gene coexpression was carried out. We use differentially expressed Heat-Shock Proteins (HSPs) genes to create sub-networks of genes coexpressed with HSPs possibly involved in the cold responsMestradoGenética Vegetal e MelhoramentoMestre em Genética e Biologia MolecularCAPES88887.200429/2018-00FAPESP2018/23831-9[s.n.]Souza, Anete Pereira de, 1962-Silva, Carla Cristina da, 1978-Mantello, Camila Campos, 1985-Padilha, LilianRibeiro, Rafael VasconcelosUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASBavaresco, Ramir Junior, 1994-20202020-09-28T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online ( 86 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640561BAVARESCO, Ramir Junior. Análise de genes diferencialmente expressos associados à tolerância ao frio em seringueira (Hevea brasiliensis): Analysis of differentially expressed genes associated with cold tolerance in rubber trees (Hevea brasiliensis) . 2020. 1 recurso online ( 86 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640561. 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