Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Peixoto, Bruno Malveira, 1987-
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1620774
Resumo: Orientadores: Zanoni Dias, Guilherme Pimentel Telles
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spelling Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômicaClassification of sequences and diversity analysis in metagenomicsMetagenômicaBioinformáticaBiodiversidadeMetagenomicsBioinformaticsBiodiversityOrientadores: Zanoni Dias, Guilherme Pimentel TellesDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de ComputaçãoResumo: Metagenômica é o estudo genético de uma amostra ambiental, e permite a análise de organismos incultiváveis em laboratório. É uma área de estudo nova e possui muitos desafios computacionais, com poucas ferramentas dedicadas disponíveis. O objetivo deste trabalho é realizar um estudo metagenômico da diversidade de organismos microbianos de amostras da unidade de compostagem da Fundação Parque Zoológico de São Paulo, analisando e comparando os programas e métodos existentes. O estudo das comunidades microbianas que ali vivem é de grande importância para um melhor entendimento do papel biológico desses organismos. Dados simulados foram testados para validar os métodos utilizados com os dados reais e os resultados mostram que mesmo programas conhecidos são sensíveis aos bancos de dados de referência que utilizamAbstract: Metagenomics is the genetic study of an environmental sample, and allows the analysis of non-culturable organisms. It is a new area of genetic study and has many computational challenges, with few dedicated tools available. The objective of this work is to realize a metagenomic study of the microbial diversity of samples from the composting unit of Fundação Parque Zoológico de São Paulo, analyzing and comparing existing programs and methods. The study of the microbial communities that live there is of great importance to a better understanding of the biological role of these organisms. Simulated data were tested to validate the methods we used with the real data and the results show that even well-known tools are biased by the reference databases it usesMestradoCiência da ComputaçãoMestre em Ciência da Computação[s.n.]Dias, Zanoni, 1975-Telles, Guilherme Pimentel, 1972-Setubal, João CarlosZerlotini Neto, AdhemarUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de ComputaçãoPrograma de Pós-Graduação em Ciência da ComputaçãoUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASPeixoto, Bruno Malveira, 1987-2013info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf77 f. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1620774PEIXOTO, Bruno Malveira. Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica. 2013. 77 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1620774. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/910355porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T07:03:11Zoai::910355Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T07:03:11Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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