Caracterização genético-molecular em Panicum maximum : identificação de marcadores moleculares SNPs e mapeamento genético

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Fornezari, Camila, 1990-
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1633363
Resumo: Orientador: Anete Pereira de Souza
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spelling Caracterização genético-molecular em Panicum maximum : identificação de marcadores moleculares SNPs e mapeamento genéticoGenetic-molecular characterization of Panicum maximum : identification of SNPs markers and genetic mappingMarcadores molecularesPolimorfismo de nucleotídeo únicoMapeamento cromossômicoGramíneaMolecular markersPolymorphism single nucleotideGene mappingGrassesOrientador: Anete Pereira de SouzaDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A espécie Panicum maximum, também conhecida como capim-colonião, é tida como uma das gramíneas mais importantes e difundidas do Brasil, entretanto, embora o país possua excelentes programas de melhoramento, nossas pastagens ainda são cultivadas predominantemente em sistemas de monocultura, o que vulnerabiliza a cadeia produtiva. Desta forma, estudos que visem a caracterização molecular da espécie são de suma importância para o sucesso e o aceleramento do lançamento de novos cultivares. O presente estudo visou a identificação de marcadores moleculares do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (single nucleotide polymorphism - SNP) relacionados a características de interesse para os programas de melhoramento (fixação de nitrogênio, metabolismo do carbono, resistência e produção de lignocelulose) e a construção de um mapa genético-molecular para a espécie. Para tanto, foram identificados 86.312 SNPs e, a partir desse conjunto, 147 marcadores presentes em genes das vias de interesse foram selecionados e validados via espectrometria de massas. Estes marcadores, aliados a um conjunto de marcadores do tipo microssatélites (simple sequence repeat ¿ SSR) previamente desenvolvidos para a espécie, foram utilizados para a construção de mapas genéticos utilizando os programas TetraploidMap e OneMap. Utilizando a metodologia do programa TetraploidMap, foi obtido um mapa genético para cada um dos parentais da população de mapeamento de Panicum maximum. O mapa do genitor S10 contou com 113 marcadores posicionados e cobriu uma distância de 808,4 cM, distribuídos em 10 grupos de ligação. O mapa do genitor Mombaça, foi construído a partir da ligação de 119 marcadores, cobrindo uma distância total de 897,1 cM e contando com 13 grupos de ligação. Com o auxílio do software OneMap, por sua vez, foi obtido um mapa com 122 marcadores moleculares posicionados, distribuídos em 32 grupos de ligação e 1.248 cM. Assim, pela primeira vez, foi possível a construção de um mapa genético para a espécie constituído de marcadores do tipo SNP e SSRAbstract: Panicum maximum, also known as Guineagrass, is one of the most important and widespread grasses of the country, nevertheless, although Brazil has excellent breeding programs, our pastures are still cultivated mainly in monoculture systems, which cause a vulnerability on the productive chain. Thus, studies that aim the molecular characterization of the species are of great importance to the success and acceleration of the launching of new cultivars. The present study aimed the identification of single nucleotide polymorphism (SNP) markers related to interest traits for the breeding programs (nitrogen fixation, carbon metabolism, resistance and lignocellulose production) and the construction of a molecular map for the species. For that, it was identified 86.312 SNPs and, from this, 147 markers present on the genes of the pathway of interest were selected and validated through mass spectrometry. These markers, together with a previous developed set of markers from the microsatellites type (simple sequence repeat ¿ SSR), were used for the construction of genetic maps using TetraploidMap and OneMap computational programs. Using the methodology of the TetraploidMap, it was obtained a genetic map for each parental of the population. The S10 parent map had 113 markers and covered 808,4 cM, distributed in 10 linkage groups. The parent map for Mombaça, was built from a connection of 119 markers, covering 897,1 cM and 13 linkage groups. With the aid of the software OneMap, it was constructed a map with 122 molecular markers, distributed in 32 linkage groups and 1.248 cM. Therefore, for the first time, it was possible to build a genetic map for the species consisting of markers of the SNP and SSR typesMestradoGenética Vegetal e MelhoramentoMestra em Genética e Biologia Molecular[s.n.]Souza, Anete Pereira de, 1962-Cançado, Geraldo Magela de AlmeidaRosa, João Ricardo Bachega FeijóUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASFornezari, Camila, 1990-20172017-02-17T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (102 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1633363FORNEZARI, Camila. Caracterização genético-molecular em Panicum maximum: identificação de marcadores moleculares SNPs e mapeamento genético. 2017. 1 recurso online (102 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1633363. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/995336Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2019-03-29T16:37:52Zoai::995336Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2019-03-29T16:37:52Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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