Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Derami, Mariana Silveira, 1991-
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953
Resumo: Orientadores: Wanderley Dias da Silveira, Renato Pariz Maluta
id UNICAMP-30_adaae240ccaea731acc58be46e2b3815
oai_identifier_str oai::1097793
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  Comparison between the respiratory tract microbiome of healthy chickens and chickens diagnosed with colibacillosis  MicrobiotaEscherichia coli patogenica aviariaSequenciamento de nova geraçãoColibaciloseMicrobiomeAvian pathogenic Escherichia coliNext-generation sequenceEscherichia coli infectionsOrientadores: Wanderley Dias da Silveira, Renato Pariz MalutaDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A presença de doenças nos pulmões altera as condições necessárias para o crescimento microbiano no trato respiratório, podendo alterar a composição da microbiota residente. Em aves, linhagens de Escherichia coli patogênicas (APEC - Avian Pathogenic Escherichia coli) estão associadas a doenças no trato respiratório. Pouco se conhece a respeito da microbiota do trato respiratório de aves. Neste trabalho, o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis (n = 6) e aves diagnosticadas com colibacilose (n = 14) foi identificado e comparado através da coleta de fragmentos do pulmão e traqueia. O microbioma foi acessado através da técnica de 16S rRNA next-generation sequencing (NGS). Não se observou diferença significativa na comparação da média do número de táxons detectados no grupo de aves saudáveis (153,5 ± 64,22) em comparação com o grupo de aves doentes (101,57 ± 58,43) (p = 0,0935), assim como na avaliação da riqueza e diversidade, pelos índices de Chao1 e Shannon. Os táxons mais abundantes encontrados em amostras de aves doentes, foram Eschericha/Shigela e Lactobacillus com uma abundância de 36,6 e 50,3 vezes em relação às aves saudáveis, respectivamente. Em amostras de aves saudáveis o táxon mais presente foi Staphylococcus. Os resultados demonstram que há uma tendência na diminuição da riqueza e diversidade microbiana no trato respiratório de aves diagnosticadas com colibacilose. Através da técnica de eletroforese de campo pulsado (PFGE), o perfil genômico de 22 isolados de E. coli positivos para todos os marcadores de APEC (ompT, iss, hlyF, iroN e iutA) foram distribuídos em 14 pulsotipos. O sequenciamento de um isolado de cada pulsotipo permitiu a montagem de uma árvore filogenética que em comparação com o dendrograma, apresentou padrão diferente no agrupamento das amostrasAbstract: The presence of diseases in the lungs alters the conditions necessary for microbial growth in the respiratory tract and may change the composition of the resident microbiota. In birds, Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) strains are associated with diseases of the respiratory tract. Little is known about the microbiota of the respiratory tract of birds. In this study, we identified and compared the respiratory tract microbiome of healthy chickens (n = 6) and chickens diagnosed with colibacillosis (n = 14) by collecting lung and tracheal fragments. The microbiome was accessed using the amplification of 16S rRNA gene and next-generation sequencing (NGS) technique. No significant difference was observed when comparing the average number of taxa detected in the healthy chickens (153.5 ± 64.22) to the chickens diagnosed with colibacillosis (101.57 ± 58.43) (p = 0, 0935), as well as in the evaluation of richness and diversity by Chao1 and Shannon indices. The most abundant taxa found in samples from diseased chickens were Eschericha / Shigela and Lactobacillus with an abundance of 36.6 and 50.3 times compared to healthy chickens, respectively. In healthy chickens¿ samples the most common taxon was Staphylococcus. The results show that there is a tendency to decrease microbial richness and diversity in the respiratory tract of chickens diagnosed with colibacillosis. Through the pulsed field electrophoresis (PFGE) technique, the genomic profile of 22 positive E. coli isolates for all APEC markers (ompT, iss, hlyF, iroN and iutA) were distributed in 14 pulsotypes. The sequencing of one isolate from each pulsotype allowed the assembly of a phylogenetic tree. Comparison between the phylogenetic tree to the dendrogram presented a different pattern in the assembling of the samplesMestradoMicrobiologiaMestra em Genética e Biologia MolecularFAPESP2016/17421-7, 2017/21904-6CAPES[s.n.]Dias da Silveira, Wanderley, 1956-Maluta, Renato Pariz, 1981-Leite, Domingos da SilvaMiranda, Márcio AndréUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASDerami, Mariana Silveira, 1991-20192019-11-14T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (60 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953DERAMI, Mariana Silveira. Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose   . 2019. 1 recurso online (60 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1097793Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2021-07-06T13:51:18Zoai::1097793Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2021-07-06T13:51:18Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
Comparison between the respiratory tract microbiome of healthy chickens and chickens diagnosed with colibacillosis  
title Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
spellingShingle Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
Derami, Mariana Silveira, 1991-
Microbiota
Escherichia coli patogenica aviaria
Sequenciamento de nova geração
Colibacilose
Microbiome
Avian pathogenic Escherichia coli
Next-generation sequence
Escherichia coli infections
title_short Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
title_full Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
title_fullStr Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
title_full_unstemmed Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
title_sort Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose  
author Derami, Mariana Silveira, 1991-
author_facet Derami, Mariana Silveira, 1991-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Dias da Silveira, Wanderley, 1956-
Maluta, Renato Pariz, 1981-
Leite, Domingos da Silva
Miranda, Márcio André
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Derami, Mariana Silveira, 1991-
dc.subject.por.fl_str_mv Microbiota
Escherichia coli patogenica aviaria
Sequenciamento de nova geração
Colibacilose
Microbiome
Avian pathogenic Escherichia coli
Next-generation sequence
Escherichia coli infections
topic Microbiota
Escherichia coli patogenica aviaria
Sequenciamento de nova geração
Colibacilose
Microbiome
Avian pathogenic Escherichia coli
Next-generation sequence
Escherichia coli infections
description Orientadores: Wanderley Dias da Silveira, Renato Pariz Maluta
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019
2019-11-14T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953
DERAMI, Mariana Silveira. Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose   . 2019. 1 recurso online (60 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953. Acesso em: 3 set. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953
identifier_str_mv DERAMI, Mariana Silveira. Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose   . 2019. 1 recurso online (60 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1637953. Acesso em: 3 set. 2024.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1097793
Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
1 recurso online (60 p.) : il., digital, arquivo PDF.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1809189155101474816

Registros relacionados