Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lustosa Mendes, Elaine, 1986-
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630
Resumo: Orientadores: Vera Gil da Silva Lopes, Isabella Lopes Monlleó
id UNICAMP-30_ba478119bcb1e88b96baa700854622dc
oai_identifier_str oai::1165346
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúdeChromosomal microarray analysis (CMA) in oral clefts : systematized approach for application in healthFenda labialFenda palatinaBanco de dadosDesequilíbrios genômicosAnálise de sequência com séries de oligonucleotídeosCleft lipCleft palateDatabaseGenomic imbalancesOligonucleotide array sequence analysisOrientadores: Vera Gil da Silva Lopes, Isabella Lopes MonlleóTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências MédicasResumo: Fendas orais típicas (FOT) têm prevalência global de 1:700 nascidos vivos e etiologias diversas. A técnica de Chromosomal Microarray Analysis (CMA) provou ser uma ferramenta importante para o diagnóstico etiológico de indivíduos com deficiências intelectuais. Entretanto, sua relevância na investigação de indivíduos com FOT ainda não foi completamente estabelecida. Objetivo: Identificar características clínicas para auxílio de suspeição de desequilíbrios genômicos e caracterizar a aplicação da técnica de CMA na investigação etiológica de FOT. Método: Estudo transversal e descritivo, a partir de indivíduos com FOT registrados na Base Brasileira de Anomalias Craniofaciais. Foram incluídos: indivíduos com FOT apresentando 4 ou mais sinais minor e nenhum defeito major (Fenda Oral Não-Sindrômica - FOTNS) e indivíduos com FOT apresentando pelo menos um outro defeito major, independentemente do número de sinais minor (Fenda Oral Sindrômica - FOTS-DCM). Foram excluídos: FOTS com etiologia conhecida e fendas orais atípicas. Desequilíbrios genômicos foram investigados em 100 indivíduos utilizando a plataforma Affymetrix® (GeneChip System CytoScan 750K ou CytoScan HD). A análise empregou o programa Chromosome Analysis Suite v.3.3 (Affymetrix®). Casos com variantes patogênicas e possivelmente patogênicas conforme recomendações internacionais foram agrupadaos para análise. A inferência de ancestralidade dos casos e controles foi obtida em painel de 345 SNP-AIMs (Single nucleotide polymorphism-Ancestry informative markers). A análise supervisionada de ancestralidade utilizou o software Admixture v.1.3.0. As populações parentais de referência foram obtidas de bancos de dados públicos. Resultados: Foram identificados nove casos com desequilíbrios genômicos, todos haviam sido classificados clinicamente como FOTS-DCM. Idade gestacional (p= 0,0078) e a média de peso (p= 0,0007), comprimento (p= 0,0009) e perímetro cefálico (p= 0,0108) ao nascimento foram menores no grupo com desequilíbrios genômicos. Em relação aos defeitos associados, a média de sinais minor (p= 0,009) foi estatisticamente maior nos casos com CMA alterado, bem como a presença de sinais major (p= 0,0044). A composição ancestral de indivíduos com FOT e os controles brasileiros está de acordo com a estimativa de estratificação de ancestralidade da população brasileira. Além dos desequilíbrios genômicos, foram identificadas 308 CNVs (Copy Number Variations), a análise destas quanto à classificação se FOTS-DCM, FOTNS ou controle mostrou diferença estatisticamente significante em 19 variantes, das quais dez estão presentes predominantemente em controles. Conclusão: A idade gestacional, biometria neonatal e presença de defeitos associados devem ser valorizadas como sinais de alerta de desequilíbrios genômicos em FOT. Não foram identificados novos genes causativos ou regiões de interesse para FOT. Regiões com CNVs específicas em indivíduos da população geral sugerem efeito protetor, o que deverá ser abordado em estudos futuros.Abstract: Typical oral clefts (OC) have an overall prevalence of 1:700 live births and different etiologies. The Chromosomal Microarray Analysis (CMA) technique proved to be an important tool for the etiological diagnosis of individuals with intellectual disabilities. However, its relevance in the investigation of individuals with OC has not been completely clarified yet. Objective: Identify clinical characteristics to aid in the suspicion of genomic imbalances and characterize the application of the CMA technique in the etiological investigation of OC. Method: Cross-sectional and descriptive study, from individuals with OC registered at the Brazilian Base of Craniofacial Anomalies. Individuals with OC showing 4 or more minor signs and no major defect (Non-Syndromic Oral Cleft - NSOC) and individuals with OC showing at least one other major defect, regardless of the number of minor signs (Syndromic Oral Clefts - SOC) were included. OCs with known etiology and atypical oral clefts were excluded. Genomic imbalances were investigated in 100 individuals using the Affymetrix® platform (GeneChip System CytoScan 750K or CytoScan HD). The analysis employed the program Chromosome Analysis Suite v.3.3 (Affymetrix®). Cases with pathogenic and possibly pathogenic variants according to international recommendations were grupped for analysis. The ancestry inference of the cases and controls was obtained from a panel of 345 SNP-AIMs (Single nucleotide polymorphism-Ancestry informative markers). Supervised ancestry analysis used Admixture v.1.3.0 software. The parental reference populations were obtained from public databases. Fisher's test was used for statistical analysis; a p-value of <0.05 was adopted. Results: Nine cases with genomic imbalances were identified; all had been clinically classified as SOCs. Gestational age (p= 0,0078) and the average weight (p= 0,0007), length(p= 0,0009) and head circumference (p= 0,0108) at birth were lower in this same group. Regarding the associated defects, the mean of minor signs was statistically higher (p= 0,009) in cases with genomic imbalances, as well as the presence of major signs (p= 0,0044). The ancestral composition of individuals with OC and the Brazilian controls is in accordance with the estimate of stratification of ancestry of the Brazilian population. In addition to genomic imbalances, 308 CNVs were identified their variation as to the classification whether SOC, NSOC or control identified a statistically significant difference in 19 variants of which ten are predominantly present in controls. Conclusion: Gestational age, neonatal biometrics and the presence of associated defects should be valued as warning signs of genomic imbalances in OC. No new causative genes or regions of interest for OC have been identified. Regions with specific CNVs in individuals in the general population suggest a protective effect, which should be addressed in future studies.DoutoradoGenética MédicaDoutora em CiênciasCAPES001FAPESP2012/51799-6[s.n.]Lopes, Vera Lúcia Gil da Silva, 1967-Monlleó, Isabella LopesMoreno, Carolina AraujoGuaragna, Mara SanchesMelo, Débora GusmãoBicudo, Lucilene Arilho RibeiroUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências MédicasPrograma de Pós-Graduação em Ciências MédicasUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASLustosa Mendes, Elaine, 1986-20202020-03-11T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online ( 179 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630LUSTOSA MENDES, Elaine. Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde. 2020. 1 recurso online ( 179 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1165346Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2021-06-24T11:50:14Zoai::1165346Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2021-06-24T11:50:14Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
Chromosomal microarray analysis (CMA) in oral clefts : systematized approach for application in health
title Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
spellingShingle Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
Lustosa Mendes, Elaine, 1986-
Fenda labial
Fenda palatina
Banco de dados
Desequilíbrios genômicos
Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos
Cleft lip
Cleft palate
Database
Genomic imbalances
Oligonucleotide array sequence analysis
title_short Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
title_full Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
title_fullStr Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
title_full_unstemmed Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
title_sort Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde
author Lustosa Mendes, Elaine, 1986-
author_facet Lustosa Mendes, Elaine, 1986-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Lopes, Vera Lúcia Gil da Silva, 1967-
Monlleó, Isabella Lopes
Moreno, Carolina Araujo
Guaragna, Mara Sanches
Melo, Débora Gusmão
Bicudo, Lucilene Arilho Ribeiro
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências Médicas
Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Lustosa Mendes, Elaine, 1986-
dc.subject.por.fl_str_mv Fenda labial
Fenda palatina
Banco de dados
Desequilíbrios genômicos
Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos
Cleft lip
Cleft palate
Database
Genomic imbalances
Oligonucleotide array sequence analysis
topic Fenda labial
Fenda palatina
Banco de dados
Desequilíbrios genômicos
Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos
Cleft lip
Cleft palate
Database
Genomic imbalances
Oligonucleotide array sequence analysis
description Orientadores: Vera Gil da Silva Lopes, Isabella Lopes Monlleó
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020
2020-03-11T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630
LUSTOSA MENDES, Elaine. Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde. 2020. 1 recurso online ( 179 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630. Acesso em: 3 set. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630
identifier_str_mv LUSTOSA MENDES, Elaine. Análise cromossômica em microarranjos (cromosomal microarray analysis CMA) na investigação etiológica de fendas orais : abordagem sistematizada para aplicação em saúde. 2020. 1 recurso online ( 179 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641630. Acesso em: 3 set. 2024.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1165346
Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
1 recurso online ( 179 p.) : il., digital, arquivo PDF.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1809189174407856128

Registros relacionados