Comparação de genomas completos de especies da familia Vibrionacea empregando rearranjo de genomas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Cogo, Patricia Pilisson
Data de Publicação: 2007
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1607178
Resumo: Orientador: João Meidanis
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spelling Comparação de genomas completos de especies da familia Vibrionacea empregando rearranjo de genomasA rearrangement-based approach to compare whole genomes of Vibrionacea strainsBiologia computacionalGenômicaFilogeniaComputational biologyGenomicsPhylogenyOrientador: João MeidanisDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de ComputaçãoResumo: A evolução das técnicas de seqüenciamento tornou possível a obtenção de uma enorme quantidade de dados genômicos. O desafio atual é analisar esses dados e construir novos conhecimentos a partir deles. Neste contexto, um problema importante e ainda em aberto é a criação de métodos de análise taxonômica de genomas completos. Especialmente para organismos procariontes, para os quais ainda não há um conceito claro de espécie, a comparação de genomas completos pode significar uma importante contribuição. Neste trabalho propomos uma metodologia para comparação de genomas completos baseada na teoria de Rearranjo de Genomas, aplicando-a a organismos da família Vibrionaceae ¿ uma família heterogênea que compreende organismos de cinco diferentes gêneros, incluindo o vibrião causador da cólera, uma doença grave e que ainda causa anualmente milhares de mortes em países em desenvolvimento. As distâncias genômicas obtidas quando analisamos separadamente cada um dos dois cromossomos que compõem o genoma desses organismos estão de acordo com as árvores filogenéticas construídas empregando outros métodos de comparação genômica. Esse resultado corrobora nosso método e a utilização da teoria de rearranjo de genomas como uma alternativa para análise de genomas completos. Além disso, pode indicar que os eventos modelados neste trabalho, como perda de genes, transferências horizontais, reversões entre outros, exercem um papel importante na evolução desses organismos. Compreender a dinâmica desses eventos e combiná-la a outros métodos de análise genômica pode significar um grande avanço para a construção de uma filogenia mais acurada para estes vibriõesAbstract: The evolution in genomic sequencing techniques has resulted in a large amount of genomic data. The challenge that arises from this scenario is to analyze these data and to extract from them relevant biologic information. In this context, taxonomic analysis of complete genome sequences is still an open problem. Futhermore, it is critical for procaryotes, which still lack a clear definition of species, and whose taxonomic classification is in continuous evolution, where complete genomes comparison may well play a significant role. In this work, we propose a methodology to compare complete genomes based on genome rearrangement theory. We have applied our method to organisms of Vibrionaceae family ¿ a heterogeneous family that comprehends organisms from five different genera, including the agent responsible for cholera, a severe disease in developing countries. The genomic distances obtained when we analysed each chromosome individually are in agreement with phylogenic trees built using other genomic methods. This result validates our method and the genomic rearrangement theory as an alternative to analyze complete genomes. It also can indicate the importance played by rearrangement events in the vibrio genomic evolution. The understanding of these events, combined with other genomic methods, can play an important role in the construction of a robust vibrio phylogenyMestradoBiologia ComputaçionalMestre em Ciência da Computação[s.n.]Meidanis, João, 1960-Walter, Maria Emília Machado TellesWainer, JacquesUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de ComputaçãoPrograma de Pós-Graduação em Ciência da ComputaçãoUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASCogo, Patricia Pilisson20082007-02-23T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf59f. : il.(Broch.)https://hdl.handle.net/20.500.12733/1607178COGO, Patricia Pilisson. Comparação de genomas completos de especies da familia Vibrionacea empregando rearranjo de genomas. 2008. 59f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1607178. Acesso em: 2 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/425656porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T05:12:30Zoai::425656Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T05:12:30Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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