Diversidade bacteriana de carnes dry-aged e wet-aged por sequenciamento de nova geração do gene 16s (rrna) : Bacterial diversity from dry-aged and wet-aged meat using new generation sequencing of 16s gene (rrna)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Matos, Luiz Gustavo de, 1994-
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/2157
Resumo: Orientador: Nathália Cristina Cirone Silva
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spelling Diversidade bacteriana de carnes dry-aged e wet-aged por sequenciamento de nova geração do gene 16s (rrna) : Bacterial diversity from dry-aged and wet-aged meat using new generation sequencing of 16s gene (rrna)Bacterial diversity from dry-aged and wet-aged meat using new generation sequencing of 16s gene (rrna)MetagenômicaCarne bovinaMaturaçãoMicrobiologiaMetagenomicsAged beefRipeningMicrobiologyOrientador: Nathália Cristina Cirone SilvaDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de AlimentosResumo: A carne tem uma importância significativa na alimentação da população mundial, fazendo com que haja investimentos em tecnologias para aprimorar a qualidade do produto final. Em alguns países, como o Brasil, a pecuária é uma parte importante da economia, de modo que é exportado 1,9 milhão de toneladas/ano, fazendo com que o país siga as diretrizes mundiais de segurança dos alimentos. Porém, é comum que, mesmo proveniente de um animal saudável, haja contaminação da carne desde o processo de sangria até o momento da comercialização. O consumo de carne maturada no país aumentou, carne que por sua vez pode sofrer o processo de wet - age, que consiste na maturação selada em embalagem de barreira e mantidas em temperaturas refrigeradas ou o dry– age, onde são mantidas sem embalagens em temperaturas próximas ao congelamento. Escherichia coli e a Salmonella sp. são as bactérias mais estudadas em diferentes tipos de carne, podendo haver também, a presença Staphylococcus aureus capazes de produzir enterotoxinas termoresistentes, podendo assim causar Doenças Transmitidas por alimentos, mesmo após expostas a condições de cozimento e congelamento. O sequenciamento do gene 16S vem sendo muito utilizado para identificação de bactérias presentes nos alimentos, visto que a região desse gene funciona como uma região marcadora que identifica as capacidades metabólicas e funcionais das bactérias, de modo a distinguir os micro-organismos presentes no material a ser estudado. O objetivo deste trabalho foi avaliar e comparar a diversidade bacteriana de carnes dry-age e wet-age por Sequenciamento de Nova Geração do gene 16S (rRNA) e análises microbiológicas. As carnes foram maturadas durante 34 dias. As amostras foram coletadas no in natura, 20 dias e 34 dias. Com o objetivo de analisar as células viáveis presentes nas amostras, foram feitas análises de bactérias lática, leveduras e bolores, Salmonella sp. Pseudomonas sp., mesófilos e psicrotrópicos, E. coli e bactérias da família Enterobacteriaceae das 30 amostras de carne. Enquanto para o sequenciamento do gene 16S foi realizado análise de 16 das 30 amostras de carne nos seus diferentes tratamentos. Para isso, foi feita a extração do DNA que em seguida foi quantificado, amplificado, indexado e sequenciado pela plataforma illumina. Os resultados foram inspecionados usando a ferramenta FastQC (versão 0. 1 1.7) e os dados foram comparados para ver as diferenças entre os tipos de maturação. Pode-se observar, pelas análises microbiológicas, um grande aumento na contagem total de bactérias nas amostras wet-aged, sendo que as bactérias psicrotrópicas com o maior aumento significativo. Já nas amostras dry-aged houve uma diminuição na contagem total de bactérias, havendo somente crescimento de bolores e leveduras. Não houve crescimento de E. coli. Foi observado uma mudança do microbioma das amostras in natura, para as amostras dry-age e wet-age. Nas amostras com maturação a seco (dry-age), foi possível observar um aumento e predominância de Pseudomonas. Enquanto, nas amostras maturadas pelo método úmido (wet-age), foi possível observar um grande aumento de Carnobacterium. Concluiu-se, então, que apesar dos metodos tradicionais de detecção de micro-organismos serem mais trabalhosos, eles são melhores que os testes moleculares na detecção de patógenos, tanto pelo custo, quanto pelo tempo necessárioAbstract: Fresh meat is an important feeding product around the world, guaranteeing food industries to invest in technologies to improve its quality to the final consumer. In countries like Brazil, livestock is an important element to the economy, exporting 1,9 million tons/ year, demanding the country to follow the world's food security guideline. However, beef may be contaminated by bacteria, from the bloodletting to packing process, because of the big amount of nutrients, water, and antibiotic absence, making meat a perfect substrate for bacteria growth. The consumption of matured meat has increased during the last years, beef that can pass through the process called wet-age, which beef is packed and kept in cool temperatures, or another process called dry-age, where the beef is not packed, and the temperature is cooler than wet-age' process. By being Escherichia coli and Salmonella, the most common bacteria studied, there are also the presence of enterotoxins produced by Staphylococcus sp., which with their thermo tolerant properties can cause foodborne disease around the world. The 16S gene sequence has been widely used to identify bacteria present in samples, this region of the gene acts as a marker region and identifies the metabolic and functional capabilities of bacteria to distinguish the MO present in samples. The objective of this work is to evaluate and compare the bacterial diversity of dry-aged and wet-aged meats by New Generation Sequencing of the 16S gene (rRNA) and microbiological tests. In order to analyze the viable cells, present in the meat, microbiological tests were done in all 30 samples. The 16S gene sequencing in 10 of 30 beef samples. For the process, DNA was extracted, then quantified, amplified, indexed and finally sequenced. The results were inspected using the FastQC tool (version 0. 1 1.7) and the data was compared to see the differences between the types of maturation and finally the static analysis, to conclude. This way it is expected, through the metagenomic analysis of meat samples, be able to differentiate and characterize the microbiome of meats with different treatments dry-age and wet-age, at different maturation times. It could be observed, with microbiology testes, a greater increase in the total bacterial count in the wet-aged samples, with psychotrophic bacteria having the greatest significant increase. In the dry-aged samples there was a decrease in the total bacterial count, with only mold and yeast growth. There was no growth of E. coli. A change of the microbiome was observed from the untreated samples to the dry-aged and wet-aged samples. In the dry-aged samples, it was possible to observe an increase and predominance of Pseudomonas. Whereas, in the wet-aged samples, a large increase of Carnobacterium was observed. It was concluded that although traditional methods of detecting microorganisms are more labor-intensive, they are better than molecular tests in detecting pathogens, both in terms of cost and the time requiredMestradoCiência de AlimentosMestre em Ciência de AlimentosCAPES88887510411/2020-00[s.n.]Silva, Nathalia Cristina Cirone, 1986-Rall, Vera Lucia MoraesRocha, Liliana de OliveiraUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Engenharia de AlimentosPrograma de Pós-Graduação em Ciência de AlimentosUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASMatos, Luiz Gustavo de, 1994-20212021-10-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (43 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/2157MATOS, Luiz Gustavo de. Diversidade bacteriana de carnes dry-aged e wet-aged por sequenciamento de nova geração do gene 16s (rrna): Bacterial diversity from dry-aged and wet-aged meat using new generation sequencing of 16s gene (rrna). 2021. 1 recurso online (43 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/2157. 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