Expressão diferencial de genes de Acidithiobacillus ferrooxidans submetida a alterações no pH ideal de cultivo

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Bergamo, Rogerio Faria
Data de Publicação: 2007
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1606633
Resumo: Orientador: Laura Maria Mariscal Ottoboni
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spelling Expressão diferencial de genes de Acidithiobacillus ferrooxidans submetida a alterações no pH ideal de cultivoDifferential gene expression in Acidithiobacillus ferrooxidans in response to pH alterationsAcidithiobacillus ferrooxidansExpressão gênicaAcidithiobacillus ferrooxidansGene expressionOrientador: Laura Maria Mariscal OttoboniTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: Acidithiobacillus ferrooxidans é uma bactéria não patogênica, Gram-negativa, que obtém a energia necessária para o seu crescimento pela oxidação de compostos inorgânicos. Essa bactéria tem despertado interesse por fazer parte de um consórcio de microrganismos envolvidos na biolixiviação de metais. O processo de biolixiviação é influenciado por vários fatores, dentre eles o pH. Apesar desse fator ser importante no crescimento e sobrevivência da bactéria, existem poucas informações sobre os mecanismos moleculares acionados pela bactéria para suportar mudanças envolvendo este parâmetro. Assim sendo, nesse trabalho foram realizados experimentos de respirometria e curvas de crescimento para analisar-se o comportamento da linhagem brasileira de A. ferrooxidans LR em situações que envolviam alterações no pH ideal de cultivo. Com esses experimentos, observou-se que, na presença de pHs acima (2,5 e 3,0) e abaixo (1,5 e 1,2) de 1,8, tanto a respiração quanto o crescimento de A. ferrooxidans LR são afetados. Os pHs dos experimentos de respirometria e curvas de crescimento foram utilizados para obtenção de células de A. ferrooxidans para o isolamento do RNA que foi analisado por RAP-PCR com os primers arbitrários OPF01, OPF03, OPF04, OPF08, OPJ04, OPJ14. Como controle, foi utilizado RNA isolado de células obtidas em pH ideal de cultivo da bactéria. Os cDNAs isolados tiveram a expressão diferencial confirmada por slot blot e foram, a seguir, clonados e seqüenciados. As seqüências obtidas foram comparadas em bancos de dados. As seqüências deduzidas de aminoácidos de quatro cDNAs com expressão induzida em pHs acima ou abaixo de 1,8 apresentaram similaridade com as seguintes proteínas: proteína hipotética, proteína small heat shock, L-2-haloalkanoic acid dehalogenase e ResB. As seqüências deduzidas de aminoácidos de quatro cDNAs com expressão reprimida em pHs acima ou abaixo de 1,8 apresentaram similaridade com as proteínas fructose/tagatose biphosphate aldolase, DedA, proteina ribosomal e DNA helicase dependente de ATP. Esses resultados sugerem que alterações no pH ideal de cultivo de A. ferrooxidans resultam em alterações da expressão de genes que codificam para proteínas pertencentes a diferentes categorias funcionaisAbstract: Acidithiobacillus ferrooxidans are non pathogenic, Gram-negative bacteria that obtain energy for growth from the oxidation of inorganic compounds. These bacteria are part of a consortium of microorganisms involved in the bioleaching of metals. Among others, pH alterations can affect bioleaching. The pH is very important in the survival and growth of the bacteria, but very little is known about the molecular mechanisms used by the bacteria to bare pH alterations. This way, in this work respirometric experiments and growth curves were conducted to analyze the behavior of the A. ferrooxidans Brazilian strain LR in situations involving changes in the bacteria ideal pH. In pHs above (2.5 and 3.0) and below (1.5 and 1.2) 1.8 both oxygen consumption and growth were affected. The pHs used in the respirometric experiments and growth curves were selected to grow A. ferrooxidans cells to isolate the RNA that was used in the RAP-PCR experiments with the arbitrary primers OPF01, OPF03, OPF04, OPF08, OPJ04 and OPJ14. The differential expression of the isolated cDNAs was validated by slot blot. The cDNAs were cloned, sequenced and the obtained sequences were compared to the ones present In GenBank. The deduced amino acids sequences of four cDNAS up-regulated in pHs above and below 1.8 presented similarity with the following proteins: hypothetical protein, small heat shock, L-2-haloalkanoic acid dehalogenase and ResB. The deduced amino acids sequences of four cDNAS down-regulated in pHs above and below 1.8 presented similarity with the proteins: fructose/tagatose biphosphate aldolase, DedA, ribosomal protein and ATP-dependent DNA helicase. These results suggest that alterations in the A. ferrooxidans ideal pH change the expression of genes that encode proteins from different functional categoriesDoutoradoBiologia CelularDoutor em Biologia Celular e Estrutural[s.n.]Ottoboni, Laura Maria Mariscal, 1955-Gatti, Maria Silvia ViccariGomes, LaurecirSartorato, Edi LúciaSilva, Márcio José daUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e EstruturalUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASBergamo, Rogerio Faria20072007-01-31T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf78f. : il.(Broch.)https://hdl.handle.net/20.500.12733/1606633BERGAMO, Rogerio Faria. Expressão diferencial de genes de Acidithiobacillus ferrooxidans submetida a alterações no pH ideal de cultivo. 2007. 78f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. 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