Estudo da ativação do linfócito : papel biológico da retenção intrônica como splicing alternativo

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Zeni, Pedro Faria, 1993-
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1634006
Resumo: Orientador: Pedro Otavio de Campos Lima
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spelling Estudo da ativação do linfócito : papel biológico da retenção intrônica como splicing alternativoLymphocyte activation : biological role of intron retention as alternative splicingÍntronsProcessamento alternativoTranscrição genéticaIntronsAlternative splicingTranscription, GeneticOrientador: Pedro Otavio de Campos LimaDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A transcrição é a etapa necessária para a expressão gênica que envolve a produção de uma fita de RNA usando o DNA como molde. Estima-se que 95% dos genes humanos sejam afetados por um processo de splicing alternativo. Este processo é uma das ferramentas de que a célula dispõe para a produção de diferentes tipos de transcritos derivados de um mesmo gene. O linfócito T é um modelo bastante útil para o estudo do processamento transcricional, de que nos servimos para analisar um tipo emergente de splicing alternativo ainda pouco caracterizado: a retenção intrônica. Criamos um programa algorítimo para identificar os transcritos com retenção intrônica, usando dados de sequenciamento de RNA, obtidos de linfócitos T CD4+ em repouso e ativados. A retenção intrônica mostrou-se ser o tipo de splicing alternativo mais frequente dos eventos transcricionais, com pouca divergência em termos de classificação ontológica das isoformas diferencialmente expressas nos fenótipos de ativação celular estudados. Entretanto, provou-se que esse tipo de splicing não é um `ruído¿ transcricional generalizado. Ademais, constatou-se a existência de diversidade desses transcritos, com oscilação quanto à carga intrônica retida durante a ativação do linfócito. Identificamos, todavia, isoformas com retenção intrônica diretamente ligadas ao fenótipo de repouso e de ativação celular, nos quais a célula parece regular seletivamente os transcritos, de forma similar, mesmo em diferentes indivíduosAbstract: Transcription is a necessary step for gene expression involving the production of RNA molecules from DNA templates. It is estimated that 95% of the human genes are affected by some sort of alternative splicing. Alternative splicing is a tool that the cell uses to produce different types of transcripts from the same gene. T lymphocytes are particularly suitable for studies on transcriptional processing, and we have used this model to analyze a new emergent type of alternative splicing: intron retention. We have created a program to identify intron retention transcripts using data from RNA sequencing obtained from resting and activated CD4+ cells. Intron retention was shown to be the most common type of alternative splicing, with small differences in ontological classification of the transcripts differentially expressed in the two activation phenotypes. We have shown that this kind of alternative splicing is not transcriptional `noise¿ in its entirety. In addition, there is transcriptional diversity as regards the level of intron retention in the two states of activation of the lymphocyte. However, we have identified specific isoforms with intron retention directly connected to the resting or activated cell phenotypes, suggesting the existence of selective regulation of these transcripts, whose pattern is conserved even in different individualsMestradoFisiologiaMestre em Biologia Funcional e MolecularFAPESP2014/04412-4[s.n.]de Campos-Lima, Pedro Otavio, 1962-Yunes, José AndrésSilveira, Leonardo dos ReisUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Biologia Funcional e MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASZeni, Pedro Faria, 1993-2018info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (99 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1634006ZENI, Pedro Faria. Estudo da ativação do linfócito: papel biológico da retenção intrônica como splicing alternativo. 2018. 1 recurso online (99 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1634006. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1023201Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2018-09-11T11:57:30Zoai::1023201Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2018-09-11T11:57:30Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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