Aplicação de "multilocus sequence analysis" (MLSA) para identificação de linhagens de "Chromobacterium" sp : Application of "multilocus sequence analysis" (MLSA) for lineages identification of "Chromobacterium" sp

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Borges, Isadora Vitti Vieira, 1991-
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1636734
Resumo: Orientador: Fabiana Fantinatti Garboggini
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spelling Aplicação de "multilocus sequence analysis" (MLSA) para identificação de linhagens de "Chromobacterium" sp : Application of "multilocus sequence analysis" (MLSA) for lineages identification of "Chromobacterium" spApplication of "multilocus sequence analysis" (MLSA) for lineages identification of "Chromobacterium" spBactérias - ClassificaçãoChromobacterium - ClassificaçãoTipagem de sequências multilocusFilogeniaBacteria - ClassificationChromobacterium - ClassificationMultilocus sequence typingPhylogenyOrientador: Fabiana Fantinatti GarbogginiDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A taxonomia microbiana evoluiu simultaneamente à Ciência, sobretudo após o surgimento da Biologia Molecular. Apesar do gene RNA ribossomal 16S permitir a obtenção de informações genotípicas acuradas, é necessário o uso de metodologias que possibilitem análises mais profundas de micro-organismos intimamente relacionados. Nesse contexto, a abordagem por Multilocus Sequence Analysis (MLSA) permite uma maior acurácia genética, uma vez que utiliza genes housekeeping para a inferência de parentesco. Assim, o presente estudo teve por objetivo classificar a um nível específico 15 linhagens do gênero Chromobacterium isoladas do Rio Negro (Manaus, Brasil) e do Rio Doce (Minas-Gerais, Brasil) e 7 linhagens Tipo descritas na literatura: C. violaceum (ATCC 12472T), C. pseudoviolaceum (LMG 3953T), C. haemolyticum (DSM 19852T), C. vaccinii (DSM 25150T), C. piscinae (LMG 3947T), C. subtsugae (PRAA4-1T) e C. amazonense (DSM 26508T), utilizando a metodologia de MLSA. Os primers para os genes estruturais atpD, rpoA e rpoB foram desenhados a partir do genoma total de C. violaceum (ATCC 12472T). A partir do sequenciamento dos genes housekeeping foi possível a construção de árvores filogenéticas parciais e árvores filogenéticas com os genes concatenados na seguinte ordem: RNA ribossomal 16S e atpD; RNA ribossomal 16S, atpD e rpoA; RNA ribossomal 16S, atpD e rpoB e RNA ribossomal 16S, atpD, rpoA e rpoB. As filogenias resultantes de diferentes metodologias (Neighboor Joining ¿Kimura 2 parâmetros, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Minimum Evolution e UPGMA) com 1000 repetições de bootstrap apresentaram topologias similares. Conforme a análise por MLSA as cepas CBMAI 301, CBMAI 302, CBMAI 303, CBMAI 304, CBMAI 306, CBMAI 307, CBMAI 308 e CBMAI 309 pertencem a espécie C. violaceum; as linhagens CBMAI 589, CBMAI 590 e CBMAI 592 representam uma provável nova espécie relativamente próxima de C. vaccinii. As linhagens CBMAI 593 e CBMAI 595 formaram um clado separado de todas as espécies descritas, e a linhagem CBMAI 594 não agrupou com nenhuma das espécies do gênero. A partir desse trabalho foi possível concluir que a abordagem por MLSA é promissora para a resolução filogenética de espécies intimamente relacionadas e que os genes conservados atpD e rpoA constituem bons marcadores moleculares para o gênero ChromobacteriumAbstract: The Microbial Taxonomy evolved simultaneously to Science, especially after the appearance of Molecular Biology. Although the 16S ribosomal RNA gene allows obtaining accurate genotype information, it is necessary to use methodologies that allow deeper analyzes of closely related microorganisms. In this context, the Multilocus Sequence Analysis (MLSA) approach provides a greater genetic accuracy, since it uses housekeeping genes for inference of kinship. Thus, the present study aimed to classify at a specific level 15 strains of the genus Chromobacterium isolated from Rio Negro (Manaus, Brazil) and Rio Doce (Minas Gerais, Brazil) and 7 Type strains described in the literature: C. violaceum (ATCC 12472T), C. pseudoviolaceum (LMG 3953T), C. haemolyticum (DSM 19852T), C. vaccinii (DSM 25150T), C. piscinae (LMG 3947T), C. subtsugae (PRAA4-1T) and C. amazonense (DSM 26508T), using MLSA methodology. Primer design for the structural genes atpD, rpoA and rpoB were made from the total genome of C. violaceum (ATCC 12472T). The sequencing resulted in concatenated phylogenetic trees with the genes concatenated in this order: 16S ribosomal RNA and atpD; 16S ribosomal RNA, atpD and rpoA; 16S ribosomal RNA, atpD and rpoB and 16S ribosomal RNA, atpD, rpoA and rpoB. The phylogenies were acquired from different methodologies (Neighboor Joining -Kimura 2 parameters, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Minimum Evolution and UPGMA) with 1000 replicates of bootstrap presenting similar topologies. According to the MLSA analysis the strains CBMAI 301, CBMAI 302, CBMAI 303, CBMAI 304, CBMAI 306, CBMAI 307, CBMAI 308 and CBMAI 309 belong to the species C. violaceum; CBMAI 589, CBMAI 590 and CBMAI 592 strains represent a probable new species relatively close to C. vaccinii. The strains CBMAI 593 and CBMAI 595 form a clade separate from all described species and the line CBMAI 594 constitutes a third new species, however, further analysis are required for confirmation. There are indications that the lineage CBMAI 594 did not group with any of the species of the genus. For last, we conclude from this study that the approach by MLSA was promising for the phylogenetic resolution of closely related species and that the conserved genes atpD and rpoA were good molecular markers for the Chromobacterium genusMestradoMicrobiologiaMestra em Genética e Biologia Molecular[s.n.]Fantinatti-Garboggini, FabianaDestéfano, Suzete Aparecida LanzaVasconcellos, Suzan Pantaroto deUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASBorges, Isadora Vitti Vieira, 1991-20182018-12-13T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (119 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1636734BORGES, Isadora Vitti Vieira. Aplicação de "multilocus sequence analysis" (MLSA) para identificação de linhagens de "Chromobacterium" sp: Application of "multilocus sequence analysis" (MLSA) for lineages identification of "Chromobacterium" sp. 2018. 1 recurso online (119 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1636734. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1091152Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2019-08-12T16:49:42Zoai::1091152Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2019-08-12T16:49:42Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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