Análise e identificação de um elemento mariner-like no genoma de aves

• Autor(a) principal: Bertocchi, Natasha Avila
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNIPAMPA
• Texto Completo: http://dspace.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/643
• topic: Galluhop; Mariner-like; Elementos transponíveis; Aves; Transposable elements; Birds

Os elementos transponíveis (ETs) são sequências de DNA encontradas repetidamente nos genomas, que possuem como particularidade a capacidade de mudarem de posição tanto dentro como entre genomas. São classificados de acordo com suas moléculas intermediárias de transposição em classe I (RNA) ou classe II (DNA). São encontrados no genoma hospedeiro nas formas autônomas, que possuem toda a estrutura para sua transposição, e não- autônomas (defectivas) que não a possuem. As aves formam um grupo de animais vertebrados bastante diversificado e amplamente distribuído, porém ainda pouco estudado em relação a genomas e ETs. Dentre os pouco elementos anotados no genoma de Gallus gallus (galinha) está o galluhop, classificado como sendo de classe II e pertencente à família mariner, provavelmente defectivo e inativo. Este trabalho tem por objetivo contribuir para o conhecimento sobre a presença, dinâmica e evolução de elementos transponíveis (mariner-like) nos genomas das aves, identificando e analisando o elemento galluhop nos genomas sequenciados de aves, por meio de abordagens in sílico; e identificando elementos mariner-like em aves passeriformes do bioma Pampa. No primeiro trabalho, foram encontradas cópias do elemento galluhop em Buceros rhinoceros, Coturnix japonica, Colinus virginianus, Lyrurus tetrix e Meleagris gallopavo. Nas primeiras quatro espécies foram analisadas cópias do elemento quanto à quantidade, tamanho, identidade, existência de repetições terminais e atividade do elemento através da existência de uma fase aberta de leitura (ORF). Com as espécies identificadas com galluhop reconstruiu-se a relação filogenética do elemento com outros elementos da família mariner. As primeiras análises indicaram se tratar de um elemento não autônomo, possivelmente MITE( Miniature Invertedrepeat Transposable Elements) devido as suas características, e a filogenia mostrou se tratar de um elemento mariner de uma subfamília ainda não descrita. No segundo trabalho foi identificada, por dot blot, a presença de elementos mariner-like em algumas famílias de aves existentes no bioma Pampa, projetando uma distribuição mais ampla dessa família de elementos.