Caracterização de SNPS putativos entre eugenia uniflora e Eucalyptus Grandis Hill ex Maiden.

• Autor(a) principal: Cerqueira, Natália Menezes
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNIPAMPA
• Texto Completo: http://dspace.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/514
• topic: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS; Pitanga; Eucalipto; BLAST; Single Nucleotide Polymorphism; Eucalyptus

Eugenia uniflora (pitangueira) é uma espécie da família Myrtaceae bastante explorada economicamente devido a suas propriedades farmacológicas e, por este motivo, são importantes os estudos a nível molecular sobre esta espécie. Os SNPs tem sido uma ferramenta amplamente utilizada na área de genômica, assim como os ESTs que também apresentam diversas vantagens devido sua presença em diversos bancos de dados. O objetivo deste estudo foi buscar SNPs em regiões gênicas de E. uniflora em comparação com o banco de dados ESTs de Eucalyptus grandis. Para a realização deste trabalho foi feito o sequenciamento do DNA total de uma amostra de pitangueira, que gerou uma cobertura de aproximadamente 25% do genoma desta espécie, montados em torno de 2.600 contigs. Destes, selecionamos 150 para fazer a busca de regiões gênicas hipotéticas por meio da comparação do banco de dados de ESTs de E. grandis. Após, foram selecionados somente os contigs que continham cobertura mínima de 80pb. Dos 150 contigs analisados, 35 obtiveram similaridade de ESTs entre as duas espécies. Após a retirada dos íntrons, alguns contigs mostraram alinhamentos fragmentados e outros mostraram uma cobertura inferior a 80pb. Do total analisado, 8 contigs atenderam todas as qualidades exigidas. O contig que mostrou uma menor frequência (SNPs/pb), apresentou semelhança com a sequência que expressa a proteína Eto1, o contig que apresentou um valor intermediário em relação ao máximo e mínimo da frequência obteve semelhança na proteína RPK, já o contig que apresentou maior frequência mostrou semelhança com a proteína AGP. O número de transições foi maior que o de tranversões. Estes dados foram classificados como baixos, indicando que estas regiões gênicas são bem conservadas. A técnica utilizada é de fácil aplicação e muito útil mesmo sendo pouco utilizada visando à identificação de SNPs putativos entre espécies diferentes.