Identificação de motivos conservados e prospecção de marcadores EST-SSR em genes responsáveis pela homeostase de metais pesados em plantas

• Autor(a) principal: Souto, Fernanda da Luz
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNIPAMPA
• Texto Completo: http://dspace.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/574
• topic: Motif Comparison Tool; Multiple Em For Motif Elicitation; In sílico; Zinc- coordinating

Os metais pesados podem ser considerados tóxicos quando em concentrações elevadas dentro da célula. Com o decorrer da evolução as plantas desenvolveram mecanismos adaptativos para lidar com o excesso de metais pesados, alguns mecanismos de defesa podem ser chamados de motivos conservados, que tem a função de manter a homeostase correta desses metais na célula. Uma ferramenta que torna possível o estudo de motivos conservados, são os marcadores moleculares, estes se baseiam na variação natural da sequência de bases do DNA, e não são influenciados por diferentes condições ambientais nem fisiológicas do organismo, sendo utilizados em análises genéticas. O presente trabalho tem como objetivo prospectar marcadores moleculares através da identificação de motivos conservados em genes relacionados com o metabolismo de metais pesados em plantas, utilizando estes marcadores em testes in vivo. Os experimentos foram desenvolvidos no laboratório do Núcleo de Estudos da Vegetação Antártica, da Universidade Federal do Pampa, São Gabriel- RS, Brasil. As sequências utilizadas neste estudo foram selecionadas usando o número de acesso GenBank fornecido por Victoria et al. (2012), de diferentes espécies de plantas, sendo elas Oryza sativa L., Physcomitrella patens (Hedw.) Bruch & Schimp. e Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. Para a busca dos motivos conservados foi utilizado o programa online, Multiple Em For Motif Elicitation (MEME). É possível através de uma ferramenta do MEME, encontrar a função de cada motivo conservado, essa ferramenta é nomeada Motif Comparison Tool (TOMTOM). Foram analisadas setenta e seis sequências, separadamente por sua família gênica (FRO, IRT, NAS, RAMP, YSL e ZIP). Primeiramente as sequências foram submetidas às análises no MEME, identificando três motivos para cada família gênica, e foi utilizada a função TOMTOM, para analisar se os motivos encontrados estão reconhecidamente relacionados a genes responsáveis por homeostase de metais pesados em plantas, todos foram identificados como ligantes de metais do tipo Zinc-coordinating. A partir destes resultados foram prospectados treze pares de primers no programa SSRLOCATOR e estes marcadores foram testados in vivo.