Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2006 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/11449/91897 |
Resumo: | Estudamos o enovelamento de proteínas através da termodinâmica de uma cadeia heteropolimérica. Para isso, adaptamos um método de Monte Carlo introduzido por Wang e Landau para o estudo de transições de fase em sistemas magnéticos para estudarmos a mecânica estatística dessa cadeia. Trata-se de um método que se vale do passeio randômico no espaço de energias para determinação da densidade de estados acessíveis à cadeia e com ela determinar grandezas termodinâmicas do sistema em estudo. Para obtermos essa densidade de estados, adotamos modelos de rede para gerarmos todas as conformações geométricas possíveis de uma cadeia de 27 monômeros em uma rede cúbica. Estudamos várias seqüências de monômeros adotando os modelos de rede mais relevantes utilizados para a investigação do enovelamento de proteínas tais como o modelo HP e modelos mais elaborados que utilizam as interações de Miyazawa-Jernigan entre monômeros. Calculamos diversas grandezas termodinâmicas essenciais para a compreensão do enovelamento de proteínas e com isso mostramos a eficiência do método Wang-Landau. |
id |
UNSP_019e25d6d12d9f3d902bd14ca4716a4b |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.unesp.br:11449/91897 |
network_acronym_str |
UNSP |
network_name_str |
Repositório Institucional da UNESP |
repository_id_str |
2946 |
spelling |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-LandauFísica aplicadaFisicaProteínasProtein foldingEstudamos o enovelamento de proteínas através da termodinâmica de uma cadeia heteropolimérica. Para isso, adaptamos um método de Monte Carlo introduzido por Wang e Landau para o estudo de transições de fase em sistemas magnéticos para estudarmos a mecânica estatística dessa cadeia. Trata-se de um método que se vale do passeio randômico no espaço de energias para determinação da densidade de estados acessíveis à cadeia e com ela determinar grandezas termodinâmicas do sistema em estudo. Para obtermos essa densidade de estados, adotamos modelos de rede para gerarmos todas as conformações geométricas possíveis de uma cadeia de 27 monômeros em uma rede cúbica. Estudamos várias seqüências de monômeros adotando os modelos de rede mais relevantes utilizados para a investigação do enovelamento de proteínas tais como o modelo HP e modelos mais elaborados que utilizam as interações de Miyazawa-Jernigan entre monômeros. Calculamos diversas grandezas termodinâmicas essenciais para a compreensão do enovelamento de proteínas e com isso mostramos a eficiência do método Wang-Landau.We studied the protein folding through investigating the thermodynamics of a hetero-polymeric chain. For this purpose, a Monte Carlo method introduced by Wang and Landau to study the phase transitions in magnetic systems, was adapted to investigate the statistical mechanics of this chain. The method is based on the random walk in the energy space to determine the density of states of the chain and important thermodynamics quantities. For this purpose, we adopted the lattice model and generate all geometric conformations of a 27-monomer chain in a cubic lattice. We studied several sequences of monomers adopting the most relevant lattice models, such as the HP model and more elaborated models considering the Miyazawa-Jernigan interactions. We computed several thermodynamics quantities to help us to understand the protein folding and show the efficiency of the Wang-Landau method.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Yoshida, Makoto [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Beig, Fábio Bresighello [UNESP]2014-06-11T19:25:31Z2014-06-11T19:25:31Z2006-02-21info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisx, 90 f. : il.application/pdfBEIG, Fábio Bresighello. Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau. 2006. x, 90 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Geociências e Ciências Exatas, 2006.http://hdl.handle.net/11449/91897000475045beig_fb_me_rcla.pdf33004137063P60097996544293892Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporinfo:eu-repo/semantics/openAccess2023-10-31T06:07:46Zoai:repositorio.unesp.br:11449/91897Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T16:30:47.162426Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
title |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
spellingShingle |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau Beig, Fábio Bresighello [UNESP] Física aplicada Fisica Proteínas Protein folding |
title_short |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
title_full |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
title_fullStr |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
title_full_unstemmed |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
title_sort |
Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau |
author |
Beig, Fábio Bresighello [UNESP] |
author_facet |
Beig, Fábio Bresighello [UNESP] |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Yoshida, Makoto [UNESP] Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Beig, Fábio Bresighello [UNESP] |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Física aplicada Fisica Proteínas Protein folding |
topic |
Física aplicada Fisica Proteínas Protein folding |
description |
Estudamos o enovelamento de proteínas através da termodinâmica de uma cadeia heteropolimérica. Para isso, adaptamos um método de Monte Carlo introduzido por Wang e Landau para o estudo de transições de fase em sistemas magnéticos para estudarmos a mecânica estatística dessa cadeia. Trata-se de um método que se vale do passeio randômico no espaço de energias para determinação da densidade de estados acessíveis à cadeia e com ela determinar grandezas termodinâmicas do sistema em estudo. Para obtermos essa densidade de estados, adotamos modelos de rede para gerarmos todas as conformações geométricas possíveis de uma cadeia de 27 monômeros em uma rede cúbica. Estudamos várias seqüências de monômeros adotando os modelos de rede mais relevantes utilizados para a investigação do enovelamento de proteínas tais como o modelo HP e modelos mais elaborados que utilizam as interações de Miyazawa-Jernigan entre monômeros. Calculamos diversas grandezas termodinâmicas essenciais para a compreensão do enovelamento de proteínas e com isso mostramos a eficiência do método Wang-Landau. |
publishDate |
2006 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2006-02-21 2014-06-11T19:25:31Z 2014-06-11T19:25:31Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
BEIG, Fábio Bresighello. Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau. 2006. x, 90 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Geociências e Ciências Exatas, 2006. http://hdl.handle.net/11449/91897 000475045 beig_fb_me_rcla.pdf 33004137063P6 0097996544293892 |
identifier_str_mv |
BEIG, Fábio Bresighello. Termodinâmica do enovelamento de cadeias heteropoliméricas através do algoritmo de Wang-Landau. 2006. x, 90 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Geociências e Ciências Exatas, 2006. 000475045 beig_fb_me_rcla.pdf 33004137063P6 0097996544293892 |
url |
http://hdl.handle.net/11449/91897 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
x, 90 f. : il. application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
dc.source.none.fl_str_mv |
Aleph reponame:Repositório Institucional da UNESP instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP) instacron:UNESP |
instname_str |
Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
instacron_str |
UNESP |
institution |
UNESP |
reponame_str |
Repositório Institucional da UNESP |
collection |
Repositório Institucional da UNESP |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1808128664688132096 |