Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2015 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/11449/144039 |
Resumo: | From a metagenomic library of a microbial consortium that degrades diesel oil, a clone (PL3C3) expressing a novel protease gene was selected from twenty six positive for azocasein degradation. Through sequencing, an analysis was made contig and identified an ORF encoding a protein, called ORF19 composed of 966 bp, 321 amino acids, exhibiting 69% identity with an alpha / hydrolase beta Parvibaculum lavamentivorans DS-1 (accession number ABS62095. 1). The sequence of ORF19 after analysis of a protease database - MEROPS - showed 74.3% identity with a serine protease family S9U (access number MER095859). Through phylogenetic analysis, it was possible to suggest that ORF19 is a new member of this family displaying the catalytic triad and characteristic conserved motifs. The molecular mass of the protein was estimated at 35 KDa, based on its amino acid composition and estimates Protparam by the program, and considering the pattern of electrophoretic migration of the protein under denaturing conditions. The ORF19 gene was cloned into the pET28a expression vector, but not the recombinant protein was overexpressed in E. coli BL21 (DE3). However, the exchange of host, vector, and studies for overexpression is required to obtain the protein, for their further characterization. This study contributes to the discovery of a new serine protease using molecular approaches, as metagenomic |
id |
UNSP_1be7287c8a04c8ee64f3608c1779953f |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.unesp.br:11449/144039 |
network_acronym_str |
UNSP |
network_name_str |
Repositório Institucional da UNESP |
repository_id_str |
2946 |
spelling |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo dieselMetagenômicaProspecçãoSerina proteinasesEnzimas proteoliticasProteínasGenesMetagenomicsFrom a metagenomic library of a microbial consortium that degrades diesel oil, a clone (PL3C3) expressing a novel protease gene was selected from twenty six positive for azocasein degradation. Through sequencing, an analysis was made contig and identified an ORF encoding a protein, called ORF19 composed of 966 bp, 321 amino acids, exhibiting 69% identity with an alpha / hydrolase beta Parvibaculum lavamentivorans DS-1 (accession number ABS62095. 1). The sequence of ORF19 after analysis of a protease database - MEROPS - showed 74.3% identity with a serine protease family S9U (access number MER095859). Through phylogenetic analysis, it was possible to suggest that ORF19 is a new member of this family displaying the catalytic triad and characteristic conserved motifs. The molecular mass of the protein was estimated at 35 KDa, based on its amino acid composition and estimates Protparam by the program, and considering the pattern of electrophoretic migration of the protein under denaturing conditions. The ORF19 gene was cloned into the pET28a expression vector, but not the recombinant protein was overexpressed in E. coli BL21 (DE3). However, the exchange of host, vector, and studies for overexpression is required to obtain the protein, for their further characterization. This study contributes to the discovery of a new serine protease using molecular approaches, as metagenomicA partir de uma biblioteca metagenômica de um consórcio microbiano degradador de óleo diesel, um clone (PL3C3) expressando um novo gene de protease foi selecionado dentre vinte e seis positivos para degradação de azocaseína. Através do sequenciamento, foi analisado um contig e identificado uma ORF que codifica a proteína, denominada ORF19 composta por 966 pb, 321 aminoácidos, exibindo 69% de identidade com uma alfa/beta hidrolase de Parvibaculum lavamentivorans DS-1(número de acesso ABS62095.1). A sequência da ORF19 após análise em um banco de dados de protease - MEROPS - mostrou 74,3% de identidade com uma serino-protease da família S9U (número de acesso MER095859). Através da análise filogenética, foi possível sugerir que a ORF19 é um novo membro desta família exibindo a tríade catalítica e motivos conservados característicos. A massa molecular da proteína foi estimado em 35 kDa, tendo por base a sua composição em aminoácidos e estimativas junto ao programa Protparam, e considerando o padrão de migração eletroforética da proteína em condições desnaturantes. O gene da ORF19 foi clonado no vetor de expressão pET28a, porém, a proteína recombinante não foi super-expressa em Escherichia coli BL21 (DE3). Contudo, a troca de hospedeiro, vetor, e estudos para uma super-expressão é necessário para a obtenção da proteína, visando sua futura caracterização. Este estudo contribui para a descoberta de uma nova serino-protease utilizando abordagens moleculares, como a metagenômicaUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Silveira, Bianca de Melo [UNESP]2016-09-27T13:39:57Z2016-09-27T13:39:57Z2015-12-03info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisx, 73 p. : il.application/pdfSILVEIRA, Bianca de Melo. Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel. 2015. x, 73 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, 2015.http://hdl.handle.net/11449/144039000865034000865034.pdf33004102070P6Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-05T13:58:44Zoai:repositorio.unesp.br:11449/144039Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T19:44:29.804814Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
title |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
spellingShingle |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel Silveira, Bianca de Melo [UNESP] Metagenômica Prospecção Serina proteinases Enzimas proteoliticas Proteínas Genes Metagenomics |
title_short |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
title_full |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
title_fullStr |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
title_full_unstemmed |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
title_sort |
Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel |
author |
Silveira, Bianca de Melo [UNESP] |
author_facet |
Silveira, Bianca de Melo [UNESP] |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP] Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Silveira, Bianca de Melo [UNESP] |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Metagenômica Prospecção Serina proteinases Enzimas proteoliticas Proteínas Genes Metagenomics |
topic |
Metagenômica Prospecção Serina proteinases Enzimas proteoliticas Proteínas Genes Metagenomics |
description |
From a metagenomic library of a microbial consortium that degrades diesel oil, a clone (PL3C3) expressing a novel protease gene was selected from twenty six positive for azocasein degradation. Through sequencing, an analysis was made contig and identified an ORF encoding a protein, called ORF19 composed of 966 bp, 321 amino acids, exhibiting 69% identity with an alpha / hydrolase beta Parvibaculum lavamentivorans DS-1 (accession number ABS62095. 1). The sequence of ORF19 after analysis of a protease database - MEROPS - showed 74.3% identity with a serine protease family S9U (access number MER095859). Through phylogenetic analysis, it was possible to suggest that ORF19 is a new member of this family displaying the catalytic triad and characteristic conserved motifs. The molecular mass of the protein was estimated at 35 KDa, based on its amino acid composition and estimates Protparam by the program, and considering the pattern of electrophoretic migration of the protein under denaturing conditions. The ORF19 gene was cloned into the pET28a expression vector, but not the recombinant protein was overexpressed in E. coli BL21 (DE3). However, the exchange of host, vector, and studies for overexpression is required to obtain the protein, for their further characterization. This study contributes to the discovery of a new serine protease using molecular approaches, as metagenomic |
publishDate |
2015 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2015-12-03 2016-09-27T13:39:57Z 2016-09-27T13:39:57Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
SILVEIRA, Bianca de Melo. Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel. 2015. x, 73 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, 2015. http://hdl.handle.net/11449/144039 000865034 000865034.pdf 33004102070P6 |
identifier_str_mv |
SILVEIRA, Bianca de Melo. Prospecção e expressão de uma enzima proteolítica a partir de uma biblioteca metagenômica do consórcio microbiano degradador de óleo diesel. 2015. x, 73 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, 2015. 000865034 000865034.pdf 33004102070P6 |
url |
http://hdl.handle.net/11449/144039 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
x, 73 p. : il. application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
dc.source.none.fl_str_mv |
Aleph reponame:Repositório Institucional da UNESP instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP) instacron:UNESP |
instname_str |
Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
instacron_str |
UNESP |
institution |
UNESP |
reponame_str |
Repositório Institucional da UNESP |
collection |
Repositório Institucional da UNESP |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1808129111707615232 |