Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]
Data de Publicação: 2009
Outros Autores: Marcondes, Jackson [UNESP], Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2009000400008
http://hdl.handle.net/11449/4146
Resumo: O objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.
id UNSP_2c624acc77154a26ef1ba51b64f02d42
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/4146
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNACharacterization of rhizobia indicated for inoculant production using 16S rRNA partial sequencingBradyrhizobiumRhizobiumPhylogenyBradyrhizobiumRhizobiumFilogeniaO objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.The aim of this work was to compare the partial sequences of 16S rRNA gene of rhizobia strain patterns already classified with strains recommended for the production of inoculants in Brazil, in order to verify the reliability of partial sequencing of the gene for the purpose of rapid identification of strains. Polymerase Chain Reaction (PCR) sequencing using primers on the coding region of the 16S rRNA gene among the bacteria studied was conducted. The results were analyzed by consulting the nucleotides' similarity based on Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) and by interpreting the phylogenetic trees generated by bioinformatic tools. The taxonomic classification of Semia strains recommended for legume inoculation based on morphological properties and host specificity was not confirmed in all strains. The similarity of the Blastn consultation by partial sequencing of the gene found in strains studied is consistent with the classification proposed by the construction of a phylogenetic tree of sequences of strains in most cases.Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de TecnologiaUniversidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de TecnologiaEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]Marcondes, Jackson [UNESP]Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]2014-05-20T13:17:50Z2014-05-20T13:17:50Z2009-04-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article384-391application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2009000400008Pesquisa Agropecuária Brasileira. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira, v. 44, n. 4, p. 384-391, 2009.0100-204Xhttp://hdl.handle.net/11449/414610.1590/S0100-204X2009000400008S0100-204X2009000400008WOS:000267704400008S0100-204X2009000400008.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporPesquisa Agropecuária Brasileira0.546info:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-07T15:31:47Zoai:repositorio.unesp.br:11449/4146Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T17:32:36.562028Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
Characterization of rhizobia indicated for inoculant production using 16S rRNA partial sequencing
title Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
spellingShingle Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]
Bradyrhizobium
Rhizobium
Phylogeny
Bradyrhizobium
Rhizobium
Filogenia
title_short Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
title_full Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
title_fullStr Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
title_full_unstemmed Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
title_sort Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA
author Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]
author_facet Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]
Marcondes, Jackson [UNESP]
Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]
author_role author
author2 Marcondes, Jackson [UNESP]
Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]
author2_role author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]
Marcondes, Jackson [UNESP]
Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]
dc.subject.por.fl_str_mv Bradyrhizobium
Rhizobium
Phylogeny
Bradyrhizobium
Rhizobium
Filogenia
topic Bradyrhizobium
Rhizobium
Phylogeny
Bradyrhizobium
Rhizobium
Filogenia
description O objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.
publishDate 2009
dc.date.none.fl_str_mv 2009-04-01
2014-05-20T13:17:50Z
2014-05-20T13:17:50Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2009000400008
Pesquisa Agropecuária Brasileira. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira, v. 44, n. 4, p. 384-391, 2009.
0100-204X
http://hdl.handle.net/11449/4146
10.1590/S0100-204X2009000400008
S0100-204X2009000400008
WOS:000267704400008
S0100-204X2009000400008.pdf
url http://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2009000400008
http://hdl.handle.net/11449/4146
identifier_str_mv Pesquisa Agropecuária Brasileira. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira, v. 44, n. 4, p. 384-391, 2009.
0100-204X
10.1590/S0100-204X2009000400008
S0100-204X2009000400008
WOS:000267704400008
S0100-204X2009000400008.pdf
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv Pesquisa Agropecuária Brasileira
0.546
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 384-391
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
publisher.none.fl_str_mv Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
dc.source.none.fl_str_mv SciELO
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1808128823089168384

Registros relacionados