Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]
Data de Publicação: 2009
Outros Autores: Marcondes, Jackson [UNESP], Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2009000400008
http://hdl.handle.net/11449/4146
Resumo: O objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.
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spelling Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNACharacterization of rhizobia indicated for inoculant production using 16S rRNA partial sequencingBradyrhizobiumRhizobiumPhylogenyBradyrhizobiumRhizobiumFilogeniaO objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.The aim of this work was to compare the partial sequences of 16S rRNA gene of rhizobia strain patterns already classified with strains recommended for the production of inoculants in Brazil, in order to verify the reliability of partial sequencing of the gene for the purpose of rapid identification of strains. Polymerase Chain Reaction (PCR) sequencing using primers on the coding region of the 16S rRNA gene among the bacteria studied was conducted. The results were analyzed by consulting the nucleotides' similarity based on Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) and by interpreting the phylogenetic trees generated by bioinformatic tools. The taxonomic classification of Semia strains recommended for legume inoculation based on morphological properties and host specificity was not confirmed in all strains. The similarity of the Blastn consultation by partial sequencing of the gene found in strains studied is consistent with the classification proposed by the construction of a phylogenetic tree of sequences of strains in most cases.Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de TecnologiaUniversidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de TecnologiaEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]Marcondes, Jackson [UNESP]Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]2014-05-20T13:17:50Z2014-05-20T13:17:50Z2009-04-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article384-391application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2009000400008Pesquisa Agropecuária Brasileira. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira, v. 44, n. 4, p. 384-391, 2009.0100-204Xhttp://hdl.handle.net/11449/414610.1590/S0100-204X2009000400008S0100-204X2009000400008WOS:000267704400008S0100-204X2009000400008.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporPesquisa Agropecuária Brasileira0.546info:eu-repo/semantics/openAccess2023-11-13T06:08:30Zoai:repositorio.unesp.br:11449/4146Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462023-11-13T06:08:30Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
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