Caracterização molecular do Vírus da Anemia Infecciosa Equina do Pantanal e padronização de qPCR para diagnóstico

• Autor(a) principal: Malossi, Camila Dantas [UNESP]
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/181800
• topic: Vírus da Anemia Infecciosa Equina; Anemia Infecciosa Equina; Pantanal; sequenciamento genômico; diagnóstico; equinos; Equine Infectious Anemia Virus; Equine Infectious Anemia; endemic área; genome sequencing; diagnosis; equine

O Vírus da Anemia Infecciosa Equina (VAIE) é um lentivírus que infecta equídeos causando a Anemia Infecciosa Equina. A doença possui distribuição mundial e o principal método de controle empregado é a eutanásia dos animais positivos, uma vez que não existe cura ou vacina disponível. No Brasil, a região do Pantanal é endêmica para a doença e, somente nessas áreas, a eutanásia não é obrigatória. A alta variação genética de lentivírus durante uma infecção prolongada é bem conhecida em várias espécies e também descrita em sequências de VAIE de outros países. Não há sequência genômica brasileira completa descrita ou mesmo um estudo da variação genética do vírus em um ambiente endêmico como o Pantanal Brasileiro. Com isso, este trabalho teve como objetivos a caracterização molecular do VAIE em equinos da região do Pantanal Brasileiro, e a padronização da PCR quantitativa (qPCR) para detecção do DNA proviral de VAIE. Duas amostras de plasma equino positivas para VAIE foram submetidas ao sequenciamento do genoma completo utilizando uma combinação de técnicas tradicionais e de nova geração. O genoma a partir do RNA viral foi obtido, anotado e comparado com sequências virais obtidas de animais naturalmente infectados em outros países. As sequências provenientes do Pantanal apresentaram identidade entre 75 e 77 % com sequências de outros países e 88,54 % entre si, classificando-as em um clado individual na árvore filogenética dos vírus já descritos, exibindo a maior variação genética descrita entre sequências de um mesmo país. Com a análise do gene do envelope viral, observou-se que os dois animais estudados estavam infectados por diferentes quasispécies virais. Baseado nas sequências obtidas, um qPCR foi padronizado para amplificar 71pb do gene tat de VAIE. A técnica foi testada em 255 amostras de DNA total de equinos do Pantanal e comparada com os resultados obtidos em testes sorológicos (IDGA e ELISA) e uma Semi Nested PCR. A qPCR apresentou melhor sensibilidade, especificidade e alta correlação com os resultados da Semi Nested PCR, sendo ainda um teste com menor risco de contaminação e melhor praticidade. A qPCR detectou o mesmo número de amostras positivas que o padrão ouro IDGA, porém ambos detectaram amostras diferentes, confirmadas por sequenciamento. Um fluxograma diagnóstico foi proposto para diminuir o risco de falsos negativos em áreas endêmicas, com o uso de IDGA, seguido de ELISA e qPCR.