Assinaturas de seleção em dados genotípicos de SNP Chip do Projeto HapMap Bovino

• Autor(a) principal: Ito, Pier Kenji Rauschkolb Katsuda [UNESP]
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/156858; http://www.athena.biblioteca.unesp.br/exlibris/bd/capelo/2018-07-04/000904970.pdf
• topic: Bovino - Melhoramento genetico; Genômica; Produtividade; subscription signature

É manifesta a necessidade de pesquisas que levem ao desenvolvimento de tecnologias que possam prover acréscimos eficazes na produtividade dos rebanhos. Iniciativas como o sequenciamento do genoma bovino e o projeto HapMap, permitiram detectar as pegadas deixadas no genoma pelos mecanismos de seleção, que atuam alterando as frequências alélicas deixando uma marca na estrutura de variação genotípica. Este tipo de estudo é comumente chamado de Assinatura de Seleção. Nos bovinos, devido à forte seleção artificial, geralmente a localização destas assinaturas estará associada à uma região controladora de características de produção. Do exposto, o presente trabalho adaptou e validou metodologia para procurar regiões indicativas de assinaturas de seleção nos genomas de diferentes raças bovinas. Para tanto, foram utilizados genótipos de 137 animais das raças Angus, Holandesa, Hereford e Pardo Suíço obtidos por meio do ensaio Illumina® BovineHD Genotyping BeadChip, interrogando 786.799 marcadores distribuídos no genoma. A metodologia consiste em adaptação do método ZHp, que avalia o decaimento da heterozigosidade local ao longo do genoma indicando possível assinatura de seleção. Para validar o método, os achados foram contrastados com assinaturas nos genes MC1R e KIT, conhecidas da literatura. A metodologia proposta detectou evidencias de seleção nas regiões de validação, bem como sinalizou assinaturas de seleção em diferentes regiões cromossômicas. Em suma, o método ZHp quando aplicado a dados genotípicos de alta densidade na espécie bovina, obtidos pelo uso de SNP chips comercialmente disponíveis, é valido para a detecção de assinaturas de seleção recente conforme hipotetizado