Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Mazzuchelli, Juliana [UNESP]
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/102680
Resumo: Os ciclídeos representam um dos exemplos mais marcantes de evolução entre os vertebrados. Por isso, muitos estudos genômicos vêm sendo desenvolvidos para este grupo, incluindo mapas genéticos de ligação, mapas físicos com base em bibliotecas de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) e, mais recentemente, o sequenciamento completo de genomas. Bibliotecas de BACs podem ainda ser exploradas no sentido de obtenção de sondas para mapeamento citogenético, fornecendo importantes informações sobre a estrutura e evolução cromossômica das espécies e grupos. Ainda, a análise das sequências nucleotídicas dos BACs em conjunto com mapeamento in silico podem ser utilizadas para integrar dados físicos cromossômicos, sequências gênicas, mapas genéticos e sequências de genomas completos. Esse trabalho teve por objetivo inferir sobre a diversificação cromossômica durante a evolução dos ciclídeos utilizando BACs de bibliotecas genômicas de Oreochromis niloticus para o mapeamento físico citogenético e análises comparativas entre os diversos genomas disponíveis de peixes e outros vertebrados. Os resultados mostram uma forte conservação cromossômica dos marcadores/genes analisados entre as espécies de ciclídeos estudadas. Além disso, análises in silico de citogenética e genômica comparativa mostram grandes segmentos cromossômicos conservados não somente entre os ciclídeos, mas também entre diferentes espécies/grupos de peixes e entre espécies de vertebrados demonstrando evidências de sintenia de grandes segmentos genômicos mesmo entre grupos taxonomicamente distantes em vertebrados. Esses resultados fornecem uma excelente base para futuros estudos de caracterização citogenética e integração de mapas para estudos evolutivos em peixes, em especial na família Cichlidae
id UNSP_5e461de11f2c6148633dc48ccde52c64
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/102680
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebradosGenetica animalVertebrado - EvoluçãoCitogeneticaOs ciclídeos representam um dos exemplos mais marcantes de evolução entre os vertebrados. Por isso, muitos estudos genômicos vêm sendo desenvolvidos para este grupo, incluindo mapas genéticos de ligação, mapas físicos com base em bibliotecas de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) e, mais recentemente, o sequenciamento completo de genomas. Bibliotecas de BACs podem ainda ser exploradas no sentido de obtenção de sondas para mapeamento citogenético, fornecendo importantes informações sobre a estrutura e evolução cromossômica das espécies e grupos. Ainda, a análise das sequências nucleotídicas dos BACs em conjunto com mapeamento in silico podem ser utilizadas para integrar dados físicos cromossômicos, sequências gênicas, mapas genéticos e sequências de genomas completos. Esse trabalho teve por objetivo inferir sobre a diversificação cromossômica durante a evolução dos ciclídeos utilizando BACs de bibliotecas genômicas de Oreochromis niloticus para o mapeamento físico citogenético e análises comparativas entre os diversos genomas disponíveis de peixes e outros vertebrados. Os resultados mostram uma forte conservação cromossômica dos marcadores/genes analisados entre as espécies de ciclídeos estudadas. Além disso, análises in silico de citogenética e genômica comparativa mostram grandes segmentos cromossômicos conservados não somente entre os ciclídeos, mas também entre diferentes espécies/grupos de peixes e entre espécies de vertebrados demonstrando evidências de sintenia de grandes segmentos genômicos mesmo entre grupos taxonomicamente distantes em vertebrados. Esses resultados fornecem uma excelente base para futuros estudos de caracterização citogenética e integração de mapas para estudos evolutivos em peixes, em especial na família CichlidaeCichlids represent one of the most striking examples of rapid and convergent evolutionary radiation among vertebrates. Several genomic resources have been developed for cichlid fish, including genetic linkage maps, physical mapping based on bacterial artificial chromosome (BAC) libraries and more recently and whole sequencing genomes. These BACs libraries can be explored to obtain probes for cytogenetic mapping providing important informations about chromosome structure and evolution. Additionally BAC-end sequencing analyzes in combination with in silico mapping can be used to integrate chromosomes, local (gene) sequences, genetic maps, and whole genome sequencing. The present study aimed to infer about the chromosomal diversification during cichlid evolution using BAC clones from Oreochromis niloticus libraries for cytogenetic mapping and a comparative analyzes using fish and other complete genomes available. The results show a strong conservation of number and location of hybridization signals between cichlids species. Furthermore, in silico comparative genomics and cytogenetic analysis showed that large chromosomal segments are conserved not only in cichlids but also among non-related fish groups and either between some vertebrates, providing evidence for large syntenic genomic segments. These results provide an excellent foundation for further cytogenetic characterization and comparative maps for chromosome evolution studies in fishes, especially in the Cichlidae familyCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Martins, Cesar [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Mazzuchelli, Juliana [UNESP]2014-06-11T19:32:13Z2014-06-11T19:32:13Z2012-02-03info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis127 f.application/pdfMAZZUCHELLI, Juliana. Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados. 2012. 127 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências de Botucatu, 2012.http://hdl.handle.net/11449/102680000695489mazzuchelli_j_dr_botib.pdf33004064026P988588006994253520000-0003-3534-974XAlephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporinfo:eu-repo/semantics/openAccess2023-11-25T06:13:35Zoai:repositorio.unesp.br:11449/102680Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462023-11-25T06:13:35Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
title Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
spellingShingle Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
Mazzuchelli, Juliana [UNESP]
Genetica animal
Vertebrado - Evolução
Citogenetica
title_short Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
title_full Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
title_fullStr Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
title_full_unstemmed Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
title_sort Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados
author Mazzuchelli, Juliana [UNESP]
author_facet Mazzuchelli, Juliana [UNESP]
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Martins, Cesar [UNESP]
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Mazzuchelli, Juliana [UNESP]
dc.subject.por.fl_str_mv Genetica animal
Vertebrado - Evolução
Citogenetica
topic Genetica animal
Vertebrado - Evolução
Citogenetica
description Os ciclídeos representam um dos exemplos mais marcantes de evolução entre os vertebrados. Por isso, muitos estudos genômicos vêm sendo desenvolvidos para este grupo, incluindo mapas genéticos de ligação, mapas físicos com base em bibliotecas de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) e, mais recentemente, o sequenciamento completo de genomas. Bibliotecas de BACs podem ainda ser exploradas no sentido de obtenção de sondas para mapeamento citogenético, fornecendo importantes informações sobre a estrutura e evolução cromossômica das espécies e grupos. Ainda, a análise das sequências nucleotídicas dos BACs em conjunto com mapeamento in silico podem ser utilizadas para integrar dados físicos cromossômicos, sequências gênicas, mapas genéticos e sequências de genomas completos. Esse trabalho teve por objetivo inferir sobre a diversificação cromossômica durante a evolução dos ciclídeos utilizando BACs de bibliotecas genômicas de Oreochromis niloticus para o mapeamento físico citogenético e análises comparativas entre os diversos genomas disponíveis de peixes e outros vertebrados. Os resultados mostram uma forte conservação cromossômica dos marcadores/genes analisados entre as espécies de ciclídeos estudadas. Além disso, análises in silico de citogenética e genômica comparativa mostram grandes segmentos cromossômicos conservados não somente entre os ciclídeos, mas também entre diferentes espécies/grupos de peixes e entre espécies de vertebrados demonstrando evidências de sintenia de grandes segmentos genômicos mesmo entre grupos taxonomicamente distantes em vertebrados. Esses resultados fornecem uma excelente base para futuros estudos de caracterização citogenética e integração de mapas para estudos evolutivos em peixes, em especial na família Cichlidae
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012-02-03
2014-06-11T19:32:13Z
2014-06-11T19:32:13Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv MAZZUCHELLI, Juliana. Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados. 2012. 127 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências de Botucatu, 2012.
http://hdl.handle.net/11449/102680
000695489
mazzuchelli_j_dr_botib.pdf
33004064026P9
8858800699425352
0000-0003-3534-974X
identifier_str_mv MAZZUCHELLI, Juliana. Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados. 2012. 127 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências de Botucatu, 2012.
000695489
mazzuchelli_j_dr_botib.pdf
33004064026P9
8858800699425352
0000-0003-3534-974X
url http://hdl.handle.net/11449/102680
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 127 f.
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.source.none.fl_str_mv Aleph
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1803046647380312064

Registros relacionados