Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Kishi, Luciano Takeshi [UNESP]
Data de Publicação: 2007
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/103892
Resumo: Bactérias simbiontes conhecidos como rizóbios interagem com raízes de leguminosas e induzem a formação de nódulos fixadores de nitrogênio. Em rizóbios, genes essenciais para simbiose são compartimentalizados em ilhas simbióticas ou em ilhas no cromossoma. Para o entendimento da estrutura e evolução dessas ilhas simbióticas, é necessário analisar seu contexto genético e sua organização. O genoma parcial de B. elkanii SEMIA 587 apresenta hoje um total de 5.821.111 pb seqüenciados contendo 62,6 % de GC em 3941 Contigs, onde foram identificados 5381 ORFs. Uma suposta ilha simbiótica foi localizada através da identificação de genes relacionados à fixação e nodulação em comparação à ilha simbiótica de B. japonicum, encontrando 267 ORFs em B. elkanii, onde 17 ORFs foram identificadas como transposases. Assim, através destes resultados parciais pode ser possível averiguar que B. elkanii provavelmente sofreu um rearranjo genético no cromossoma, já que ele apresenta um tamanho menor que B. japonicum em relação ao tamanho do genoma.
id UNSP_68fc80c2775018a42d22352b22575dd2
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/103892
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicumRhizobiaGenomeNitrogen-fixingSimbiotic islandsRizobioNitrogênio - FixaçãoGenomaIlha simbióticaBactérias simbiontes conhecidos como rizóbios interagem com raízes de leguminosas e induzem a formação de nódulos fixadores de nitrogênio. Em rizóbios, genes essenciais para simbiose são compartimentalizados em ilhas simbióticas ou em ilhas no cromossoma. Para o entendimento da estrutura e evolução dessas ilhas simbióticas, é necessário analisar seu contexto genético e sua organização. O genoma parcial de B. elkanii SEMIA 587 apresenta hoje um total de 5.821.111 pb seqüenciados contendo 62,6 % de GC em 3941 Contigs, onde foram identificados 5381 ORFs. Uma suposta ilha simbiótica foi localizada através da identificação de genes relacionados à fixação e nodulação em comparação à ilha simbiótica de B. japonicum, encontrando 267 ORFs em B. elkanii, onde 17 ORFs foram identificadas como transposases. Assim, através destes resultados parciais pode ser possível averiguar que B. elkanii provavelmente sofreu um rearranjo genético no cromossoma, já que ele apresenta um tamanho menor que B. japonicum em relação ao tamanho do genoma.Symbiont bacteria, commonly known as rhizobia interact with root legume and induce the formation of Nitrogen-fixing nodules. Among rhizobia, essential genes for symbioses are compartmentalized either in symbiotic islands or in chromosomal islands. For better understanding of the structure and evolution of these symbiotic islands, it is necessary to analyze their genetic context and organization. The work had as objective to analyze genes related to the symbiotic island in the partial genoma of the B. elkanii strain 587 has 5.821.111 bp sequenced, containing 62,6 % of GC in 3941 Contigs, been identified 5381 ORFs. A purported symbiotic island was localized through of the identification of related genes of fixing nitrogen and nodulation in comparison with the symbiotic island of B. japonicum, founding 267 ORFs in B. elkanii, where 17 ORFs were identified as transposases. So through these partial results could be possible to infer that B. elkanii probably shows a symbiotic island with genetic rearrange into chromosome, because it showed lower genome size than B. japonicum.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Lemos, Eliana Gertrudes Macedo [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Kishi, Luciano Takeshi [UNESP]2014-06-11T19:32:53Z2014-06-11T19:32:53Z2007-12-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisviii, 75 f. : il.application/pdfKISHI, Luciano Takeshi. Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum. 2007. viii, 75 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2007.http://hdl.handle.net/11449/103892000556039kishi_lt_dr_jabo_prot.pdf33004102070P6Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-05T18:49:00Zoai:repositorio.unesp.br:11449/103892Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T16:32:50.858776Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
title Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
spellingShingle Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
Kishi, Luciano Takeshi [UNESP]
Rhizobia
Genome
Nitrogen-fixing
Simbiotic islands
Rizobio
Nitrogênio - Fixação
Genoma
Ilha simbiótica
title_short Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
title_full Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
title_fullStr Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
title_full_unstemmed Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
title_sort Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum
author Kishi, Luciano Takeshi [UNESP]
author_facet Kishi, Luciano Takeshi [UNESP]
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Lemos, Eliana Gertrudes Macedo [UNESP]
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Kishi, Luciano Takeshi [UNESP]
dc.subject.por.fl_str_mv Rhizobia
Genome
Nitrogen-fixing
Simbiotic islands
Rizobio
Nitrogênio - Fixação
Genoma
Ilha simbiótica
topic Rhizobia
Genome
Nitrogen-fixing
Simbiotic islands
Rizobio
Nitrogênio - Fixação
Genoma
Ilha simbiótica
description Bactérias simbiontes conhecidos como rizóbios interagem com raízes de leguminosas e induzem a formação de nódulos fixadores de nitrogênio. Em rizóbios, genes essenciais para simbiose são compartimentalizados em ilhas simbióticas ou em ilhas no cromossoma. Para o entendimento da estrutura e evolução dessas ilhas simbióticas, é necessário analisar seu contexto genético e sua organização. O genoma parcial de B. elkanii SEMIA 587 apresenta hoje um total de 5.821.111 pb seqüenciados contendo 62,6 % de GC em 3941 Contigs, onde foram identificados 5381 ORFs. Uma suposta ilha simbiótica foi localizada através da identificação de genes relacionados à fixação e nodulação em comparação à ilha simbiótica de B. japonicum, encontrando 267 ORFs em B. elkanii, onde 17 ORFs foram identificadas como transposases. Assim, através destes resultados parciais pode ser possível averiguar que B. elkanii provavelmente sofreu um rearranjo genético no cromossoma, já que ele apresenta um tamanho menor que B. japonicum em relação ao tamanho do genoma.
publishDate 2007
dc.date.none.fl_str_mv 2007-12-13
2014-06-11T19:32:53Z
2014-06-11T19:32:53Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv KISHI, Luciano Takeshi. Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum. 2007. viii, 75 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2007.
http://hdl.handle.net/11449/103892
000556039
kishi_lt_dr_jabo_prot.pdf
33004102070P6
identifier_str_mv KISHI, Luciano Takeshi. Análise comparativa das seqüências de genes da ilha simbiótica entre Bradyrhizobium elkanii e Bradyrhizobium japonicum. 2007. viii, 75 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2007.
000556039
kishi_lt_dr_jabo_prot.pdf
33004102070P6
url http://hdl.handle.net/11449/103892
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv viii, 75 f. : il.
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.source.none.fl_str_mv Aleph
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1808128223555354624

Registros relacionados