Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Espinha, Luciana M. [UNESP]
Data de Publicação: 2004
Outros Autores: Gaspar, José O. [UNESP], Ward, Richard J., Ruller, Roberto, Camargo, Luis E. A.
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582004000300018
http://hdl.handle.net/11449/211190
Resumo: We report the characterization of the 5'-terminal region of an isolate of Southern bean mosaic virus found in the São Paulo State, Brazil (SBMV-SP). The RNA was extracted from purified virus particles and subjected to RT-PCR using oligonucleotides designed to amplify about 590 nt of the 5'-terminal region of the viral RNA. A fragment with the expected size was obtained, which, after cloning and sequencing, showed the existence of a 5' non-coding region with 92 nt and the first ORF, starting at the first AUG (position 93) and ending at a UGA stop codon at position 534. A small site, partially complementary to the 3'-terminus of 18S ribossomal RNA was detected at the non-coding region. The ORF1 may encode a protein containing 147 amino acids with a deduced molecular weight of 17080 Da. The 3'-terminus of ORF1 overlaps the 5'-terminus of ORF2 in 34 nt. Our results indicate that the 5'-terminal region of SBMV-SP is similar to that of the Arkansas isolated (SBMV-ARK) described in the North America.
id UNSP_855344b28cdb1cbbc30291247cf232a8
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/211190
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>Characterization of the 5'-terminal region of a Brazilian isolate of Southern bean mosaic virusfeijoeiro comumSobemovirusSBMVseqüenciamentoWe report the characterization of the 5'-terminal region of an isolate of Southern bean mosaic virus found in the São Paulo State, Brazil (SBMV-SP). The RNA was extracted from purified virus particles and subjected to RT-PCR using oligonucleotides designed to amplify about 590 nt of the 5'-terminal region of the viral RNA. A fragment with the expected size was obtained, which, after cloning and sequencing, showed the existence of a 5' non-coding region with 92 nt and the first ORF, starting at the first AUG (position 93) and ending at a UGA stop codon at position 534. A small site, partially complementary to the 3'-terminus of 18S ribossomal RNA was detected at the non-coding region. The ORF1 may encode a protein containing 147 amino acids with a deduced molecular weight of 17080 Da. The 3'-terminus of ORF1 overlaps the 5'-terminus of ORF2 in 34 nt. Our results indicate that the 5'-terminal region of SBMV-SP is similar to that of the Arkansas isolated (SBMV-ARK) described in the North America.O presente trabalho caracteriza a região 5'-terminal de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar cerca de 590 nt da região 5'-terminal do RNA viral. Foi obtido um fragmento de tamanho esperado que, após clonagem e seqüenciamento, mostrou a existência de uma região não codificadora com 92 nt e a primeira ORF, começando no primeiro AUG (posição 93) e terminando no códon UGA na posição 534. Na região não codificadora foi detectado um segmento parcialmente complementar ao RNA ribossomal 18S. A ORF1 codifica uma proteína de 147 aminoácidos com massa molecular estimada de 17080 Da. A extremidade 3' da ORF1 sobrepõe a extremidade 5' da ORF2 em 34 nucleotídeos. Os resultados obtidos indicam que a região 5'-terminal do RNA do SBMV-SP é similar ao isolado Arkansas (SBMV-ARK) descrito na América do Norte.Universidade de São Paulo, Faculdade de MedicinaUniversidade de São Paulo, Escola Superior de Agricultura Luiz de QueirozUniversidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências ExatasUniversidade de São Paulo, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão PretoUniversidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências ExatasSociedade Brasileira de FitopatologiaUniversidade de São Paulo (USP)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Espinha, Luciana M. [UNESP]Gaspar, José O. [UNESP]Ward, Richard J.Ruller, RobertoCamargo, Luis E. A.2021-07-14T10:20:36Z2021-07-14T10:20:36Z2004-06info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article328-331application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582004000300018Fitopatologia Brasileira. Brasília, DF, Brazil: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, v. 29, n. 3, p. 328-331, 2004.0100-41581678-4677http://hdl.handle.net/11449/21119010.1590/S0100-41582004000300018S0100-41582004000300018S0100-41582004000300018.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporFitopatologia Brasileirainfo:eu-repo/semantics/openAccess2023-10-05T06:09:54Zoai:repositorio.unesp.br:11449/211190Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T14:07:21.896315Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
Characterization of the 5'-terminal region of a Brazilian isolate of Southern bean mosaic virus
title Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
spellingShingle Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
Espinha, Luciana M. [UNESP]
feijoeiro comum
Sobemovirus
SBMV
seqüenciamento
title_short Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
title_full Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
title_fullStr Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
title_full_unstemmed Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
title_sort Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href=#back1></a>
author Espinha, Luciana M. [UNESP]
author_facet Espinha, Luciana M. [UNESP]
Gaspar, José O. [UNESP]
Ward, Richard J.
Ruller, Roberto
Camargo, Luis E. A.
author_role author
author2 Gaspar, José O. [UNESP]
Ward, Richard J.
Ruller, Roberto
Camargo, Luis E. A.
author2_role author
author
author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Universidade de São Paulo (USP)
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Espinha, Luciana M. [UNESP]
Gaspar, José O. [UNESP]
Ward, Richard J.
Ruller, Roberto
Camargo, Luis E. A.
dc.subject.por.fl_str_mv feijoeiro comum
Sobemovirus
SBMV
seqüenciamento
topic feijoeiro comum
Sobemovirus
SBMV
seqüenciamento
description We report the characterization of the 5'-terminal region of an isolate of Southern bean mosaic virus found in the São Paulo State, Brazil (SBMV-SP). The RNA was extracted from purified virus particles and subjected to RT-PCR using oligonucleotides designed to amplify about 590 nt of the 5'-terminal region of the viral RNA. A fragment with the expected size was obtained, which, after cloning and sequencing, showed the existence of a 5' non-coding region with 92 nt and the first ORF, starting at the first AUG (position 93) and ending at a UGA stop codon at position 534. A small site, partially complementary to the 3'-terminus of 18S ribossomal RNA was detected at the non-coding region. The ORF1 may encode a protein containing 147 amino acids with a deduced molecular weight of 17080 Da. The 3'-terminus of ORF1 overlaps the 5'-terminus of ORF2 in 34 nt. Our results indicate that the 5'-terminal region of SBMV-SP is similar to that of the Arkansas isolated (SBMV-ARK) described in the North America.
publishDate 2004
dc.date.none.fl_str_mv 2004-06
2021-07-14T10:20:36Z
2021-07-14T10:20:36Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582004000300018
Fitopatologia Brasileira. Brasília, DF, Brazil: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, v. 29, n. 3, p. 328-331, 2004.
0100-4158
1678-4677
http://hdl.handle.net/11449/211190
10.1590/S0100-41582004000300018
S0100-41582004000300018
S0100-41582004000300018.pdf
url http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582004000300018
http://hdl.handle.net/11449/211190
identifier_str_mv Fitopatologia Brasileira. Brasília, DF, Brazil: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, v. 29, n. 3, p. 328-331, 2004.
0100-4158
1678-4677
10.1590/S0100-41582004000300018
S0100-41582004000300018
S0100-41582004000300018.pdf
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv Fitopatologia Brasileira
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 328-331
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Fitopatologia
publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Fitopatologia
dc.source.none.fl_str_mv SciELO
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1808128318315167744

Registros relacionados