Amplificação isotérmica mediada por loop para identificação de espécies puras e híbridos de peixe da família Serrasalmidae utilizados na piscicultura brasileira
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/11449/217745 |
Resumo: | Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a molecular technique that has been widely used in several biological fields, due to the ease of application in species identification. The design of core and loop primers for using the amplification technique is more complex than PCR primers, as there are four core primers and two loop specific that recognize six distinct sequences of the target DNA for amplification, in contrast with only two of the normal PCR. However, this technique makes it possible to identify species quickly, accurately and at lower cost when compared to PCR. In aquaculture, the identification of parental species and their respective hybrids through LAMP allows the diagnosis and objective analysis that can be used to adequately manage fish farms, in the identification of species at the beginning of the cultivation, and allows increased knowledge regarding impacts environment impacts caused by cultivated species, affecting wild populations. The objective of this work was to apply and standardize the LAMP technique for the identification of pure species of Colossoma macropomum, Piaractus mesopotamicus and its hybrid (“tambacu”), thus enabling faster, more accurate, efficient and low-cost analysis, with quick visualization, in a simple and objective manner. It was possible to develop for the first time a LAMP protocol for the diagnosis of P. mesopotamicus and C. macropomum species, as well as for tambacu, using the RAG2 gene. It was also possible to validate the LAMP technique to identify the species of the fish in question, diagnosing and differentiating pure and hybrid individuals. |
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Amplificação isotérmica mediada por loop para identificação de espécies puras e híbridos de peixe da família Serrasalmidae utilizados na piscicultura brasileiraLoop-mediated isothermal amplification for identification of pure species and hybrids of fish from the Serrasalmidae family used in Brazilian fish farmingLAMPFishesGenetic analysisConservationAnálise genéticaPeixesLoop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a molecular technique that has been widely used in several biological fields, due to the ease of application in species identification. The design of core and loop primers for using the amplification technique is more complex than PCR primers, as there are four core primers and two loop specific that recognize six distinct sequences of the target DNA for amplification, in contrast with only two of the normal PCR. However, this technique makes it possible to identify species quickly, accurately and at lower cost when compared to PCR. In aquaculture, the identification of parental species and their respective hybrids through LAMP allows the diagnosis and objective analysis that can be used to adequately manage fish farms, in the identification of species at the beginning of the cultivation, and allows increased knowledge regarding impacts environment impacts caused by cultivated species, affecting wild populations. The objective of this work was to apply and standardize the LAMP technique for the identification of pure species of Colossoma macropomum, Piaractus mesopotamicus and its hybrid (“tambacu”), thus enabling faster, more accurate, efficient and low-cost analysis, with quick visualization, in a simple and objective manner. It was possible to develop for the first time a LAMP protocol for the diagnosis of P. mesopotamicus and C. macropomum species, as well as for tambacu, using the RAG2 gene. It was also possible to validate the LAMP technique to identify the species of the fish in question, diagnosing and differentiating pure and hybrid individuals.A amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) é uma técnica molecular e tem sido amplamente utilizada em diversos campos biológicos, devido à facilidade com que pode ser aplicada na identificação de espécies. O desenho de primers core e loop para a utilização da técnica de amplificação é mais complexo do que primers para PCR (Polymerase chain reaction), pois são quatro primers core e dois loop específicos que reconhecem seis sequências distintas do DNA alvo para a amplificação, em contraste com apenas dois da PCR normal. Entretanto, essa técnica possibilita a identificação de espécies de forma rápida, precisa e de baixo custo quando comparada à PCR. Na aquicultura, a identificação de espécies parentais e seus respectivos híbridos através da LAMP permite o diagnóstico e análises objetivas que podem ser utilizadas no manejo correto dentro das pisciculturas, na identificação das espécies no início do cultivo, além de permitir o aumento do conhecimento acerca das espécies cultivadas que podem gerar impactos no meio ambiente, afetando as populações selvagens. O objetivo do trabalho foi aplicar e padronizar a técnica LAMP para a identificação de espécies puras de Colossoma macropomum, Piaractus mesopotamicus e seu híbrido (“tambacu”) e com isso possibilitar análises mais rápidas, precisas, eficientes e de baixo custo e com visualização rápida, simples e objetiva. No presente trabalho foi possível elaborar pela primeira vez um protocolo de LAMP para diagnóstico das espécies P. mesopotamicus e C. macropomum, assim como para o tambacu, utilizando o gene RAG2. Com os resultados dos produtos de amplificação, foi possível a validação da técnica LAMP para a identificação das espécies dos peixes em questão, diagnosticando e diferenciando indivíduos puros e híbridos.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)PIBIC: 139849/2021-1Universidade Estadual Paulista (Unesp)Porto-Foresti, Fábio [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Santos, Natalia dos2022-04-11T14:33:27Z2022-04-11T14:33:27Z2022-03-16info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/11449/217745porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESP2023-10-18T06:05:12Zoai:repositorio.unesp.br:11449/217745Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T15:13:57.875689Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
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