Estudo genômico de características de desempenho reprodutivo em bovinos da raça Nelore

• Autor(a) principal: Sbardella, Ana Paula [UNESP]
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/193515
• topic: Bos taurus indicus; Características reprodutivas; Associação ampla do genoma; Seleção genômica; Reproduction traits; Genome-wide association; Genomic selection

A informação genômica vem sendo aplicada como importante ferramenta em programas de melhoramento animal. Desta maneira, pode contribuir para melhorar o desempenho reprodutivo dos animais visando atender à crescente demanda por carne bovina. Este trabalho tem como objetivos: (1) Identificar a associação entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) com as características de circunferência escrotal aos 365 dias de idade (CE365) e aos 450 dias de idade (CE450), período de gestação (PG), como característica do bezerro, idade ao primeiro parto (IPP), produtividade acumulada (PAC), parto precoce até 30 meses de idade (P30) e habilidade de permanência da vaca no rebanho (“Stayability” - STAY) a fim de detectar genes candidatos e vias biológicas associadas com características reprodutivas em bovinos de corte da raça Nelore; (2) Comparar a acurácia de predição de características reprodutivas usando os métodos Melhor preditor linear não-viesado (BLUP) e Melhor preditor linear não viesado genômico de único passo (ssGBLUP) e classificar cada animal segundo seu valor genético (EBV) e valor genético genômico (GEBV), estimados para as características estudadas, visando obter informações mais acuradas para a seleção de animais jovens; (3) Comparar grupos de animais para as características estudadas, resultantes de análises de agrupamento com as estimativas de EBV e GEBV, afim de identificar aqueles que apresentam melhor potencial genético para o desempenho reprodutivo. Para isso, foram utilizados dados fenotípicos, de pedigree e genotípicos disponibilizados pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Os dados genotípicos são oriundos de 8.652 animais, genotipados ou imputados para painéis de marcadores SNP em alta densidade (Illumina Bovine HD BeadChip). Dados fenotípicos de 50.331 e 34.848 animais foram utilizados para estudo de associação genômica ampla (GWAS) e seleção genômica (GS), respectivamente. O GWAS em passo único ponderado (WssGWAS) foi utilizado para estimação dos efeitos dos SNP sobre as características estudadas. Para comparar a habilidade de predição foram utilizados os métodos de avaliação BLUP e ssGBLUP. Em seguida, as análises de agrupamento hierárquica e não hierárquica foram realizadas para agrupar os animais com base no EBV ou GEBV. Os resultados do presente estudo revelaram genes com importantes funções para características reprodutivas, como os influenciadores na fertilidade e precocidade. Os genes CAMK1D, ACOXL, MRPL33, PLCB1 e JAG1, entre outros, aparecem associados com mais de uma característica. Os resultados de habilidade de predição resultantes do método ssGBLUP (0,07 - 0,46), em sua maioria foram maiores do que os resultados obtidos pelo método BLUP (0,06 - 0,41). Ademais, uma diferença nos valores genéticos dos animais quando a informação genômica é incorporada nas análises foi observada, o que pode contribuir no direcionamento da seleção de animais jovens segundo o GEBV. O GWAS evidenciou que a identificação de regiões associadas com as características estudadas pode contribuir com futuros estudos de validação biológica e os genes identificados serem indicados como candidatos a seleção. Ainda, os resultados de GS indicaram que a inclusão da informação genômica melhora a habilidade de predição de características reprodutivas e que a seleção de animais superiores para as características de interesse pode ser diferente quando a informação genômica é considerada.