Construção de um denso mapa genético e associação genômica para peso corporal e sexo em Piaractus mesopotamicus

• Autor(a) principal: Mendes, Natália Jade [UNESP]
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/193267
• topic: Pacu; GWAS; RADseq; Linkage map

Estudos genéticos com foco no aprimoramento de espécies de peixes Neotropicais são raros e, nesse sentido, uma espécie alvo é o pacu (Piaractus mesopotamicus), uma vez que é considerada uma das espécies de peixe de grande interesse econômico, com grande produção e valor comercial para a piscicultura brasileira. O presente trabalho teve como objetivo desenvolver ferramentas genéticas e genômicas através da genotipagem dos marcadores genéticos do tipo SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) para desenvolvimento de um mapa de ligação para esta espécie e, dessa maneira identificar regiões correlacionadas com características de peso corporal e sexo. Inicialmente foram formadas 14 famílias, sendo os indivíduos marcados com pit-tags e alocados em 3 tanques distintos. Os indivíduos foram pesados e tiveram o sexo identificado; no entanto, apenas 3 famílias foram genotipadas (família1, família2 e família3). Na etapa seguinte, foi realizada a extração do DNA e a elaboração de uma biblioteca genômica para cada família através da metodologia Restriction-Site Associated DNA-Sequencing (RADseq). As bibliotecas foram sequenciadas na plataforma Hiseq 4000 Illumina, resultando em uma média de 35.697.700 de sequências brutas de cada família. Um total de 11.240 marcadores SNP foram prospectados e filtrados, sendo que destes 6.437 foram utilizados na construção do primeiro mapa genético da espécie, que possui 2.814,92cM com intervalo médio de 0.44. Esses mesmos marcadores também foram utilizados para desenvolver o primeiro GWAS (Estudo de Associação Ampla do Genoma) prospectado com indivíduos genotipados e não genotipados, totalizando 399 amostras. A análise do GWAS foi realizada por meio da abordagem ssGBLUP e explicou 3,21% para o peso corporal e 2,89% para o sexo. A partir da identificação dos loci foi realizado o Blast e a busca pelos genes candidatos, sendo identificados genes para o peso corporal envolvidos com fatores de crescimento, regulação e metabolismo do osso, codificação do colágeno, proliferação e crescimento celular. Do mesmo modo foi verificado que os genes candidatos para identificação sexual estavam relacionados à espermatogênese, diferenciação sexual, células germinativas e expressão do hormônio anti-Mülleriano (AMH) em células de Sertoli. Considera-se que as ferramentas genéticas e genômicas desenvolvidas neste trabalho poderão auxiliar em investigações sobre a evolução da espécie, organização do genôma, identificação de QTLs (loci de característica quantitativa) e em programas de melhoramento genético para o pacu e espécies aparentadas.