Perfil transcriptômico do músculo Longissimus thoracis associado a concentração de ácidos graxos em bovinos nelore terminados em confinamento

• Autor(a) principal: Schettini, Gustavo Pimenta
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/213837
• topic: Expressão gênica; Melhoramento genético; Ácidos graxos

A carne bovina possui alto valor nutricional por fornecer nutrientes fundamentais como os ácidos graxos (AG), unidades básicas dos lipídios, que participam de vias enzimáticas e regulatórias, do armazenamento energético e de funções estruturais, além de serem fatores importantes à aceitação do produto cárneo. Os ácidos graxos saturados (AGS) estão ligados a fatores de risco associados a cardiopatias e quadros inflamatórios, já os ácidos graxos mono- (AGMI) e poli-insaturados (AGPI), como os ácidos graxos essenciais (AGE) – ácidos linoleico (AL) e alfa-linolênico (ALA), condicionam proteção. O perfil de AG na carne bovina possui caráter complexo e poligênico. A partir do sequenciamento de ácidos nucléicos foi possível identificar genes diferencialmente expressos (GDE) em regiões genômicas associados à composição de AG na carne bovina. Contudo, poucas regiões genômicas explicaram grande parte das variâncias genéticas, e os GDE quando avaliados de forma isolada, não foram capazes de explicar totalmente o fenótipo e os mecanismos relacionados. Neste sentido, estudos de co-expressão (COE) e co-expressão diferencial (DCO) auxiliam nas análises de GDE, bem como os estudos de associação genômica ampla (GWAS). A análise de DCO é capaz de apontar genes e fatores de transcrição (FT) melhores conectados ao fenótipo, que, em associação com GDE e COE, fomentam o conhecimento relacionado à característica estudada. Desta forma, objetivou-se identificar e mensurar o perfil transcriptômico do perfil de AG no músculo Longissimus thoracis em bovinos da raça Nelore terminados em confinamento sob as abordagens de GDE, COE e DCO. Para a análise de COE foram utilizados dados de 44 touros, e destes, 30 com valores extremos para cada AG. Somas e razões (totalizando 14 fenótipos) foram utilizados nas análises de GDE e DCO. Para a análise de DCO, utilizou-se duas metodologias: (i) weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) para cálculo da medida de conectividade diferencial (Kdiff) e (ii) partial correlation and information theory (PCIT). A metodologia PCIT foi utilizada somente para os grupos dos AGE com objetivo de identificar differential hubbing (DH) genes e FT com maior magnitude de regulatory impact factor. Um total de 912 GDE foram identificados, e os grupos de somas de AGPI (n=563) e ω-3 (n=346) foram os mais representativos. A análise de COE apontou três módulos, dos quais o módulo blue (n=1.776) foi correlacionado com oito dos 14 fenótipos de AG. Além disso, foram listados 759 genes DCO (WGCNA), com destaque para o ácido oleico (n=358) e a soma dos AGMI (n=120). Por meio da análise que combinou PCIT+WGCNA (DCO), os DH genes ASB5 e ERLIN1 e o FT NFIA se sobressaíram por impactarem ambos os AGE (AL e ALA). Além disso, os genes ELOVL5, FADS2, FASN e PPARG e os FT NFYA, NFYB e RORA foram atrelados a pelo menos um dos AGE. Ao confluir os resultados de GDE+COE+DCO (WGCNA) para todas os fenótipos, os genes ACSL3, ECI1, DECR2, FITM1 e SDHB foram sinalizados em pelo menos duas análises. Estes genes, relacionados ao metabolismo lipídico foram, até então, pouco explorados em estudos com bovinos. Estes achados contribuem para a melhor compreensão dos mecanismos genéticos subjacentes ao perfil de AG da carne em bovinos Nelore terminados em confinamento.