Aplicações da teoria de nós no estudo da estrutura de proteínas

• Autor(a) principal: Silva, Paula Martins da [UNESP]
• Data de Publicação: 2013
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/106660
• topic: Simulação (Computadores); Teoria do no; Geometria; Computer simulation

Este estudo consiste em entender a forma tridimensional de proteínas, investigando padrões de comportamento na área do Nó matemático em relação à proteína real. A abordagem adotada envolveu a aplicação de uma teoria matemática sobre os Nós (Knots) para o entendimento da geometria adotada elas proteínas. No laboratório de simulação computacional da UNESP, campus de Bauru, foi utilizado um microcomputador Pentium com 1GB de RAM. Os softwares utilizados foram: Origin 7.0, pacote da Microsoft Office, CodeBlocks - que é um ambiente de desenvolvimento integrado (IDE) para plataformas Linux -, MAC OS e Windows, que permite escrever aplicativos para ambiente gráficos ou aplicativos de console em linguagem C ou C++, com suporte a múltiplos compiladores como GCC/MinGW, SDCC, intel C++, GNU ARM. Além desses, o software RasMol foi utilizado para visualização das proteínas e o software KnotPlot, para investigação dos Nós matemáticos. O método apresenta o levantamento, tratamento e integração dos dados. Através do software, não foram reconhecidos padrões em proteínas que possuem os Nós. Apresentou-se uma nova abordagem para visualizar alfa hélice, fitas betas e turns. No que diz respeito às distâncias internas, foi possível analisar o comportamento das proteínas e, na topologia matemática a 3, detectou-se similaridade em relação às quantidades de concavidades e pisos. Conclui-se que o programa necessita de parâmetros estabelecidos na literatura para realizar todas as leitura dos resultados apresentado pelo software