Estrutura genômica populacional de bovinos leiteiros Gir

• Autor(a) principal: Bertipaglia, Tássia Souza [UNESP]
• Data de Publicação: 2017
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/150872
• topic: Análise multivariada; Bos taurus indicus; Bovino de leite; Linhagens; Painéis de SNP; Variabilidade genética; Dairy cattle; Genetic variability; Lineages; Multivariate analysis; SNP panels

Considerando painéis de SNP (do inglês Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo de nucleotídeo único) objetivou-se descrever o perfil genômico populacional de bovinos leiteiros da raça Gir por meio da caracterização de linhagens desta população e inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de animais provenientes de diversas fazendas do Brasil. Após o controle de qualidade de genótipos e amostras, foram obtidos 1987 SNP bialélicos em cromossomos autossomos presentes nos painéis HD e 50K SNP, em um painel resultante de SNP em comum dos dois painéis, 21K SNP. Distâncias genéticas entre os marcadores foram obtidas e, por meio da decomposição espectral, foram gerados os componentes principais. A análise multivariada de componentes principais, em um contexto de estrutura populacional, permite inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de parentesco entre os animais. A determinação do número de agrupamentos foi realizada com o procedimento k-means, utilizando a distância genética entre os animais, que permite identificar subgrupos genéticos na população, com moderada-alta qualidade de agrupamento, com coeficiente correlação cofenética equivalente a 0,66. O parentesco, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), coeficientes de endogamia, desequilíbrio de ligação (LD) e tamanho efetivo populacional, baseados exclusivamente em informações genômicas também foram obtidos. Os resultados evidenciaram quatro diferentes agrupamentos genéticos, definidos como linhagens da raça Gir leiteira do Brasil, indicando que o uso de poucos reprodutores ou de seus descendentes com maior intensidade e também devido a diferentes origens dos ancestrais, formou os diferentes agrupamentos genéticos, os quais são compostos por animais de várias fazendas. Há pouco parentesco entre os animais e isso se refletiu na média do coeficiente de endogamia, sendo que a média da endogamia obtida para todos os indivíduos foi de 0,017, evidenciando o fluxo gênico nas diferentes fazendas, o que evitou o acasalamento entre animais aparentados, ou ainda devido à escolha dos animais para genotipagem. O valor médio de He foi 0,25, próximo a média de Ho, revelando que não houve perda e nem fixação de alelos com efeitos indesejáveis. O LD foi obtido para todos os pares de SNP adjacentes com janelas de 50 Mb, revelando que o LD é maior em menores distâncias entre os marcadores, com valor médio de LD de 0,17 ± 0,26 para até 200 Kb, sendo assim, o LD estimado para espaçamento até 40 Kb seria suficiente para se obter associação com Quantitative Trait Loci. O tamanho efetivo populacional (Ne) foi 92,84 animais, sendo assim, cerca de 93 indivíduos nesta população contribuirão em termos de variância genética para a próxima geração desta população. Portanto, concluiu-se que o fluxo gênico nas propriedades mantém a variabilidade genética dos rebanhos. Esses parâmetros populacionais poderão auxiliar nas decisões de acasalamentos dos programas de melhoramento genético da raça a fim de aumentar ou manter a variabilidade genética dos rebanhos.