Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pavanelo, Daniel Brisotto
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/72308
Resumo: Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é o agente etiológico da colibacilose, doença que acomete galinhas, patos, perus e outras aves, principalmente entre a 2ª e a 12ª semana de vida. Existem diversos estudos sobre genes associados à virulência de APEC, mas eles ainda não são capazes de explicar todos os fenótipos de APEC. Portanto, outros genes associados à virulência – ainda não descritos – devem estar presentes em APEC. Para descobrir novos genes associados à virulência em APEC, uma cepa invasiva foi usada para a construção de uma biblioteca de 1.800 mutantes, através da técnica de mutagênese marcada com assinatura, que insere transposons aleatoriamente no genoma da bactéria. Os mutantes foram selecionados em um ensaio de invasão in vitro a fibroblastos aviários da linhagem CEC-32. A sequência dos transposons inseridos nos mutantes permite a identificação daqueles mutantes que não foram capazes de invadir os fibroblastos. Até agora, 11 de 20 pools de 90 mutantes cada foram analisados, e 48 mutantes parecem ter perdido a capacidade invasiva, ou seja, tiveram sua virulência atenuada. Os demais pools já foram selecionados e terão seu DNA analisado. Todos mutantes que possivelmente perderam sua capacidade invasiva serão testados novamente para confirmar seu fenótipo de virulência atenuada. Depois, a região contendo a sequência do transposon será sequenciada para que se descubra qual gene foi interrompido e é essencial para a virulência in vitro de APEC. Essa biblioteca de mutantes também pode ser testada em modelos de seleção in vivo, de modo que é possível identificar, através da análise dos mutantes ausentes na seleção, genes de virulência essenciais para APEC em diferentes condições.
id URGS_194df9134b28d6ce23df91b6cd73fe72
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/72308
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Pavanelo, Daniel BrisottoHorn, Fabiana2013-06-08T01:50:00Z2013http://hdl.handle.net/10183/72308000879155Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é o agente etiológico da colibacilose, doença que acomete galinhas, patos, perus e outras aves, principalmente entre a 2ª e a 12ª semana de vida. Existem diversos estudos sobre genes associados à virulência de APEC, mas eles ainda não são capazes de explicar todos os fenótipos de APEC. Portanto, outros genes associados à virulência – ainda não descritos – devem estar presentes em APEC. Para descobrir novos genes associados à virulência em APEC, uma cepa invasiva foi usada para a construção de uma biblioteca de 1.800 mutantes, através da técnica de mutagênese marcada com assinatura, que insere transposons aleatoriamente no genoma da bactéria. Os mutantes foram selecionados em um ensaio de invasão in vitro a fibroblastos aviários da linhagem CEC-32. A sequência dos transposons inseridos nos mutantes permite a identificação daqueles mutantes que não foram capazes de invadir os fibroblastos. Até agora, 11 de 20 pools de 90 mutantes cada foram analisados, e 48 mutantes parecem ter perdido a capacidade invasiva, ou seja, tiveram sua virulência atenuada. Os demais pools já foram selecionados e terão seu DNA analisado. Todos mutantes que possivelmente perderam sua capacidade invasiva serão testados novamente para confirmar seu fenótipo de virulência atenuada. Depois, a região contendo a sequência do transposon será sequenciada para que se descubra qual gene foi interrompido e é essencial para a virulência in vitro de APEC. Essa biblioteca de mutantes também pode ser testada em modelos de seleção in vivo, de modo que é possível identificar, através da análise dos mutantes ausentes na seleção, genes de virulência essenciais para APEC em diferentes condições.Avian pathogenic E. coli (APEC) is the causative agent of colibacillosis, a disease that affects poultry and other birds, mainly between two and twelve weeks of age. There are many studies about virulence-associated genes in APEC, but they do not fully explain all the APEC phenotypes. Therefore, other virulence-associated genes – not yet described – must be present in APEC strains. In order to find out new virulence genes, we made 1,800 random-transposons mutants of an APEC invasive strain using the signature-tagged mutagenesis method. The mutants were selected using an in vitro invasion assay to fibroblast cells. The sequence of the inserted transposons allows us to identify mutants that have lost the capacity of invade the cells. Until now, we tested eleven out of twenty pools of ninety mutants each, and forty-eight mutants appeared to have lost the invasive capacity. The other nine pools will be analyzed, and all the possible non-invasive mutants will be tested again to confirm the phenotype. Then, they will have the transposon-inserted region sequenced in order to find out which gene has been disrupted and is essential to APEC in vitro invasiveness. The attenuated mutants can also be selected in vivo, so we would identify essential virulence genes to APEC under different conditions.application/pdfporMutaçãoVirulênciaEscherichia coli patogênica aviáriaMutageneseGenesAvian pathogenic escherichia coliSignature-tagged mutagenesisVirulence genesPadronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuadainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulCentro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do SulPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularPorto Alegre, BR-RS2013mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL000879155.pdf000879155.pdfTexto completoapplication/pdf1558136http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/72308/1/000879155.pdf0dd51f2578db865c637b11f8661e0721MD51TEXT000879155.pdf.txt000879155.pdf.txtExtracted Texttext/plain100626http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/72308/2/000879155.pdf.txt11a7df29977589b2e998b3493f3c79ebMD52THUMBNAIL000879155.pdf.jpg000879155.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1079http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/72308/3/000879155.pdf.jpg0a1f5ab5ced69928a6ffe74fbb49ec42MD5310183/723082018-10-15 09:06:48.219oai:www.lume.ufrgs.br:10183/72308Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532018-10-15T12:06:48Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
title Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
spellingShingle Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
Pavanelo, Daniel Brisotto
Mutação
Virulência
Escherichia coli patogênica aviária
Mutagenese
Genes
Avian pathogenic escherichia coli
Signature-tagged mutagenesis
Virulence genes
title_short Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
title_full Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
title_fullStr Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
title_full_unstemmed Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
title_sort Padronização da técnica de mutagênese marcada com assinatura para obtenção de mutantes de Escherichia coli patogênica aviária com virulência atenuada
author Pavanelo, Daniel Brisotto
author_facet Pavanelo, Daniel Brisotto
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Pavanelo, Daniel Brisotto
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Horn, Fabiana
contributor_str_mv Horn, Fabiana
dc.subject.por.fl_str_mv Mutação
Virulência
Escherichia coli patogênica aviária
Mutagenese
Genes
topic Mutação
Virulência
Escherichia coli patogênica aviária
Mutagenese
Genes
Avian pathogenic escherichia coli
Signature-tagged mutagenesis
Virulence genes
dc.subject.eng.fl_str_mv Avian pathogenic escherichia coli
Signature-tagged mutagenesis
Virulence genes
description Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é o agente etiológico da colibacilose, doença que acomete galinhas, patos, perus e outras aves, principalmente entre a 2ª e a 12ª semana de vida. Existem diversos estudos sobre genes associados à virulência de APEC, mas eles ainda não são capazes de explicar todos os fenótipos de APEC. Portanto, outros genes associados à virulência – ainda não descritos – devem estar presentes em APEC. Para descobrir novos genes associados à virulência em APEC, uma cepa invasiva foi usada para a construção de uma biblioteca de 1.800 mutantes, através da técnica de mutagênese marcada com assinatura, que insere transposons aleatoriamente no genoma da bactéria. Os mutantes foram selecionados em um ensaio de invasão in vitro a fibroblastos aviários da linhagem CEC-32. A sequência dos transposons inseridos nos mutantes permite a identificação daqueles mutantes que não foram capazes de invadir os fibroblastos. Até agora, 11 de 20 pools de 90 mutantes cada foram analisados, e 48 mutantes parecem ter perdido a capacidade invasiva, ou seja, tiveram sua virulência atenuada. Os demais pools já foram selecionados e terão seu DNA analisado. Todos mutantes que possivelmente perderam sua capacidade invasiva serão testados novamente para confirmar seu fenótipo de virulência atenuada. Depois, a região contendo a sequência do transposon será sequenciada para que se descubra qual gene foi interrompido e é essencial para a virulência in vitro de APEC. Essa biblioteca de mutantes também pode ser testada em modelos de seleção in vivo, de modo que é possível identificar, através da análise dos mutantes ausentes na seleção, genes de virulência essenciais para APEC em diferentes condições.
publishDate 2013
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2013-06-08T01:50:00Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2013
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/72308
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 000879155
url http://hdl.handle.net/10183/72308
identifier_str_mv 000879155
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/72308/1/000879155.pdf
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/72308/2/000879155.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/72308/3/000879155.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 0dd51f2578db865c637b11f8661e0721
11a7df29977589b2e998b3493f3c79eb
0a1f5ab5ced69928a6ffe74fbb49ec42
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1800309032986083328