DNA barcoding em Nematoda : uma análise exploratória utilizando sequências de cox1 depositadas em bancos de dados

• Autor(a) principal: Gonçalves, Leonardo Tresoldi
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/198835
• topic: Nematoda; Sequência de cox1; Nematodes; Automatic Barcode Gap Discovery

Tradicionalmente, os nematoides (Filo Nematoda) são identificados através de características morfológicas, mas essa abordagem nem sempre é suficiente. Além disso, há uma potencial diversidade críptica no filo muito difícil de ser detectada e descrita. Neste trabalho, avaliamos a eficácia do gene citocromo c oxidase I (cox1) como DNA barcode para nematoides. Através de uma ampla amostragem no banco de dados GenBank e de um rigoroso processo de curadoria, foram obtidas 4.283 sequências de cox1 atribuídas a 516 espécies e 196 gêneros de nematoides. A partir do conjunto de dados principal, adicionalmente compilamos 20 conjuntos de dados secundários, de modo a representar as categorias de subclasse (2), subordem (3), família (8) e gênero (7). Realizamos cálculos de distância interespecífica e intraespecífica para verificar se em alguma escala taxonômica do Filo Nematoda existe um barcoding gap que torne possível a definição de um limiar de distância genética. Adicionalmente, testamos a eficácia do gene cox1 como DNA barcode para a identificação de nematoides e utilizamos o software ABGD (Automatic Barcode Gap Discovery) para estimar o número de espécies presentes no conjunto de dados compilado. Apenas dois dos 21 conjuntos de dados analisados mostraram um barcoding gap consistente (Strongyloides e Strongyloididae), embora exista uma tendência forte ao barcoding gap em pelo menos outros sete conjuntos de dados. Nossos dados mostram que a posição do barcoding gap (ou da tendência a esse gap) varia muito, e que o uso de DNA barcoding em níveis taxonômicos inferiores, como gênero e família, gera resultados mais satisfatórios. Os resultados apontam que o gene cox1 funciona para a identificação de mais de 75% das espécies amostradas, o que sugere que esse marcador é eficiente para identificação de espécimes, embora seja atualmente subutilizado. No entanto, identificações incorretas de sequências do GenBank e problemas na delimitação de espécies dificultam a interpretação dos dados obtidos. Isso é corroborado pelas análises feitas no ABGD, que estimaram um número de espécies diferente que o previsto para a maioria dos conjuntos de dados analisados. Nossos resultados mostram que através da manutenção de um banco de dados de referência que obedeça a critérios taxonômicos rigorosos, o uso do gene cox1 como código de barras molecular pode se tornar um importante aliado dos caracteres morfológicos na taxonomia e sistemática de Nematoda.