Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Costa, Pedro Beschoren da
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/150742
Resumo: Bactérias de solo interagem com plantas e são componentes chave para saúde e vigor vegetal. As associações e interações naturais de plantas e bactérias podem ser manipuladas pela adição de inoculantes bacterianos, que são de grande interesse para a agricultura. Porém, mesmo linhagens bacterianas eficientes e extensivamente testadas em diferentes condições podem falhar em agir como bactérias promotoras de crescimento vegetal (plant growth promoting bacteria, PGPB) em total eficiência e em todos os casos. Isso ocorre devido às numerosas, e complexas, interações entre a planta, o inoculante, a comunidade bacteriana e o ambiente. Esta tese buscou detectar padrões em interações planta-bactéria, para que o inoculante certo seja adicionado nas condições certas. Usando dados de mais de 2200 estirpes isoladas em diversos projetos de nosso grupo, propusemos um modelo que busca explicar quais características bacterianas seriam selecionadas pela planta em condições pobres ou ricas em nutrientes. O modelo propõe que plantas irão favorecer solubilizadores de fosfato (P), como Burkholderia, em condições pobres em nutrientes, e produtores de hormônio vegetal, como Enterobacter, em condições ricas em nutrientes. Este modelo foi, então, testado em um microcosmo, inoculando Burkholderia e Enterobacter, isoladas e em co-inoculação. Testamos estas estirpes em plantas de arroz, usando solos argilosos ricos e arenosos pobres, em um gradiente de diversidade de diluição-até-extinção. Os resultados mostraram que, como sugerido pelo modelo, Burkholderia era uma melhor PGPB em solos pobres, Enterobacter era uma melhor PGPB em solos ricos, e que a solubilização de P e produção de hormônios vegetais são inversamente correlacionadas. Algumas das previsões do modelo não foram confirmadas, especificamente na quantificação de cada característica nos nichos rizosférico e endofítico. O gradiente de diversidade mostrou que eficiência de PGPB, sobrevivência das linhagens e colonização dos nichos são bastante dependentes da comunidade microbiana inicial. No ultimo capítulo desta tese, uma nova metodologia estatística foi testada, enquanto analisou-se o impacto da inoculação bacteriana nas comunidades rizosféricas em relação a teorias da ecologia de invasão. Apesar de algumas de nossas hipóteses terem sido rejeitadas, elas ainda assim são consideravelmente interessantes, e a nova metodologia pode ser muito útil para pesquisa em PGPB, pois ela facilita comparações de resultados de sequenciamento de nova geração. Nós concluímos esta tese afirmando que o modelo e a metodologia estatística apresentada podem ser muito úteis para pesquisa e aplicação de PGPB.
id URGS_44e78ed335de44bf048ce1063ee0a790
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/150742
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Costa, Pedro Beschoren daPassaglia, Luciane Maria Pereira2017-01-13T02:18:12Z2016http://hdl.handle.net/10183/150742000999456Bactérias de solo interagem com plantas e são componentes chave para saúde e vigor vegetal. As associações e interações naturais de plantas e bactérias podem ser manipuladas pela adição de inoculantes bacterianos, que são de grande interesse para a agricultura. Porém, mesmo linhagens bacterianas eficientes e extensivamente testadas em diferentes condições podem falhar em agir como bactérias promotoras de crescimento vegetal (plant growth promoting bacteria, PGPB) em total eficiência e em todos os casos. Isso ocorre devido às numerosas, e complexas, interações entre a planta, o inoculante, a comunidade bacteriana e o ambiente. Esta tese buscou detectar padrões em interações planta-bactéria, para que o inoculante certo seja adicionado nas condições certas. Usando dados de mais de 2200 estirpes isoladas em diversos projetos de nosso grupo, propusemos um modelo que busca explicar quais características bacterianas seriam selecionadas pela planta em condições pobres ou ricas em nutrientes. O modelo propõe que plantas irão favorecer solubilizadores de fosfato (P), como Burkholderia, em condições pobres em nutrientes, e produtores de hormônio vegetal, como Enterobacter, em condições ricas em nutrientes. Este modelo foi, então, testado em um microcosmo, inoculando Burkholderia e Enterobacter, isoladas e em co-inoculação. Testamos estas estirpes em plantas de arroz, usando solos argilosos ricos e arenosos pobres, em um gradiente de diversidade de diluição-até-extinção. Os resultados mostraram que, como sugerido pelo modelo, Burkholderia era uma melhor PGPB em solos pobres, Enterobacter era uma melhor PGPB em solos ricos, e que a solubilização de P e produção de hormônios vegetais são inversamente correlacionadas. Algumas das previsões do modelo não foram confirmadas, especificamente na quantificação de cada característica nos nichos rizosférico e endofítico. O gradiente de diversidade mostrou que eficiência de PGPB, sobrevivência das linhagens e colonização dos nichos são bastante dependentes da comunidade microbiana inicial. No ultimo capítulo desta tese, uma nova metodologia estatística foi testada, enquanto analisou-se o impacto da inoculação bacteriana nas comunidades rizosféricas em relação a teorias da ecologia de invasão. Apesar de algumas de nossas hipóteses terem sido rejeitadas, elas ainda assim são consideravelmente interessantes, e a nova metodologia pode ser muito útil para pesquisa em PGPB, pois ela facilita comparações de resultados de sequenciamento de nova geração. Nós concluímos esta tese afirmando que o modelo e a metodologia estatística apresentada podem ser muito úteis para pesquisa e aplicação de PGPB.Soil bacteria greatly interact with plants, and are key components for plant health and vigor. The natural associations and interactions of plant and bacteria can be manipulated by addition of bacterial inoculants, which are of great interest to agriculture. However, even highly efficient bacterial strains extensively tested under diverse conditions might fail to act as plant growth promoting bacteria (PGPB) at full efficiency and at all times. This happens because of the multiple, complex interactions between the plant, the inoculant, the bacterial community and the environment. This thesis aims to detect patterns in plant-bacteria interactions, so that the right inoculant is added at the right conditions. Using data over 2200 strains isolated in several projects from our research group, we raised a model that proposes to explain which bacterial traits would be selected by the plant in nutrient poor or nutrient rich conditions. Our model says that plants will favor P solubilizers, like Burkholderia, in nutrient poor conditions and plant hormone producers, like Enterobacter, in nutrient rich conditions. This model was then tested in a diversity gradient microcosm, inoculating Burkholderia and Enterobacter, as single strains and also co-inoculated. We tested these strains in rice plants, using rich clay soils and poor sandy soils, under a dilution-to-extinction diversity gradient. Results show that, as the model suggested, Burkholderia was a better PGPB in poor soils and Enterobacter was a better PGPB in rich soils, and that P solubilization and production of plant hormones by the bacterial communities are indeed inversely correlated. Some of the predictions of the model were not confirmed, specifically on the display of each trait in the rhizosphere and endosphere niches. The diversity gradient shows that PGPB efficiency, strain survival, and strain niche colonization largely depend on the initial microbial community. On the last chapter of this thesis, we used a novel statistical methodology when analyzing the impact of bacterial inoculation on rhizosphere communities under the assumptions of invasion ecology. Although some of our hypothesis did not hold in this case, they are still interesting to consider, and the novel methodology can be very useful for PGPB research as it facilitates comparisons of next generation sequencing results of a test group and a standard, like a non-inoculated control. We conclude this thesis stating that our model and the statistical methodology presented can be very useful for PGPB research and application.application/pdfporBactériasFertilizaçãoUm modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosferainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulInstituto de BiociênciasPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularPorto Alegre, BR-RS2016doutoradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT000999456.pdf.txt000999456.pdf.txtExtracted Texttext/plain239000http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/150742/2/000999456.pdf.txtaca10894b0d5c225db417c70b20b6cf9MD52ORIGINAL000999456.pdf000999456.pdfTexto completoapplication/pdf12143809http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/150742/1/000999456.pdfcb9fc8e94c9acb20ad34ae65d58f1afcMD5110183/1507422023-01-08 06:16:49.50508oai:www.lume.ufrgs.br:10183/150742Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532023-01-08T08:16:49Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
title Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
spellingShingle Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
Costa, Pedro Beschoren da
Bactérias
Fertilização
title_short Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
title_full Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
title_fullStr Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
title_full_unstemmed Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
title_sort Um modelo para inoculantes bacterianos promotores de crescimento vegetal baseado na ecologia da rizosfera
author Costa, Pedro Beschoren da
author_facet Costa, Pedro Beschoren da
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Costa, Pedro Beschoren da
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Passaglia, Luciane Maria Pereira
contributor_str_mv Passaglia, Luciane Maria Pereira
dc.subject.por.fl_str_mv Bactérias
Fertilização
topic Bactérias
Fertilização
description Bactérias de solo interagem com plantas e são componentes chave para saúde e vigor vegetal. As associações e interações naturais de plantas e bactérias podem ser manipuladas pela adição de inoculantes bacterianos, que são de grande interesse para a agricultura. Porém, mesmo linhagens bacterianas eficientes e extensivamente testadas em diferentes condições podem falhar em agir como bactérias promotoras de crescimento vegetal (plant growth promoting bacteria, PGPB) em total eficiência e em todos os casos. Isso ocorre devido às numerosas, e complexas, interações entre a planta, o inoculante, a comunidade bacteriana e o ambiente. Esta tese buscou detectar padrões em interações planta-bactéria, para que o inoculante certo seja adicionado nas condições certas. Usando dados de mais de 2200 estirpes isoladas em diversos projetos de nosso grupo, propusemos um modelo que busca explicar quais características bacterianas seriam selecionadas pela planta em condições pobres ou ricas em nutrientes. O modelo propõe que plantas irão favorecer solubilizadores de fosfato (P), como Burkholderia, em condições pobres em nutrientes, e produtores de hormônio vegetal, como Enterobacter, em condições ricas em nutrientes. Este modelo foi, então, testado em um microcosmo, inoculando Burkholderia e Enterobacter, isoladas e em co-inoculação. Testamos estas estirpes em plantas de arroz, usando solos argilosos ricos e arenosos pobres, em um gradiente de diversidade de diluição-até-extinção. Os resultados mostraram que, como sugerido pelo modelo, Burkholderia era uma melhor PGPB em solos pobres, Enterobacter era uma melhor PGPB em solos ricos, e que a solubilização de P e produção de hormônios vegetais são inversamente correlacionadas. Algumas das previsões do modelo não foram confirmadas, especificamente na quantificação de cada característica nos nichos rizosférico e endofítico. O gradiente de diversidade mostrou que eficiência de PGPB, sobrevivência das linhagens e colonização dos nichos são bastante dependentes da comunidade microbiana inicial. No ultimo capítulo desta tese, uma nova metodologia estatística foi testada, enquanto analisou-se o impacto da inoculação bacteriana nas comunidades rizosféricas em relação a teorias da ecologia de invasão. Apesar de algumas de nossas hipóteses terem sido rejeitadas, elas ainda assim são consideravelmente interessantes, e a nova metodologia pode ser muito útil para pesquisa em PGPB, pois ela facilita comparações de resultados de sequenciamento de nova geração. Nós concluímos esta tese afirmando que o modelo e a metodologia estatística apresentada podem ser muito úteis para pesquisa e aplicação de PGPB.
publishDate 2016
dc.date.issued.fl_str_mv 2016
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2017-01-13T02:18:12Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/150742
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 000999456
url http://hdl.handle.net/10183/150742
identifier_str_mv 000999456
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/150742/2/000999456.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/150742/1/000999456.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv aca10894b0d5c225db417c70b20b6cf9
cb9fc8e94c9acb20ad34ae65d58f1afc
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1810085390162329600