Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Sarmento, Naelka
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/179863
Resumo: A presente tese teve como objetivo realizar a descrição dos microrganismos que já foram isolados ou detectados em infecções endodônticas de dentes decíduos em pacientes infantis por meio de uma revisão sistemática, além de avaliar a composição bacteriana e a presença de genes de resistência a antibióticos em amostras de saliva (S), biofilme supragengival (SB), dentina (D) e câmara pulpar (RC) de dentes decíduos com infecções endodônticas. No Capítulo 1, realizou-se revisão sistemática em bancos de dados eletrônicos, tendo sido incluídos estudos clínicos que avaliaram presença de microrganismos em dentes decíduos com infecções endodônticas, por meio de análise microbiológica com cultivo ou de métodos moleculares. Foi realizada análise descritiva dos dados. A análise identificou 44 títulos, sendo revisados, na íntegra, 17 artigos. Foram selecionados 8 estudos clínicos, de acordo com os critérios de inclusão determinados. Por meio de busca manual, foram selecionados 2 artigos adicionais, totalizando 11 artigos excluídos desta revisão. Nos oito estudos clínicos incluídos na revisão sistemática, a identificação dos microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas foi realizada por meio de várias técnicas como: cultura microbiológica, hibridização DNA-DNA, PCR e suas variações, clonagem, sequenciamento e pirossequenciamento, confirmando a diversidade de microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas de dentes decíduos. A análise dos dados sugere que as infecções endodônticas em dentes decíduos são causadas por múltiplas combinações de espécies de micro-organismos, confirmando a sua natureza polibacteriana. No Capítulo 2, amostras de S, SB, D e RC foram coletadas de pacientes infantis com infecções endodônticas. O perfil das comunidades microbianas foram obtidos por meio da análise da região espaçadora intergênica relacionada aos genes 16S e 23S rRNA (PCR-RISA). Determinaram-se e índices de riqueza, dominância, índice de Shannon, índice de Chao-1 (alfa-diversidade) e análise multivariada de conglomerados (método UPGMA e índice de Similaridade de Bray-Curtis) e análise de coordenadas principais (PCoA) (beta-diversidade). Há um baixo grau de agrupamento entre as amostras de S, BS, D e RC, obtidas de um mesmo participante. Se presentes, os agrupamentos acontecem para sítios contíguos, mas com baixo percentual de similaridade. Amostras de um mesmo ecossistema obtidas de diferentes participantes abrigam comunidades bacterianas distintas, com baixa similaridade. Não parece haver uma relação entre a presença de um sinal/sintoma clínico e acréscimo no perfil de similaridade das comunidades bacterianas em RC. Não foram observadas diferenças estatisticamente significativas entre os índices de alfa-diversidade (riqueza, dominância, Shannon e Chao-1) entre S, SB, D e RC. O uso prévio de antibióticos não modificou os resultados de alfa diversidade ou de beta diversidade obtidos. No Capítulo 3, verificou-se a distribuição dos genes de resistência bacteriana aos principais grupos de antibióticos em S, SB, D, e RC dentes decíduos em pacientes infantis com infecções endodônticas e também de amostras de saliva dos responsáveis (R) por meio de PCR para os genes cfxA/cfxA2, blaTEM, blaZ, ampC, mecA, mefA, ermB, ermC, tetQ, tetM, tetW, linB, lsaB. Realizou-se análise estatística descritiva e análise multivariada de conglomerados (método UPGMA e índice de Similaridade de Bray-Curtis). Dos pacientes selecionados, 3/8 utilizaram antibiótico previamente à coleta. Nenhum gene de resistência foi observado em todos os ecossistemas de um mesmo participante. Os genes mais frequentemente detectados foram os genes de resistência à tetraciclina tetQ e tetW. Não foram detectados nas amostras os genes ampC, mecA, lnuB e lsaB. A presença simultânea de um gene em dois nichos ocorre em ecossistemas contíguos. Não se observa um comportamento uniforme quanto ao perfil de agrupamento de diferentes amostras de um mesmo participante, e nem entre as amostras de saliva do participante infantil (S) e seu responsável (R). Há múltiplos perfis de distribuição de genes de resistência a agentes antimicrobianos em amostras de ecossistemas bucais contíguos em um mesmo paciente portador de infecção endodôntica. A análise conjunta dos dados permite concluir que cada um dos ecossistemas da cavidade bucal de crianças portadoras de infecções endodônticas avaliado apresenta espécies bacterianas e fatores de virulência distribuídos de forma única e distintas, a partir de uma perspectiva de análise de diversidade.
id URGS_82501e46842e5988dc9ae2dfaec21ea7
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/179863
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Sarmento, NaelkaMontagner, Francisco2018-06-27T02:36:16Z2017http://hdl.handle.net/10183/179863001068013A presente tese teve como objetivo realizar a descrição dos microrganismos que já foram isolados ou detectados em infecções endodônticas de dentes decíduos em pacientes infantis por meio de uma revisão sistemática, além de avaliar a composição bacteriana e a presença de genes de resistência a antibióticos em amostras de saliva (S), biofilme supragengival (SB), dentina (D) e câmara pulpar (RC) de dentes decíduos com infecções endodônticas. No Capítulo 1, realizou-se revisão sistemática em bancos de dados eletrônicos, tendo sido incluídos estudos clínicos que avaliaram presença de microrganismos em dentes decíduos com infecções endodônticas, por meio de análise microbiológica com cultivo ou de métodos moleculares. Foi realizada análise descritiva dos dados. A análise identificou 44 títulos, sendo revisados, na íntegra, 17 artigos. Foram selecionados 8 estudos clínicos, de acordo com os critérios de inclusão determinados. Por meio de busca manual, foram selecionados 2 artigos adicionais, totalizando 11 artigos excluídos desta revisão. Nos oito estudos clínicos incluídos na revisão sistemática, a identificação dos microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas foi realizada por meio de várias técnicas como: cultura microbiológica, hibridização DNA-DNA, PCR e suas variações, clonagem, sequenciamento e pirossequenciamento, confirmando a diversidade de microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas de dentes decíduos. A análise dos dados sugere que as infecções endodônticas em dentes decíduos são causadas por múltiplas combinações de espécies de micro-organismos, confirmando a sua natureza polibacteriana. No Capítulo 2, amostras de S, SB, D e RC foram coletadas de pacientes infantis com infecções endodônticas. O perfil das comunidades microbianas foram obtidos por meio da análise da região espaçadora intergênica relacionada aos genes 16S e 23S rRNA (PCR-RISA). Determinaram-se e índices de riqueza, dominância, índice de Shannon, índice de Chao-1 (alfa-diversidade) e análise multivariada de conglomerados (método UPGMA e índice de Similaridade de Bray-Curtis) e análise de coordenadas principais (PCoA) (beta-diversidade). Há um baixo grau de agrupamento entre as amostras de S, BS, D e RC, obtidas de um mesmo participante. Se presentes, os agrupamentos acontecem para sítios contíguos, mas com baixo percentual de similaridade. Amostras de um mesmo ecossistema obtidas de diferentes participantes abrigam comunidades bacterianas distintas, com baixa similaridade. Não parece haver uma relação entre a presença de um sinal/sintoma clínico e acréscimo no perfil de similaridade das comunidades bacterianas em RC. Não foram observadas diferenças estatisticamente significativas entre os índices de alfa-diversidade (riqueza, dominância, Shannon e Chao-1) entre S, SB, D e RC. O uso prévio de antibióticos não modificou os resultados de alfa diversidade ou de beta diversidade obtidos. No Capítulo 3, verificou-se a distribuição dos genes de resistência bacteriana aos principais grupos de antibióticos em S, SB, D, e RC dentes decíduos em pacientes infantis com infecções endodônticas e também de amostras de saliva dos responsáveis (R) por meio de PCR para os genes cfxA/cfxA2, blaTEM, blaZ, ampC, mecA, mefA, ermB, ermC, tetQ, tetM, tetW, linB, lsaB. Realizou-se análise estatística descritiva e análise multivariada de conglomerados (método UPGMA e índice de Similaridade de Bray-Curtis). Dos pacientes selecionados, 3/8 utilizaram antibiótico previamente à coleta. Nenhum gene de resistência foi observado em todos os ecossistemas de um mesmo participante. Os genes mais frequentemente detectados foram os genes de resistência à tetraciclina tetQ e tetW. Não foram detectados nas amostras os genes ampC, mecA, lnuB e lsaB. A presença simultânea de um gene em dois nichos ocorre em ecossistemas contíguos. Não se observa um comportamento uniforme quanto ao perfil de agrupamento de diferentes amostras de um mesmo participante, e nem entre as amostras de saliva do participante infantil (S) e seu responsável (R). Há múltiplos perfis de distribuição de genes de resistência a agentes antimicrobianos em amostras de ecossistemas bucais contíguos em um mesmo paciente portador de infecção endodôntica. A análise conjunta dos dados permite concluir que cada um dos ecossistemas da cavidade bucal de crianças portadoras de infecções endodônticas avaliado apresenta espécies bacterianas e fatores de virulência distribuídos de forma única e distintas, a partir de uma perspectiva de análise de diversidade.This thesis aimed assessing information on the bacteria that were isolated/detected in teeth with endodontic infections from infant patients through a sistematic review of the literature. Furthermore, the bacterial composition and the presence of resistance genes to antimicrobial agents was determined in saliva (S), in supragengival biofilm (SB), in dentine (D) and in pulp cavity (RC) samples. In the Chapter 1, a sistematic review was conducted in electronic databasis. Clinical studies that evaluated the presence of microorganims in primary teeth with endodontic infections through culture and molecular methods were included. Fourty-four titles were selected and 17 articles were fully revised. Eight clinical studies were selected for data extraction. Two articles were included following the hand search. According to the data analysis, microbial identification was performed by culture, DNA-DNA hybridization, PCR, cloning and sequencing and next-generation sequencing methods. A high diversity in the microbial components identificated/detected was reported. Endodontic infections in primary teeth are polymicrobial, with a multi-species consortia. In the Chapter 2, the S, SB, D and RC samples were collected from infanti patients with endodontic infections. The ribossomal intergenic spacer analysis (PCR-RISA) for the 16S-23S rRNA genes interspacer region was employed to determine the bacterial fingerprint for each sample. Metrics for alfa and beta diversity were employed, such as richness, dominance, Shannon Index, Chao-1 Index, cluster analysis (UPGMA, Bray-Curtis Index) and principal coordenate analysis (PCoA). There was a low grouping profile for shared samples of S, BS, D and RC from the same participant. When detected, clustering behavior was observed for contiguous sites, with low percentual of similarity between them. Samples from the same site but from different subjects harboured distinct bacterial communities, with low similarity. No clinical sign/symptom was detected as a grouping factor for RC sample from different subjects. No statistical difference was detected for the alfa-diversity indexes among S, SB, D and RC. The previous exposition to antimicrobial agentes has no effect over the alfa- and beta-diversity indexes. In the Chapter 3, the distribution of bacterial genes for antimicrobial resistance in S, SB, D and RC was determined in samples from children with endodontic infections and their relatives (R) by PCR. The presence of the genes cfxA/cfxA2, blaTEM, blaZ, ampC, mecA, mefA, ermB, ermC, tetQ, tetM, tetW, linB, and lsaB was detecte in the samples. Descriptive statistical analysis and multivariate anlysis (cluster analyisis, UPGMA and Bray-Curtis similarity index) were carried out. Three out of 8 patients had antimicrobial agents previously to the apointment. No resistance gene was shared by all envirnments in the same participant. The most frequently detected genes were tetQ and tetW. The genes ampC, mecA, lnuB, and lsaB were not detected in any the samples. The same gene was detected only in two contiguous niches. Clustering analysis revealed no grouping pattern among the samples, despite they were or not from the same participant or his/her relative. Multiple profiles of resistance genes distribution were detected in the oral cavity samples from infant participants. The oral cavity in children with endodontic infection is a complex environment that harbours unique bacterial communities profiles and a distinct distribution of resitance genes to antimicrobial agents, considering an ecological perspective.application/pdfporEndodontiaDente decíduoInfecçãoMouthMicrobial ecologyDrug resistancePolymerase chain reactionBacteriaSistematic reviewPulp cavityPrimary teethSalivaCluster analysisDiversityComunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulFaculdade de OdontologiaPrograma de Pós-Graduação em OdontologiaPorto Alegre, BR-RS2017doutoradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001068013.pdf.txt001068013.pdf.txtExtracted Texttext/plain169294http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179863/2/001068013.pdf.txtca42457279e40ce68e23f5f872b22594MD52ORIGINAL001068013.pdf001068013.pdfTexto completoapplication/pdf1673741http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179863/1/001068013.pdf4565c86e5e4fe7e96d9bb92fa0288773MD5110183/1798632022-05-06 04:40:55.577674oai:www.lume.ufrgs.br:10183/179863Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532022-05-06T07:40:55Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
title Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
spellingShingle Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
Sarmento, Naelka
Endodontia
Dente decíduo
Infecção
Mouth
Microbial ecology
Drug resistance
Polymerase chain reaction
Bacteria
Sistematic review
Pulp cavity
Primary teeth
Saliva
Cluster analysis
Diversity
title_short Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
title_full Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
title_fullStr Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
title_full_unstemmed Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
title_sort Comunidades e fatores de virulência bacterianos na cavidde bucal de pacientes infantis com infecções endodônticas em dentes decíduos
author Sarmento, Naelka
author_facet Sarmento, Naelka
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Sarmento, Naelka
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Montagner, Francisco
contributor_str_mv Montagner, Francisco
dc.subject.por.fl_str_mv Endodontia
Dente decíduo
Infecção
topic Endodontia
Dente decíduo
Infecção
Mouth
Microbial ecology
Drug resistance
Polymerase chain reaction
Bacteria
Sistematic review
Pulp cavity
Primary teeth
Saliva
Cluster analysis
Diversity
dc.subject.eng.fl_str_mv Mouth
Microbial ecology
Drug resistance
Polymerase chain reaction
Bacteria
Sistematic review
Pulp cavity
Primary teeth
Saliva
Cluster analysis
Diversity
description A presente tese teve como objetivo realizar a descrição dos microrganismos que já foram isolados ou detectados em infecções endodônticas de dentes decíduos em pacientes infantis por meio de uma revisão sistemática, além de avaliar a composição bacteriana e a presença de genes de resistência a antibióticos em amostras de saliva (S), biofilme supragengival (SB), dentina (D) e câmara pulpar (RC) de dentes decíduos com infecções endodônticas. No Capítulo 1, realizou-se revisão sistemática em bancos de dados eletrônicos, tendo sido incluídos estudos clínicos que avaliaram presença de microrganismos em dentes decíduos com infecções endodônticas, por meio de análise microbiológica com cultivo ou de métodos moleculares. Foi realizada análise descritiva dos dados. A análise identificou 44 títulos, sendo revisados, na íntegra, 17 artigos. Foram selecionados 8 estudos clínicos, de acordo com os critérios de inclusão determinados. Por meio de busca manual, foram selecionados 2 artigos adicionais, totalizando 11 artigos excluídos desta revisão. Nos oito estudos clínicos incluídos na revisão sistemática, a identificação dos microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas foi realizada por meio de várias técnicas como: cultura microbiológica, hibridização DNA-DNA, PCR e suas variações, clonagem, sequenciamento e pirossequenciamento, confirmando a diversidade de microrganismos envolvidos nas infecções endodônticas de dentes decíduos. A análise dos dados sugere que as infecções endodônticas em dentes decíduos são causadas por múltiplas combinações de espécies de micro-organismos, confirmando a sua natureza polibacteriana. No Capítulo 2, amostras de S, SB, D e RC foram coletadas de pacientes infantis com infecções endodônticas. O perfil das comunidades microbianas foram obtidos por meio da análise da região espaçadora intergênica relacionada aos genes 16S e 23S rRNA (PCR-RISA). Determinaram-se e índices de riqueza, dominância, índice de Shannon, índice de Chao-1 (alfa-diversidade) e análise multivariada de conglomerados (método UPGMA e índice de Similaridade de Bray-Curtis) e análise de coordenadas principais (PCoA) (beta-diversidade). Há um baixo grau de agrupamento entre as amostras de S, BS, D e RC, obtidas de um mesmo participante. Se presentes, os agrupamentos acontecem para sítios contíguos, mas com baixo percentual de similaridade. Amostras de um mesmo ecossistema obtidas de diferentes participantes abrigam comunidades bacterianas distintas, com baixa similaridade. Não parece haver uma relação entre a presença de um sinal/sintoma clínico e acréscimo no perfil de similaridade das comunidades bacterianas em RC. Não foram observadas diferenças estatisticamente significativas entre os índices de alfa-diversidade (riqueza, dominância, Shannon e Chao-1) entre S, SB, D e RC. O uso prévio de antibióticos não modificou os resultados de alfa diversidade ou de beta diversidade obtidos. No Capítulo 3, verificou-se a distribuição dos genes de resistência bacteriana aos principais grupos de antibióticos em S, SB, D, e RC dentes decíduos em pacientes infantis com infecções endodônticas e também de amostras de saliva dos responsáveis (R) por meio de PCR para os genes cfxA/cfxA2, blaTEM, blaZ, ampC, mecA, mefA, ermB, ermC, tetQ, tetM, tetW, linB, lsaB. Realizou-se análise estatística descritiva e análise multivariada de conglomerados (método UPGMA e índice de Similaridade de Bray-Curtis). Dos pacientes selecionados, 3/8 utilizaram antibiótico previamente à coleta. Nenhum gene de resistência foi observado em todos os ecossistemas de um mesmo participante. Os genes mais frequentemente detectados foram os genes de resistência à tetraciclina tetQ e tetW. Não foram detectados nas amostras os genes ampC, mecA, lnuB e lsaB. A presença simultânea de um gene em dois nichos ocorre em ecossistemas contíguos. Não se observa um comportamento uniforme quanto ao perfil de agrupamento de diferentes amostras de um mesmo participante, e nem entre as amostras de saliva do participante infantil (S) e seu responsável (R). Há múltiplos perfis de distribuição de genes de resistência a agentes antimicrobianos em amostras de ecossistemas bucais contíguos em um mesmo paciente portador de infecção endodôntica. A análise conjunta dos dados permite concluir que cada um dos ecossistemas da cavidade bucal de crianças portadoras de infecções endodônticas avaliado apresenta espécies bacterianas e fatores de virulência distribuídos de forma única e distintas, a partir de uma perspectiva de análise de diversidade.
publishDate 2017
dc.date.issued.fl_str_mv 2017
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-06-27T02:36:16Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/179863
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001068013
url http://hdl.handle.net/10183/179863
identifier_str_mv 001068013
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179863/2/001068013.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179863/1/001068013.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv ca42457279e40ce68e23f5f872b22594
4565c86e5e4fe7e96d9bb92fa0288773
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1810085446265339904