A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Correa, Leonardo de Lima
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Tese
Idioma: eng
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/249760
Resumo: Apesar dos avanços computacionais e da ampla gama de meta-heurísticas propostas na literatura para lidar com problemas de otimização multimodal, ainda existe a necessidade de desenvolver novas estratégias de busca voltadas ao desempenho dos algoritmos quando aplicados a problemas difíceis com complexas funções de avaliação. A ideia geral deste trabalho consiste na investigação de diferentes aspectos relativos as meta-heurísticas utilizadas para tratar problemas multimodais de domínio contínuo. Neste sentido, definiu-se, como estudo de caso principal para o trabalho, a predição de estruturas 3-D de proteínas, o qual representa um dos mais importantes problemas da Bioinformática Estrutural. Neste trabalho, foi proposto um algoritmo memético adaptativo na forma de um framework computacional de propósito geral, o qual incorpora múltiplas populações, conceitos de al goritmos evolutivos e inteligência de enxame, combinados a funções adicionais de busca local, controle de convergência e performance. Como forma de avaliação do método pro posto, foram idealizadas diferentes versões, as quais foram empregadas em três cenários distintos de otimização: (i) versão mais geral para tratar funções multimodais com um único ótimo global; (ii) versão com arquivamento externo de soluções focada em otimi zação multimodal com diversos ótimos globais; e (iii) versão baseada em conhecimento com componentes de busca específicos para lidar com o problema de predição de estru turas 3-D de proteínas. Com isso, objetivou-se prover, através do desenvolvimento de uma abordagem incremental, um método de busca para lidar com as complexidades rela tivas à multimodalidade inerente a diversos problemas de otimização. De maneira geral, concluiu-se que a abordagem proposta obteve êxito quanto à otimização dos problemas concernentes aos diferentes cenários de otimização idealizados. O método atingiu resul tados promissores em relação aos algoritmos mais relevantes das áreas relativas a cada estudo de caso. No entanto, ressalta-se que cada uma das versões implementadas ainda necessita de melhorias em relação a cada um dos estudos de caso delineados, objetivando aprimorar ainda mais o desempenho obtido, bem como os resultados do método como um todo.
id URGS_90f811f734f68cc8e3c7b5cad6f4b9fd
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/249760
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Correa, Leonardo de LimaDorn, Márcio2022-10-07T04:50:29Z2022http://hdl.handle.net/10183/249760001151022Apesar dos avanços computacionais e da ampla gama de meta-heurísticas propostas na literatura para lidar com problemas de otimização multimodal, ainda existe a necessidade de desenvolver novas estratégias de busca voltadas ao desempenho dos algoritmos quando aplicados a problemas difíceis com complexas funções de avaliação. A ideia geral deste trabalho consiste na investigação de diferentes aspectos relativos as meta-heurísticas utilizadas para tratar problemas multimodais de domínio contínuo. Neste sentido, definiu-se, como estudo de caso principal para o trabalho, a predição de estruturas 3-D de proteínas, o qual representa um dos mais importantes problemas da Bioinformática Estrutural. Neste trabalho, foi proposto um algoritmo memético adaptativo na forma de um framework computacional de propósito geral, o qual incorpora múltiplas populações, conceitos de al goritmos evolutivos e inteligência de enxame, combinados a funções adicionais de busca local, controle de convergência e performance. Como forma de avaliação do método pro posto, foram idealizadas diferentes versões, as quais foram empregadas em três cenários distintos de otimização: (i) versão mais geral para tratar funções multimodais com um único ótimo global; (ii) versão com arquivamento externo de soluções focada em otimi zação multimodal com diversos ótimos globais; e (iii) versão baseada em conhecimento com componentes de busca específicos para lidar com o problema de predição de estru turas 3-D de proteínas. Com isso, objetivou-se prover, através do desenvolvimento de uma abordagem incremental, um método de busca para lidar com as complexidades rela tivas à multimodalidade inerente a diversos problemas de otimização. De maneira geral, concluiu-se que a abordagem proposta obteve êxito quanto à otimização dos problemas concernentes aos diferentes cenários de otimização idealizados. O método atingiu resul tados promissores em relação aos algoritmos mais relevantes das áreas relativas a cada estudo de caso. No entanto, ressalta-se que cada uma das versões implementadas ainda necessita de melhorias em relação a cada um dos estudos de caso delineados, objetivando aprimorar ainda mais o desempenho obtido, bem como os resultados do método como um todo.Despite the advances in computational methods and the wide range of metaheuristics proposed for multimodal continuous optimization, there is still a strong demand for de veloping new strategies focused on issues related to the algorithms’ performance when applied to challenging problems with complicated objective functions. The general idea of this work is centered around the investigation of distinct metaheuristic characteristics to deal with multimodal problems in the continuous domain. In this sense, we defined the multimodal 3-D protein structure prediction problem as our real case study, one of the most important problems in Structural Bioinformatics. Thus, we proposed an adap tive memetic algorithm as a general framework-based method with multiple populations and niching strategies, which incorporates concepts of bio-inspired algorithms for global optimization with separate local improvement. To evaluate the proposed approach, we designed different versions of the framework for three scenarios of multimodal optimiza tion: (i) the general framework for single global continuous optimization with multimodal objective function; (ii) the framework with archive strategy for multimodal optimization with more than one global optimum; and (iii) the framework with specific-problem com ponents for the multimodal problem of predicting the 3-D protein structures. With the de velopment of this work, we aimed to create, via a constructive and incremental approach, an evolutionary method capable of dealing with the inherent multimodality and issues of a range of optimization functions while preserving accurate results. Our focus was also to evaluate the behavior of the presented methods and search components facing multiple multimodal problems. The memetic algorithm framework was able to perform well on all the optimization scenarios explored by reaching promising results compared with relevant methods related to the corresponding research fields. Nonetheless, despite the obtained results, we highlight that each implemented algorithmic version still needs improvements regarding each of the delineated case studies to further enhance the method’s performance and results.application/pdfengMetaheuristicasAlgoritmos evolutivosBioinformática estruturalMultimodal optimizationswarm intelligenceknowledge-based memetic algorithmA memetic algorithm framework for multimodal continuous optimizationProposta de um framework baseado em algoritmo memético para otimização de problemas multimodais info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulInstituto de InformáticaPrograma de Pós-Graduação em ComputaçãoPorto Alegre, BR-RS2022doutoradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001151022.pdf.txt001151022.pdf.txtExtracted Texttext/plain568280http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/249760/2/001151022.pdf.txta1d4032de2b613bd615b3dc2fb989265MD52ORIGINAL001151022.pdfTexto completo (inglês)application/pdf11854920http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/249760/1/001151022.pdfef3fb59cfb8b8528b00302887f56c395MD5110183/2497602022-10-08 04:59:46.089738oai:www.lume.ufrgs.br:10183/249760Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532022-10-08T07:59:46Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
dc.title.alternative.pt.fl_str_mv Proposta de um framework baseado em algoritmo memético para otimização de problemas multimodais
title A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
spellingShingle A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
Correa, Leonardo de Lima
Metaheuristicas
Algoritmos evolutivos
Bioinformática estrutural
Multimodal optimization
swarm intelligence
knowledge-based memetic algorithm
title_short A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
title_full A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
title_fullStr A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
title_full_unstemmed A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
title_sort A memetic algorithm framework for multimodal continuous optimization
author Correa, Leonardo de Lima
author_facet Correa, Leonardo de Lima
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Correa, Leonardo de Lima
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Dorn, Márcio
contributor_str_mv Dorn, Márcio
dc.subject.por.fl_str_mv Metaheuristicas
Algoritmos evolutivos
Bioinformática estrutural
topic Metaheuristicas
Algoritmos evolutivos
Bioinformática estrutural
Multimodal optimization
swarm intelligence
knowledge-based memetic algorithm
dc.subject.eng.fl_str_mv Multimodal optimization
swarm intelligence
knowledge-based memetic algorithm
description Apesar dos avanços computacionais e da ampla gama de meta-heurísticas propostas na literatura para lidar com problemas de otimização multimodal, ainda existe a necessidade de desenvolver novas estratégias de busca voltadas ao desempenho dos algoritmos quando aplicados a problemas difíceis com complexas funções de avaliação. A ideia geral deste trabalho consiste na investigação de diferentes aspectos relativos as meta-heurísticas utilizadas para tratar problemas multimodais de domínio contínuo. Neste sentido, definiu-se, como estudo de caso principal para o trabalho, a predição de estruturas 3-D de proteínas, o qual representa um dos mais importantes problemas da Bioinformática Estrutural. Neste trabalho, foi proposto um algoritmo memético adaptativo na forma de um framework computacional de propósito geral, o qual incorpora múltiplas populações, conceitos de al goritmos evolutivos e inteligência de enxame, combinados a funções adicionais de busca local, controle de convergência e performance. Como forma de avaliação do método pro posto, foram idealizadas diferentes versões, as quais foram empregadas em três cenários distintos de otimização: (i) versão mais geral para tratar funções multimodais com um único ótimo global; (ii) versão com arquivamento externo de soluções focada em otimi zação multimodal com diversos ótimos globais; e (iii) versão baseada em conhecimento com componentes de busca específicos para lidar com o problema de predição de estru turas 3-D de proteínas. Com isso, objetivou-se prover, através do desenvolvimento de uma abordagem incremental, um método de busca para lidar com as complexidades rela tivas à multimodalidade inerente a diversos problemas de otimização. De maneira geral, concluiu-se que a abordagem proposta obteve êxito quanto à otimização dos problemas concernentes aos diferentes cenários de otimização idealizados. O método atingiu resul tados promissores em relação aos algoritmos mais relevantes das áreas relativas a cada estudo de caso. No entanto, ressalta-se que cada uma das versões implementadas ainda necessita de melhorias em relação a cada um dos estudos de caso delineados, objetivando aprimorar ainda mais o desempenho obtido, bem como os resultados do método como um todo.
publishDate 2022
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2022-10-07T04:50:29Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2022
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/249760
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001151022
url http://hdl.handle.net/10183/249760
identifier_str_mv 001151022
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/249760/2/001151022.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/249760/1/001151022.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv a1d4032de2b613bd615b3dc2fb989265
ef3fb59cfb8b8528b00302887f56c395
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1800309204349616128