Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Maboni, Franciele
Data de Publicação: 2010
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/117112
Resumo: Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta.
id URGS_9ce48c4c2c8edd7b6f009ed9192153ec
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/117112
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Maboni, FrancieleSchrank, Irene Silveira2015-05-27T02:01:18Z2010http://hdl.handle.net/10183/117112000741418Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta.Mycoplasma hyopneumoniae is the agent of enzootic pneumonia, a chronic respiratory disease present in the majority of swine herds throughout the world being considered an important pathogen in the swine industry. In prokaryotic organisms the ORFs arrangement in UTs and the gene expression regulation are well characterized. However, in the Mycoplasma genus there is little information related to gene transcription. Three complete genomes of M. hyopneumoniae were sequenced, but there are few studies encompassing transcription and organization of UTs. This work aims to characterize the distribution and gene organization in M. hyopneumoniae genome by in silico and experimental analyze of the UTs. The in silico analysis of the UTs were performed using two criteria: first, was established up to 100 bp as a maximum size of the intergenic distance and, later we used the criterion of genes arranged in the same DNA strand, regardless of the distances between them. To demonstrate the co-transcription of two ORFs the RT-PCR technic was used with primers located between the 3' region of an ORF and the 5' region of the adjacent ORF. The in silico analysis showed 112 UTs. Twenty-one UTs were experimentally confirmed by RT-PCR. The size and composition of the UTs are extremely variable, as well as the distances of the intergenic regions between the ORFs, and the products encoded by them. The findings of this study can suggest that in M. hyopneumoniae transcription occurs continuously in the same DNA strand, thus forming large UTs, which are disrupted in the presence of UTs or individual ORFs in the opposite orientation.application/pdfporMycoplasma hyopneumoniaeTranscrição genéticaOrganização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniaeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulCentro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do SulPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularPorto Alegre, BR-RS2010mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL000741418.pdf000741418.pdfTexto completoapplication/pdf1116755http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/117112/1/000741418.pdff3b1abbcf26222ad821c6356495f584cMD51TEXT000741418.pdf.txt000741418.pdf.txtExtracted Texttext/plain147203http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/117112/2/000741418.pdf.txteeb02b556d5680579f2b7bd92398c758MD52THUMBNAIL000741418.pdf.jpg000741418.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1294http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/117112/3/000741418.pdf.jpg278f5f561047acf228200c90bd4330d1MD5310183/1171122018-10-22 08:56:19.418oai:www.lume.ufrgs.br:10183/117112Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532018-10-22T11:56:19Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
title Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
spellingShingle Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
Maboni, Franciele
Mycoplasma hyopneumoniae
Transcrição genética
title_short Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
title_full Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
title_fullStr Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
title_full_unstemmed Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
title_sort Organização das unidades de transcrição em Mycoplasma hyopneumoniae
author Maboni, Franciele
author_facet Maboni, Franciele
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Maboni, Franciele
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Schrank, Irene Silveira
contributor_str_mv Schrank, Irene Silveira
dc.subject.por.fl_str_mv Mycoplasma hyopneumoniae
Transcrição genética
topic Mycoplasma hyopneumoniae
Transcrição genética
description Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta.
publishDate 2010
dc.date.issued.fl_str_mv 2010
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2015-05-27T02:01:18Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/117112
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 000741418
url http://hdl.handle.net/10183/117112
identifier_str_mv 000741418
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/117112/1/000741418.pdf
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/117112/2/000741418.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/117112/3/000741418.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv f3b1abbcf26222ad821c6356495f584c
eeb02b556d5680579f2b7bd92398c758
278f5f561047acf228200c90bd4330d1
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1810085321692413952