Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer

• Autor(a) principal: Vieira, Igor Araújo
• Data de Publicação: 2017
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/180496
• topic: Neoplasias; MicroRNAs; Poliadenilação

A poliadenilação consiste na etapa de processamento da extremidade 3’ dos pré-mRNAs em eucariotos. Duas sequências regulatórias localizadas na região 3’ não-traduzida (3’UTR) desses transcritos primários apresentam um papel fundamental nesse processo: o sinal de poliadenilação (SP) AAUAAA e suas variantes funcionais; e o sítio de clivagem (SC), preferencialmente um dinucleotídeo “CA”. Outros elementos de sequência também situados na região 3’UTR são os sítios de ligação para microRNAs (miRNAs), os quais representam uma classe de pequenos RNAs não-codificantes que regulam negativamente a expressão gênica e podem atuar como supressores de tumor e/ou oncogenes. Os principais objetivos desse estudo foram: (1) caracterizar os SP e SC em um conjunto de genes de predisposição ao câncer (GPC); (2) avaliar a frequência de poliadenilação alternativa entre os GPC estudados; e (3) identificar miRNAs e/ou famílias de miRNAs potencialmente oncogênicos e supressores de tumor considerando o mesmo grupo de genes. Para caracterizar essas sequências nos GPC selecionados (n=117) foram utilizados os bancos de dados do NCBI (referência) e os bancos de dados de poliadenilação alternativa APADB e APASdb. A busca por miRNAs reguladores de genes supressores de tumor (n=81) e oncogenes (n=17) foi realizada utilizando fontes de dados preditos computacionalmente e com validação experimental. Em relação ao objetivo (1), 21 dos 117 GPC (~18%) não apresentaram SP indicados no NCBI, sendo que um método computacional foi empregado para detectar SP putativos nesses genes. A maioria dos SP descritos para GPC nesse banco (74,4%) possuía a sequência canônica AAUAAA, enquanto 24,1% continha a variante funcional AUUAAA. Curiosamente, o dinucleotídeo “AA” representou o SC mais frequente dentre os GPC analisados. Além disso, análises relacionadas ao objetivo (2) identificaram evidências de poliadenilação alternativa (mais de um SP funcional) em 105 GPC (~90%), em comparação com uma estimativa anterior de que isso ocorreria em cerca de 50% dos genes humanos, sugerindo uma maior complexidade na regulação da poliadenilação nesses transcritos. Quanto ao objetivo (3), a família de miRNA miR-192 foi significativamente super-representada entre os genes supressores de tumor (P<0,01), o que sugere 10 uma função potencialmente oncogênica. Em contraste, um número maior de famílias de miRNAs foi fortemente associado com a regulação de oncogenes: miR-128, miR-1471, miR-483, miR-3170 e miR-218. Nossos dados fornecem um mapeamento das sequências regulatórias de poliadenilação (SRP) em GPC, o qual pode ser utilizado no desenvolvimento de análises moleculares incluindo esses elementos da região 3’UTR frequentemente negligenciados na rotina de diagnóstico molecular. Ademais, estudos funcionais devem ser realizados para validar as funções potencialmente atribuídas às famílias de miRNAs aqui mencionadas. Em suma, esse é o primeiro estudo focado nesse tipo de caracterização abrangente (SRP e miRNAs) em GPC.