Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Costenaro, Jamile Girardi
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/224138
Resumo: Os vírus da hepatite C (HCV) e da hepatite B (HBV) estão associados à cirrose e carcinoma hepatocelular. Amostras de sangue fixadas em papel filtro (ou Dried Blood Spot, DBS) têm sido utilizadas em análises clínicas devido à facilidade no envio e armazenamento e ao menor desconforto do paciente à coleta. Os objetivos deste trabalho foram validar testes moleculares para detecção de HCV e HBV, avaliar o uso de DBS (903 Whatman) na detecção de ambos os vírus e determinar os genótipos de amostras HCV. A validação foi realizada utilizando amostras de plasma com resultados conhecidos para os vírus e a avaliação do DBS empregou, também, amostras de plasma pareadas. Após a extração dos ácidos nucléicos, foram executadas as técnicas in-house de Real Time PCR para detecção de HBV, RT-Real Time PCR para HCV e sequenciamento para a genotipagem de HCV. Na validação do teste para HCV, foram utilizadas 120 amostras, obtendo resultados de Kappa (Κ), acurácia, sensibilidade e especificidade de 100%. Na avaliação do teste para HCV, utilizando DBS, com 128 amostras, os resultados de Kappa, acurácia, sensibilidade, especificidade também foram de 100%. Em 51 amostras, foram identificados os genótipos 1 (57%), 2 (10%) e 3 (33%). A validação do teste para HBV, com 54 amostras, obteve Kappa de 81%; acurácia, 91%; sensibilidade, 86%; e especificidade, 96%. A avaliação do uso de DBS para HBV, com 64 amostras, obteve Kappa de 74%; acurácia, 88%; sensibilidade, 82%; e especificidade, 100%. Todos os valores de Kappa possuem p<0,001. Os resultados demonstram o potencial de utilização de DBS no diagnóstico molecular dos vírus das hepatites B e C.
id URGS_b84c488fdbcc67825e74b3bef8a42cbb
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/224138
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Costenaro, Jamile GirardiRossetti, Maria Lucia Rosa2021-07-17T04:45:06Z2017http://hdl.handle.net/10183/224138001053736Os vírus da hepatite C (HCV) e da hepatite B (HBV) estão associados à cirrose e carcinoma hepatocelular. Amostras de sangue fixadas em papel filtro (ou Dried Blood Spot, DBS) têm sido utilizadas em análises clínicas devido à facilidade no envio e armazenamento e ao menor desconforto do paciente à coleta. Os objetivos deste trabalho foram validar testes moleculares para detecção de HCV e HBV, avaliar o uso de DBS (903 Whatman) na detecção de ambos os vírus e determinar os genótipos de amostras HCV. A validação foi realizada utilizando amostras de plasma com resultados conhecidos para os vírus e a avaliação do DBS empregou, também, amostras de plasma pareadas. Após a extração dos ácidos nucléicos, foram executadas as técnicas in-house de Real Time PCR para detecção de HBV, RT-Real Time PCR para HCV e sequenciamento para a genotipagem de HCV. Na validação do teste para HCV, foram utilizadas 120 amostras, obtendo resultados de Kappa (Κ), acurácia, sensibilidade e especificidade de 100%. Na avaliação do teste para HCV, utilizando DBS, com 128 amostras, os resultados de Kappa, acurácia, sensibilidade, especificidade também foram de 100%. Em 51 amostras, foram identificados os genótipos 1 (57%), 2 (10%) e 3 (33%). A validação do teste para HBV, com 54 amostras, obteve Kappa de 81%; acurácia, 91%; sensibilidade, 86%; e especificidade, 96%. A avaliação do uso de DBS para HBV, com 64 amostras, obteve Kappa de 74%; acurácia, 88%; sensibilidade, 82%; e especificidade, 100%. Todos os valores de Kappa possuem p<0,001. Os resultados demonstram o potencial de utilização de DBS no diagnóstico molecular dos vírus das hepatites B e C.The Hepatitis C virus (HCV) and the Hepatitis B virus (HBV) can develop to cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Samples from Dried Blood Spot (DBS) are used in clinical analysis, due to facilitated shipment and storage and to less discomfort fingerstick causes to patients. The aims of this work were to validate HCV and HBV’s molecular detection tests and evaluate the DBS (903 Whatman) use in both virus detection and determining HCV genotype. Validation was done using plasma samples with known results and for DBS evaluation paired plasma was also used. After nucleic acid extraction, in-house Real Time PCR assay to HBV detection, in-house RT-Real Time PCR assay to HCV detection, and inhouse RT-PCR and sequencing assays to HCV genotyping were performed. In HCV test validation, 120 samples were used, getting results for Kappa (Κ), accuracy, sensibility, specificity of 100%. In HCV test evaluation, using 128 samples, the results for Kappa, accuracy, sensibility, specificity were also 100%. Testing 51 HCV samples, genotype 1 (57%), genotype 2 (10%) and genotype 3 (33%) were identified. In HBV test validation, with 54 samples, we got Kappa, 81%; accuracy, 91%; sensibility. 86%; and specificity, 96%. In use of DBS for HBV evaluation, with 64 samples, we got Kappa, 74%; accuracy, 88%; sensibility, 82%; and specificity, 100%. All values of Kappa have p<0.001. Our results show the potential DBS use for HCV and HBV molecular diagnosis.application/pdfporVirus da hepatite BVirus da hepatite cDiagnostico molecularDiagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtroinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulCentro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do SulPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularPorto Alegre, BR-RS2017mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001053736.pdf.txt001053736.pdf.txtExtracted Texttext/plain148895http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/224138/2/001053736.pdf.txt15993384539ff1c16da29ee9bd33d23fMD52ORIGINAL001053736.pdfTexto completoapplication/pdf794514http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/224138/1/001053736.pdf0d5cb46b87dea2376b03d20f9d954318MD5110183/2241382021-08-18 04:50:30.277175oai:www.lume.ufrgs.br:10183/224138Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532021-08-18T07:50:30Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
title Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
spellingShingle Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
Costenaro, Jamile Girardi
Virus da hepatite B
Virus da hepatite c
Diagnostico molecular
title_short Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
title_full Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
title_fullStr Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
title_full_unstemmed Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
title_sort Diagnóstico molecular do vírus de hepatite C e de hepatite B em amostras fixadas em papel filtro
author Costenaro, Jamile Girardi
author_facet Costenaro, Jamile Girardi
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Costenaro, Jamile Girardi
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Rossetti, Maria Lucia Rosa
contributor_str_mv Rossetti, Maria Lucia Rosa
dc.subject.por.fl_str_mv Virus da hepatite B
Virus da hepatite c
Diagnostico molecular
topic Virus da hepatite B
Virus da hepatite c
Diagnostico molecular
description Os vírus da hepatite C (HCV) e da hepatite B (HBV) estão associados à cirrose e carcinoma hepatocelular. Amostras de sangue fixadas em papel filtro (ou Dried Blood Spot, DBS) têm sido utilizadas em análises clínicas devido à facilidade no envio e armazenamento e ao menor desconforto do paciente à coleta. Os objetivos deste trabalho foram validar testes moleculares para detecção de HCV e HBV, avaliar o uso de DBS (903 Whatman) na detecção de ambos os vírus e determinar os genótipos de amostras HCV. A validação foi realizada utilizando amostras de plasma com resultados conhecidos para os vírus e a avaliação do DBS empregou, também, amostras de plasma pareadas. Após a extração dos ácidos nucléicos, foram executadas as técnicas in-house de Real Time PCR para detecção de HBV, RT-Real Time PCR para HCV e sequenciamento para a genotipagem de HCV. Na validação do teste para HCV, foram utilizadas 120 amostras, obtendo resultados de Kappa (Κ), acurácia, sensibilidade e especificidade de 100%. Na avaliação do teste para HCV, utilizando DBS, com 128 amostras, os resultados de Kappa, acurácia, sensibilidade, especificidade também foram de 100%. Em 51 amostras, foram identificados os genótipos 1 (57%), 2 (10%) e 3 (33%). A validação do teste para HBV, com 54 amostras, obteve Kappa de 81%; acurácia, 91%; sensibilidade, 86%; e especificidade, 96%. A avaliação do uso de DBS para HBV, com 64 amostras, obteve Kappa de 74%; acurácia, 88%; sensibilidade, 82%; e especificidade, 100%. Todos os valores de Kappa possuem p<0,001. Os resultados demonstram o potencial de utilização de DBS no diagnóstico molecular dos vírus das hepatites B e C.
publishDate 2017
dc.date.issued.fl_str_mv 2017
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2021-07-17T04:45:06Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/224138
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001053736
url http://hdl.handle.net/10183/224138
identifier_str_mv 001053736
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/224138/2/001053736.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/224138/1/001053736.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 15993384539ff1c16da29ee9bd33d23f
0d5cb46b87dea2376b03d20f9d954318
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1816737036310151168