Abordagens genômicas para caracterização da estrutura genética populacional e homozigosidade em porcos das raças moura, crioula da argentina e comerciais

• Autor(a) principal: Souza, Karine Aparecida Rodrigues de
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/276255
• topic: Porco; Recurso genético; Melhoramento genetico animal; Genética animal; Genetic resources; Selection signature; SNP; Sus scrofa

O porco, Sus scrofa, é uma espécie exótica no continente americano, introduzida pelos colonizadores portugueses e espanhóis. Devido à grande diversidade de ambientes no continente, que varia desde climas tropicais e subtropicais quentes até climas de altitude, como o altiplano, surgiram raças localmente adaptadas, que são particularmente tolerantes ou resistentes a doenças locais e ambientes extremos distintos. No entanto, a partir do início do século XX, devido à substituição por raças comerciais, cruzamentos indiscriminados e endogamia, houve diminuição no plantel das raças localmente adaptadas ou crioulas, e algumas raças chegaram a correr risco de extinção. Portanto, o objetivo geral deste estudo foi (i) identificar e caracterizar os segmentos homozigotos presentes no genoma dos porcos das raças localmente adaptadas (Moura e Crioula Argentina da região das Misiones) e das raças comerciais (Duroc, Landrace, Large White e Pietrain); (ii) estimar e correlacionar os coeficientes de endogamia genômico por execuções de homozigose (FROH) e da matriz genômica de parentesco (FGRM); (iii) associar as regiões homozigotas mais frequentes nessas populações a genes envolvidos na expressão de características econômicas; (iv) identificar no Moura assinaturas de seleção e atribuir a ancestralidade dessas marcas. No capítulo II foram utilizados dados de 84 animais Moura, 87 Duroc, 138 Landrace, 84 Large White e 66 Pietrain com 40.662 SNPs. Através do software PLINK foram identificados um total de 25.538 ROHs (n=2.730 Moura, n=6.846 Duroc, n=7.599 Landrace, n=4.922 Large White e n=3.441 Pietrain). As ilhas de ROH (corridas de homozigose – “runs of homozygosity”) foram evidentes em regiões genômicas associadas a importantes características econômicas. Foram identificadas ilhas de ROH sobrepostas na raça Moura e Duroc, os genes presentes nos termos enriquecidos (p>0,05) foram associados a qualidade da carne. Os coeficientes de endogamia foram maiores na raça Duroc (FGRM = 0,384 e FROH total = 0,265), e menores nas raças Pietrain (FGRM = 0,318 e FROH total = 0,177) e Moura (FGRM = 0,329 e FROH total = 0,142). A maior correlação entre os coeficientes de endogamia foi entre FROH-total com FROH >16 Mb para todas as raças. O capítulo III visou explorar a ancestralidade dos porcos Moura (n = 84), avaliando o compartilhamento das pegadas genômicas da raça localmente adaptada com raças comerciais (Duroc n = 87, Landrace n = 138, Large White n= 84 e Pietrain n = 66) e uma raça crioula Argentina da região das Misiones (n = 9). Após o controle de qualidade, o banco de dados resultou em 40.555 SNPs. O software PLINK v1.90 foi empregado para calcular as ROHs, onde 1% dos SNPs mais frequentes foram usados para determinar as regiões de assinaturas de seleção. O software ADMIXTURE foi utilizado para calcular a probabilidade de ancestralidade para cada ilha de homozigose identificada e sobreposta entre os porcos Moura e as demais raças analisadas. Diversas regiões genômicas compartilhadas entre o Moura e Duroc foram identificadas, provavelmente relacionadas às raças fundadoras em comum. Além disso, cinco ilhas de homozigose foram observadas, sobrepostas entre 1Tese de Doutorado em Zootecnia – Faculdade de Agronomia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brasil. (167 p.), Junho de 2023. os animais da raça Moura, Crioula Argentina das Misiones, Duroc e Landrace, contendo genes candidatos associados a características economicamente importantes. Nossos resultados podem ser valiosos para futuros programas de conservação e melhoramento que visam conservar e utilizar de forma sustentável esses importantes recursos.