Estudo comparativo in silico dos produtos de excreção ou secreção de Echinococcus granulosus e Echinococcus multiloculares

• Autor(a) principal: Gomes, Tiago Minuzzi Freire da Fontoura
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/187299
• topic: Echinococcus granulosus; Echinococcus multilocularis; Platelmintos; Excreção; Secreção

As fases larvais (metacestódeos) de Echinococcus granulosus e Echinococcus multilocularis causam diferentes formas de equinococose em diferentes espécies de hospedeiros intermediários, incluindo o homem. Os metacestódeos são capazes de sobreviver por anos no hospedeiro humano muito devido a proteínas secretadas, as quais possuem atividades imunomoduladoras e proteolíticas, por exemplo. O presente trabalho apresenta predições in silico dos conjuntos de proteínas secretáveis (secretoma) de E. granulosus e E. multilocularis baseadas em dados genômicos, realiza comparações entre estes secretomas preditos, identifica possíveis problemas de predição e apresenta alternativas para obter com predições in silico dados representativos dos secretomas reais destas espécies. A predição inicial dos secretomas de E. granulosus e E. multilocularis (662, 669 proteínas, respectivamente) apresentou valores semelhantes (~6,4% do proteoma predito), o esperado entre duas espécies próximas. Porém, a análise comparativa entre os pares de ortólogos secretados/não-secretados (PSNS) indicou possíveis problemas de predição de secreção por via não-clássica e de anotação de sequências genômicas. O software WoLF PSORT foi utilizado para implementar a predição de secreção por via não-clássica, diminuindo o número de inconsistências de 214 para 114 PSNS. Refinou-se a anotação dos genomas de E. granulosus e E. multilocularis usando-se estratégia conjunta entre dados de bibliotecas de RNA-seq, ESTs e com os dados das predições ab initio do sequenciamento original. O secretoma de E. granulosus predito com os dados da reanotação reduziu de 662 proteínas para 658, destas, 43% mantiveram as sequências originais. Em E. multilocularis, reduziu de 669 proteínas para 581, 48% destas mantiveram as sequências originais. A qualidade das sequências melhorou com o refinamento da anotação, porém as inconsistências na predição de secreção por via não-clássica mantiveram proporções semelhantes às das sequências sem o refinamento, demonstrando a importância de algoritmos treinados adequadamente para os dados analisados ou de alternativas de workflows de análise com critérios bem delineados visando à obtenção de dados mais representativos do conjunto real de proteínas secretadas.