Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2003 |
Outros Autores: | , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Scientia Agrícola (Online) |
Texto Completo: | https://www.revistas.usp.br/sa/article/view/21878 |
Resumo: | O estudo da estrutura genética de populações naturais é muito importante para a conservação e o uso da variabilidade genética disponível na natureza. Esta pesquisa relaciona-se com a análise da estrutura genética de populações a partir de dados moleculares reais e simulados. Visando estimar variâncias de estimativas de parâmetros pertinentes, o método de reamostragem bootstrap foi aplicado levando em conta diferentes unidades amostrais, a saber: indivíduos dentro de populações (I), populações (P) e indivíduos e populações concomitantemente (I, P). Os parâmetros considerados foram: o índice de fixação total (F ou F IT), o indice de fixação intrapopulacional (f ou F IS) e a divergência interpopulacional (teta ou F ST). O trabalho objetivou estimar a variância amostral das estimativas destes parâmetros para verificar se as variâncias de ;, ;e ;, obtidas pela reamostragem de indivíduos e populações concomitantemente (I, P) são equivalentes às obtidas pela soma (I+P) das variâncias estimadas reamostrando-se I e P separadamente. A equivalência foi verificada em todos os casos investigados, mostrando ser possível estimar as variâncias das estimativas de ;, ;e ;, para cada fonte de variação (unidade amostral) somando-as depois para estimar a variância total. O procedimento facilita o uso do método bootstrap em dados com estrutura hierárquica e permite mensurar a importância relativa de cada fonte de variação sobre a variância amostral total das estimativas dos parâmetros. |
id |
USP-18_6dfa80f8f631ae6ba9284f932ab8970e |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:revistas.usp.br:article/21878 |
network_acronym_str |
USP-18 |
network_name_str |
Scientia Agrícola (Online) |
repository_id_str |
|
spelling |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais Variance additivity of genetic populational parameter estimates obtained through bootstrapping estrutura populacionalreamostragemmarcadores molecularespopulações naturaissimulaçãopopulation structureresamplingmolecular markersnatural populationssimulation O estudo da estrutura genética de populações naturais é muito importante para a conservação e o uso da variabilidade genética disponível na natureza. Esta pesquisa relaciona-se com a análise da estrutura genética de populações a partir de dados moleculares reais e simulados. Visando estimar variâncias de estimativas de parâmetros pertinentes, o método de reamostragem bootstrap foi aplicado levando em conta diferentes unidades amostrais, a saber: indivíduos dentro de populações (I), populações (P) e indivíduos e populações concomitantemente (I, P). Os parâmetros considerados foram: o índice de fixação total (F ou F IT), o indice de fixação intrapopulacional (f ou F IS) e a divergência interpopulacional (teta ou F ST). O trabalho objetivou estimar a variância amostral das estimativas destes parâmetros para verificar se as variâncias de ;, ;e ;, obtidas pela reamostragem de indivíduos e populações concomitantemente (I, P) são equivalentes às obtidas pela soma (I+P) das variâncias estimadas reamostrando-se I e P separadamente. A equivalência foi verificada em todos os casos investigados, mostrando ser possível estimar as variâncias das estimativas de ;, ;e ;, para cada fonte de variação (unidade amostral) somando-as depois para estimar a variância total. O procedimento facilita o uso do método bootstrap em dados com estrutura hierárquica e permite mensurar a importância relativa de cada fonte de variação sobre a variância amostral total das estimativas dos parâmetros. Studying the genetic structure of natural populations is very important for conservation and use of the genetic variability available in nature. This research is related to genetic population structure analysis using real and simulated molecular data. To obtain variance estimates of pertinent parameters, the bootstrap resampling procedure was applied over different sampling units, namely: individuals within populations (I), populations (P), and individuals and populations simultaneously (I, P). The considered parameters were: the total fixation index (F or F IT), the fixation index within populations (f or F IS) and the divergence among populations or intrapopulation coancestry (theta or F ST). The aim of this research was to verify if the variance estimates of ;, ;and ;, found through the resampling over individuals and populations simultaneously (I, P), correspond to the sum of the respective variance estimates obtained from separated resampling over individuals and populations (I+P). This equivalence was verified in all cases, showing that the total variance estimate of ;, ;and ;can be obtained summing up the variances estimated for each source of variation separately. Results also showed that this facilitates the use of the bootstrap method on data with hierarchical structure and opens the possibility of obtaining the relative contribution of each source of variation to the total variation of estimated parameters. Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz2003-02-01info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://www.revistas.usp.br/sa/article/view/2187810.1590/S0103-90162003000100015Scientia Agricola; v. 60 n. 1 (2003); 97-103Scientia Agricola; Vol. 60 Núm. 1 (2003); 97-103Scientia Agricola; Vol. 60 No. 1 (2003); 97-1031678-992X0103-9016reponame:Scientia Agrícola (Online)instname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPenghttps://www.revistas.usp.br/sa/article/view/21878/23902Copyright (c) 2015 Scientia Agricolainfo:eu-repo/semantics/openAccessCarlini-Garcia, Luciana AparecidaVencovsky, RolandCoelho, Alexandre Siqueira Guedes2015-07-07T16:32:23Zoai:revistas.usp.br:article/21878Revistahttp://revistas.usp.br/sa/indexPUBhttps://old.scielo.br/oai/scielo-oai.phpscientia@usp.br||alleoni@usp.br1678-992X0103-9016opendoar:2015-07-07T16:32:23Scientia Agrícola (Online) - Universidade de São Paulo (USP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais Variance additivity of genetic populational parameter estimates obtained through bootstrapping |
title |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais |
spellingShingle |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais Carlini-Garcia, Luciana Aparecida estrutura populacional reamostragem marcadores moleculares populações naturais simulação population structure resampling molecular markers natural populations simulation |
title_short |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais |
title_full |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais |
title_fullStr |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais |
title_full_unstemmed |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais |
title_sort |
Aditividade de variâncias obtidas por bootstrap de estimativas de parâmetros genéticos populacionais |
author |
Carlini-Garcia, Luciana Aparecida |
author_facet |
Carlini-Garcia, Luciana Aparecida Vencovsky, Roland Coelho, Alexandre Siqueira Guedes |
author_role |
author |
author2 |
Vencovsky, Roland Coelho, Alexandre Siqueira Guedes |
author2_role |
author author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Carlini-Garcia, Luciana Aparecida Vencovsky, Roland Coelho, Alexandre Siqueira Guedes |
dc.subject.por.fl_str_mv |
estrutura populacional reamostragem marcadores moleculares populações naturais simulação population structure resampling molecular markers natural populations simulation |
topic |
estrutura populacional reamostragem marcadores moleculares populações naturais simulação population structure resampling molecular markers natural populations simulation |
description |
O estudo da estrutura genética de populações naturais é muito importante para a conservação e o uso da variabilidade genética disponível na natureza. Esta pesquisa relaciona-se com a análise da estrutura genética de populações a partir de dados moleculares reais e simulados. Visando estimar variâncias de estimativas de parâmetros pertinentes, o método de reamostragem bootstrap foi aplicado levando em conta diferentes unidades amostrais, a saber: indivíduos dentro de populações (I), populações (P) e indivíduos e populações concomitantemente (I, P). Os parâmetros considerados foram: o índice de fixação total (F ou F IT), o indice de fixação intrapopulacional (f ou F IS) e a divergência interpopulacional (teta ou F ST). O trabalho objetivou estimar a variância amostral das estimativas destes parâmetros para verificar se as variâncias de ;, ;e ;, obtidas pela reamostragem de indivíduos e populações concomitantemente (I, P) são equivalentes às obtidas pela soma (I+P) das variâncias estimadas reamostrando-se I e P separadamente. A equivalência foi verificada em todos os casos investigados, mostrando ser possível estimar as variâncias das estimativas de ;, ;e ;, para cada fonte de variação (unidade amostral) somando-as depois para estimar a variância total. O procedimento facilita o uso do método bootstrap em dados com estrutura hierárquica e permite mensurar a importância relativa de cada fonte de variação sobre a variância amostral total das estimativas dos parâmetros. |
publishDate |
2003 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2003-02-01 |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://www.revistas.usp.br/sa/article/view/21878 10.1590/S0103-90162003000100015 |
url |
https://www.revistas.usp.br/sa/article/view/21878 |
identifier_str_mv |
10.1590/S0103-90162003000100015 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.relation.none.fl_str_mv |
https://www.revistas.usp.br/sa/article/view/21878/23902 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
Copyright (c) 2015 Scientia Agricola info:eu-repo/semantics/openAccess |
rights_invalid_str_mv |
Copyright (c) 2015 Scientia Agricola |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz |
dc.source.none.fl_str_mv |
Scientia Agricola; v. 60 n. 1 (2003); 97-103 Scientia Agricola; Vol. 60 Núm. 1 (2003); 97-103 Scientia Agricola; Vol. 60 No. 1 (2003); 97-103 1678-992X 0103-9016 reponame:Scientia Agrícola (Online) instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
instacron_str |
USP |
institution |
USP |
reponame_str |
Scientia Agrícola (Online) |
collection |
Scientia Agrícola (Online) |
repository.name.fl_str_mv |
Scientia Agrícola (Online) - Universidade de São Paulo (USP) |
repository.mail.fl_str_mv |
scientia@usp.br||alleoni@usp.br |
_version_ |
1800222786209185792 |