Detecção e análise genômica de bactérias Gram-negativas multirresistentes de anfíbios

• Autor(a) principal: Tellez, Zuleyma Johana Becerra
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-06062023-120414/
• topic: &#946-lactamase; amphibian; anfíbios; antibiotic resistance; beta-lactamase; resistência bacteriana; resistoma; resistome; WGS; WGS

A resistência aos antibióticos é considerada uma das maiores ameaças à saúde global. A ocorrência de bactérias resistentes em animais silvestres vem aumentando em todo o mundo, paralelamente à situação da medicina humana e veterinária. A presença de bactérias resistentes em animais silvestres pode ser explicada por: (i) a exposição a contaminantes e a bactérias resistentes devido a mudanças antrópicas, e (ii) o surgimento de mecanismos de resistência na microbiota como um processo ancestral de competição e seleção. O principal mecanismo de resistência em bactérias Gram-negativas é a produção de ESBL e &#946-lactamases AmpC que hidrolisam penicilinas, cefalosporinas, e em alguns casos, carbapenêmicos. Nesse sentido, bactérias ambientais e hospedeiras não humanas podem ser consideradas reservatórios de &#946-lactamases de interesse clínico. O presente estudo teve como objetivo identificar e caracterizar genomicamente bactérias Gram-negativas resistentes aos antibióticos, isoladas da microbiota de anfíbios [Phyllomedusa distincta (n= 11), Rhinella ornata (n= 5), Scinax fuscovarius (n= 3), e Physalaemus cuvieri (n= 2)], da Mata Atlântica no Brasil. Os isolados bacterianos foram inicialmente identificados por MALDI-TOF/MS e/ou sistema automatizado Vitek 2. O perfil de susceptibilidade antibacteriana foi determinada pelo método de Kirby-Bauer para 67 isolados bacterianos. O sequenciamento de genoma completo (WGS) foi realizado para caracterizar isolados de Enterobacter huaxiensis, E. bugandensis, Pseudomonas putida, P. japonica, e Stenotrophomonas maltophilia resistentes a cefalosporinas de amplo espectro, carbapenêmicos, fluoroquinolonas, sulfametoxazol-trimetoprim e/ou tetraciclinas de uso humano e veterinário. Os resultados apresentados são inéditos enquanto a identificação de cepas multirresistentes em anfíbios no Brasil. A identificação de Enterobacter huaxiensis, e E. bugandensis constituem os primeiros reportes e genomas destas espécies de relevância clínica como parte da microbiota de anfíbios. De grande interesse, novas variantes alélicas de AmpC foram identificada em E. huaxiensis. Adicionalmente, uma nova espécie foi identificada (proposta como Pseudomonas brasiliensis). Em conclusão, o conjunto de dados compilados neste trabalho contribui para o conhecimento da composição da microbiota de anfíbios, novas variantes alélicas de genes de resistência, e a descoberta de novas espécies que compõem uma biodiversidade a ser ainda descoberta em ecossistemas brasileiros.