Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Costa, Jaqueline Roberta Pereira da
Data de Publicação: 2024
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-05072024-134143/
Resumo: O \"camarão-da-amazônia\" Macrobrachium amazonicum distribui-se na América do Sul, compreendendo populações costeiras e continentais. É uma importante espécie dulcícola da região Neotropical devido à sua abundância e papel ecológico, imenso potencial para cultivo e exploração comercial, e enigmática plasticidade fenotípica, ecológica e reprodutiva. Tal variação tem sido alvo de investigações sobre o status taxonômico da espécie, levando a questionamentos sobre a ocorrência de uma nova espécie entre as populações, M. pantanalense. Os estudos moleculares realizados com M. amazonicum até o momento limitaram-se ao uso de marcadores mitocondriais, com altas taxas de mutação, e que podem se mostrar saturados para relações mais antigas ou quando se comparam níveis taxonômicos superiores. Considerando a problemática descrita, o objetivo deste projeto foi investigar o status taxonômico de M. amazonicum por meio da análise filogenética molecular baseada em multigenes. Foram utilizados quatro marcadores moleculares, sendo dois mitocondriais (16S e COI) e dois nucleares (H3 e 18S) de exemplares de diferentes regiões do Brasil, incluindo as localidades tipo de M. amazonicum e M. pantanalense. Dezenove lotes foram analisados, aos quais foram submetidos a extração - em uma porção de tecido muscular do abdômen ou do tecido muscular dos pereiópodes, reações de PCR, purificação e sequenciamento. As sequências foram editadas no software Geneious Prime e alinhadas para análise filogenética de Máxima Verossimilhança. Os resultados das análises com os genes mitocondriais (16S e COI) indicaram alta proximidade filogenética entre as populações em estudos. Os genes nucleares (18S e H3) indicaram resultados similares aos genes mitocondriais, exceto para H3. As populações de Corumbá-MS, Colíder-MT, Avaré-SP e Bodoquena-MG indicam semelhanças morfológicas com as populações de Aquidauana-MS e Miranda-MS relatadas como M. pantanalense. Entretanto, os valores de suporte da análise de Verossimilhança não foram significativos para a árvore concatenada dos quatro genes. Apesar das evidências apontarem para que M. amazonicum lato sensu represente um complexo de espécies, os valores de suporte das diferentes análises aqui conduzidas não permitem afirmar se M. pantanalense corresponde a uma espécie válida, ou se as variações biológicas observadas nesse grupo são variações intraespecíficas.
id USP_0dfa5ee3a9f89f7c2d24778c98b12437
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-05072024-134143
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)Multilocus molecular systematics of Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) Decapoda, Caridea, Palaemonidae)Distância genéticaDNA mitocondrialDNA nuclearGenetic distanceMitochondrial DNANuclear DNAO \"camarão-da-amazônia\" Macrobrachium amazonicum distribui-se na América do Sul, compreendendo populações costeiras e continentais. É uma importante espécie dulcícola da região Neotropical devido à sua abundância e papel ecológico, imenso potencial para cultivo e exploração comercial, e enigmática plasticidade fenotípica, ecológica e reprodutiva. Tal variação tem sido alvo de investigações sobre o status taxonômico da espécie, levando a questionamentos sobre a ocorrência de uma nova espécie entre as populações, M. pantanalense. Os estudos moleculares realizados com M. amazonicum até o momento limitaram-se ao uso de marcadores mitocondriais, com altas taxas de mutação, e que podem se mostrar saturados para relações mais antigas ou quando se comparam níveis taxonômicos superiores. Considerando a problemática descrita, o objetivo deste projeto foi investigar o status taxonômico de M. amazonicum por meio da análise filogenética molecular baseada em multigenes. Foram utilizados quatro marcadores moleculares, sendo dois mitocondriais (16S e COI) e dois nucleares (H3 e 18S) de exemplares de diferentes regiões do Brasil, incluindo as localidades tipo de M. amazonicum e M. pantanalense. Dezenove lotes foram analisados, aos quais foram submetidos a extração - em uma porção de tecido muscular do abdômen ou do tecido muscular dos pereiópodes, reações de PCR, purificação e sequenciamento. As sequências foram editadas no software Geneious Prime e alinhadas para análise filogenética de Máxima Verossimilhança. Os resultados das análises com os genes mitocondriais (16S e COI) indicaram alta proximidade filogenética entre as populações em estudos. Os genes nucleares (18S e H3) indicaram resultados similares aos genes mitocondriais, exceto para H3. As populações de Corumbá-MS, Colíder-MT, Avaré-SP e Bodoquena-MG indicam semelhanças morfológicas com as populações de Aquidauana-MS e Miranda-MS relatadas como M. pantanalense. Entretanto, os valores de suporte da análise de Verossimilhança não foram significativos para a árvore concatenada dos quatro genes. Apesar das evidências apontarem para que M. amazonicum lato sensu represente um complexo de espécies, os valores de suporte das diferentes análises aqui conduzidas não permitem afirmar se M. pantanalense corresponde a uma espécie válida, ou se as variações biológicas observadas nesse grupo são variações intraespecíficas.The \"Amazon River prawn\" Macrobrachium amazonicum is distributed throughout South America, comprising both coastal and continental populations. It is an important freshwater species in the Neotropical region due to its abundance and ecological role, immense potential for cultivation and commercial exploitation, and enigmatic phenotypic, ecological and reproductive plasticity. This variation has been the subject of investigations into the taxonomic status of the species, leading to questions about the occurrence of a new species among the populations, M. pantanalense. The molecular studies carried out on M. amazonicum to date have been limited to the use of mitochondrial markers, which have high mutation rates and may prove to be saturated for older relationships or when comparing higher taxonomic levels. Considering the problems described above, the aim of this project was to investigate the taxonomic status of M. amazonicum by means of molecular phylogenetic analysis based on multigenes. Four molecular markers were used, two mitochondrial (16S and COI) and two nuclear (H3 and 18S) from specimens from different regions of Brazil, including the type localities of M. amazonicum and M. pantanalense. Nineteen batches were analyzed, which were subjected to extraction - in a portion of muscle tissue from the abdomen or muscle tissue from the pereiopods, PCR reactions, purification and sequencing. The sequences were edited using Geneious Prime software and aligned for Maximum Likelihood phylogenetic analysis. The results of the analyses of the mitochondrial genes (16S and COI) indicated high phylogenetic proximity between the populations under study. The nuclear genes (18S and H3) showed similar results to the mitochondrial genes, except for H3. The populations of Corumbá-MS, Colíder-MT, Avaré-SP and Bodoquena-MG indicate morphological similarities with the populations of Aquidauana-MS and Miranda-MS reported as M. pantanalense. However, the support values from the likelihood analysis were not significant for the concatenated tree of the four genes. Although the evidence points to M. amazonicum lato sensu representing a species complex, the support values of the different analyses conducted here do not allow us to state whether M. pantanalense corresponds to a valid species, or whether the biological variations observed in this group are intraspecific variations.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPMantelatto, Fernando Luis MedinaCosta, Jaqueline Roberta Pereira da2024-06-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-05072024-134143/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2024-07-08T14:38:02Zoai:teses.usp.br:tde-05072024-134143Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212024-07-08T14:38:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
Multilocus molecular systematics of Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
title Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
spellingShingle Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
Costa, Jaqueline Roberta Pereira da
Distância genética
DNA mitocondrial
DNA nuclear
Genetic distance
Mitochondrial DNA
Nuclear DNA
title_short Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
title_full Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
title_fullStr Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
title_full_unstemmed Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
title_sort Sistemática molecular multilocus de Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862 (Decapoda, Caridea, Palaemonidae)
author Costa, Jaqueline Roberta Pereira da
author_facet Costa, Jaqueline Roberta Pereira da
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Mantelatto, Fernando Luis Medina
dc.contributor.author.fl_str_mv Costa, Jaqueline Roberta Pereira da
dc.subject.por.fl_str_mv Distância genética
DNA mitocondrial
DNA nuclear
Genetic distance
Mitochondrial DNA
Nuclear DNA
topic Distância genética
DNA mitocondrial
DNA nuclear
Genetic distance
Mitochondrial DNA
Nuclear DNA
description O \"camarão-da-amazônia\" Macrobrachium amazonicum distribui-se na América do Sul, compreendendo populações costeiras e continentais. É uma importante espécie dulcícola da região Neotropical devido à sua abundância e papel ecológico, imenso potencial para cultivo e exploração comercial, e enigmática plasticidade fenotípica, ecológica e reprodutiva. Tal variação tem sido alvo de investigações sobre o status taxonômico da espécie, levando a questionamentos sobre a ocorrência de uma nova espécie entre as populações, M. pantanalense. Os estudos moleculares realizados com M. amazonicum até o momento limitaram-se ao uso de marcadores mitocondriais, com altas taxas de mutação, e que podem se mostrar saturados para relações mais antigas ou quando se comparam níveis taxonômicos superiores. Considerando a problemática descrita, o objetivo deste projeto foi investigar o status taxonômico de M. amazonicum por meio da análise filogenética molecular baseada em multigenes. Foram utilizados quatro marcadores moleculares, sendo dois mitocondriais (16S e COI) e dois nucleares (H3 e 18S) de exemplares de diferentes regiões do Brasil, incluindo as localidades tipo de M. amazonicum e M. pantanalense. Dezenove lotes foram analisados, aos quais foram submetidos a extração - em uma porção de tecido muscular do abdômen ou do tecido muscular dos pereiópodes, reações de PCR, purificação e sequenciamento. As sequências foram editadas no software Geneious Prime e alinhadas para análise filogenética de Máxima Verossimilhança. Os resultados das análises com os genes mitocondriais (16S e COI) indicaram alta proximidade filogenética entre as populações em estudos. Os genes nucleares (18S e H3) indicaram resultados similares aos genes mitocondriais, exceto para H3. As populações de Corumbá-MS, Colíder-MT, Avaré-SP e Bodoquena-MG indicam semelhanças morfológicas com as populações de Aquidauana-MS e Miranda-MS relatadas como M. pantanalense. Entretanto, os valores de suporte da análise de Verossimilhança não foram significativos para a árvore concatenada dos quatro genes. Apesar das evidências apontarem para que M. amazonicum lato sensu represente um complexo de espécies, os valores de suporte das diferentes análises aqui conduzidas não permitem afirmar se M. pantanalense corresponde a uma espécie válida, ou se as variações biológicas observadas nesse grupo são variações intraespecíficas.
publishDate 2024
dc.date.none.fl_str_mv 2024-06-28
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-05072024-134143/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-05072024-134143/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1809090413048365056