Investigação do Status Genômico da Metilação na Síndrome Cri Du Chat utilizando Arrays

• Autor(a) principal: Almeida, Vanessa Tavares de
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-27062023-113621/
• topic: Cri Du Chat Syndrome; DNA methylation; Doenças raras; Epigenética; Epigenetics; Genética humana; Human genetics; Metilação do DNA; Rare diseases; Síndrome Cri Du Chat

A síndrome Cri Du Chat, ou síndrome 5p- (OMIM #123450) é caracterizada por uma deleção terminal ou intersticial no braço curto do cromossomo 5 que acarreta manifestações clínicas variáveis, incluindo um choro estridente nos recém-nascidos, baixo peso, microcefalia, hipertelorismo ocular, micrognatia, hipotonia, alterações neurológicas e comportamentais, atraso no crescimento e no desenvolvimento global. Diferentes rearranjos citogenômicos, antecedentes familiares e fatores ambientais podem dificultar a associação genótipo-fenótipo. Assim, a variabilidade fenotípica desta síndrome pode não estar limitada apenas a variações na estrutura dos genes, como deleções, duplicações, inversões, inserções e translocações, sendo possível que outros mecanismos relacionados à ativação ou inativação de promotores e/ou éxons de genes ativamente transcritos, como a metilacao do DNA, que ocorre principalmente nas ilhas CpG, estejam envolvidos. Sendo assim, estudamos o perfil do status da metilação do genoma completo de pacientes com 5p- para verificar as regiões diferencialmente metiladas. Avaliamos amostras de sangue periférico de 22 pacientes com 5p- e 12 amostras controles previamente genotipadas por array genômico (HumanCyto850KBeadChip®- Illumina), para delinear o ponto de quebra genômico e caracterizar os rearranjos estruturais, realizamos o ensaio de array epigenômico (MethylationEPICBeadChip® - Illumina), a fim de identificar as regiões diferencialmente metiladas. A análise dos resultados do array genômico foi realizada pelo programa BlueFuse Multi v4.5 (BlueGnome®) e a análise dos resultados do array epigenômico foi feita por meio do programa de linguagem R v4.0.2. Foi possível identificar que o perfil de metilação dos pacientes com síndrome Cri Du Chat são distintos entre si, mesmo alguns pacientes possuindo praticamente o mesmo tamanho de deleção. Verificamos que as regiões diferencialmente metiladas fora da região 5p estão principalmente associadas a atividade da regulação da transcrição gênica, splicing e remodelação da cromatina, e a maioria das vias biológicas encontradas estão relacionadas a transcrição, ligação de histonas e cromatina, complexo de spliceossomo e ribossomal e processamento de RNAs, sugerindo que as alterações em 5p podem causar um desequilíbrio em outras regiões cromossômicas capazes de afetar a modulação gênica e, assim, explicar as diferenças fenotípicas em pacientes com 5p-. Nossa análise poderá ser aplicada para outras síndromes com alteração no número de cópias, como um novo modelo de abordagem epigenética para ampliar o conhecimento sobre a complexidade da variabilidade clínica nesses pacientes