Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Dias, Rodrigo Assirati
Data de Publicação: 2009
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113706/
Resumo: Neste trabalho é apresentado o Middle-R, um middleware de nível de usuário para com- putação estatística. O Middle-R foi desenvolvido para distribuir R ( uma linguagem e ambiente para estatística) em estações de trabalho que rodam Windows. O Middle-R utiliza o Alchemi, um middleware de grade desenvolvida utilizando a tecnologia Microsoft .NET na Universidade de Melbourne . A solução implementada utiliza o Alchemi como um middleware de baixo nível faz com que seja possível executar scripts R em um ambiente de grade. A solução foi testada em dois ambientes distintos: os laboratórios didáticos de uma faculdade e de uma escola. Uma aplicação real de bioinformática foi utilizada como prova de conceito para testar a estabilidade e o desempenho da solução. A aplicação é uma tarefa combinatorial de encontrar marcadores moleculares de poucos genes para classificar corretamente amostras de leucemia linfoblástica aguda contra leucemia mielóide aguda.
id USP_210f7f57f69fc93a0ee6be72ba3b5b9d
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-20230727-113706
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionaisnot availableBioestatísticaMiddlewareNeste trabalho é apresentado o Middle-R, um middleware de nível de usuário para com- putação estatística. O Middle-R foi desenvolvido para distribuir R ( uma linguagem e ambiente para estatística) em estações de trabalho que rodam Windows. O Middle-R utiliza o Alchemi, um middleware de grade desenvolvida utilizando a tecnologia Microsoft .NET na Universidade de Melbourne . A solução implementada utiliza o Alchemi como um middleware de baixo nível faz com que seja possível executar scripts R em um ambiente de grade. A solução foi testada em dois ambientes distintos: os laboratórios didáticos de uma faculdade e de uma escola. Uma aplicação real de bioinformática foi utilizada como prova de conceito para testar a estabilidade e o desempenho da solução. A aplicação é uma tarefa combinatorial de encontrar marcadores moleculares de poucos genes para classificar corretamente amostras de leucemia linfoblástica aguda contra leucemia mielóide aguda.ln this work we present Middle-R, a user-level middleware for statistical computing. It has been developed to distribute R (a language and environment for statistics) in commodity computers running Microsoft Windows. It uses Alchemi, a grid middleware developed us- ing Microsoft .NET technology in the University of Melbourne. The implemented solution uses Alchemi as a low-level middleware and makes it possible to execute R scripts in a grid environment. The solution has been successfully implemented and tested in two different environments: the didactic laboratories of a college and of a high school. A real bioinfor- matics applicarion was used as a proof of concept to test the stability and performance of the solution. The application is a combinatorial task for finding molecular markers of a few genes to classify correctly samples of acute lymphoblastic leukemia against acute myeloid leukemia.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPHirata Júnior, RobertoDias, Rodrigo Assirati2009-11-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113706/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-07-27T20:32:05Zoai:teses.usp.br:tde-20230727-113706Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-07-27T20:32:05Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
not available
title Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
spellingShingle Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
Dias, Rodrigo Assirati
Bioestatística
Middleware
title_short Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
title_full Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
title_fullStr Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
title_full_unstemmed Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
title_sort Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais
author Dias, Rodrigo Assirati
author_facet Dias, Rodrigo Assirati
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Hirata Júnior, Roberto
dc.contributor.author.fl_str_mv Dias, Rodrigo Assirati
dc.subject.por.fl_str_mv Bioestatística
Middleware
topic Bioestatística
Middleware
description Neste trabalho é apresentado o Middle-R, um middleware de nível de usuário para com- putação estatística. O Middle-R foi desenvolvido para distribuir R ( uma linguagem e ambiente para estatística) em estações de trabalho que rodam Windows. O Middle-R utiliza o Alchemi, um middleware de grade desenvolvida utilizando a tecnologia Microsoft .NET na Universidade de Melbourne . A solução implementada utiliza o Alchemi como um middleware de baixo nível faz com que seja possível executar scripts R em um ambiente de grade. A solução foi testada em dois ambientes distintos: os laboratórios didáticos de uma faculdade e de uma escola. Uma aplicação real de bioinformática foi utilizada como prova de conceito para testar a estabilidade e o desempenho da solução. A aplicação é uma tarefa combinatorial de encontrar marcadores moleculares de poucos genes para classificar corretamente amostras de leucemia linfoblástica aguda contra leucemia mielóide aguda.
publishDate 2009
dc.date.none.fl_str_mv 2009-11-13
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113706/
url https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113706/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257219858432000

Registros relacionados