Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ogata, Adriano Kiyoshi Oliveira
Data de Publicação: 2006
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-09052007-100823/
Resumo: Dentro da bioinformática uma das atividades mais realizadas é o alinhamento de seqüências biológicas [1]. Seus resultados são utilizados em várias atividades que desdobram-se em áreas de pesquisa interdisciplinares com geração de diversos subprodutos. Sendo uma das primeiras etapas de tais tarefas, o multialinhamento é então importante para garantir a qualidade dos resultados obtidos em vários estudos do material genético. Para este trabalho espera-se a reprodução dos resultados já publicados na área [2]; [3]; [4]; [5]; [6]). A implementação de um programa de multialinhamento global de seqüências biológicas utilizando uma abordagem iterativa estocástica por algoritmo genético, uma forma relativamente recente [7] de se atacar tal problema. Obtenção de um panorama sobre as soluções alternativas existentes
id USP_2ce0180160e99b667d1bd127655e1147
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-09052007-100823
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticosBiological multialignment sequence using genetic algorithmsAlgoritmos evolutivosBioinformaticBioinformáticaEvolutiionary algorithmsMultialignmentMultialinhamentoDentro da bioinformática uma das atividades mais realizadas é o alinhamento de seqüências biológicas [1]. Seus resultados são utilizados em várias atividades que desdobram-se em áreas de pesquisa interdisciplinares com geração de diversos subprodutos. Sendo uma das primeiras etapas de tais tarefas, o multialinhamento é então importante para garantir a qualidade dos resultados obtidos em vários estudos do material genético. Para este trabalho espera-se a reprodução dos resultados já publicados na área [2]; [3]; [4]; [5]; [6]). A implementação de um programa de multialinhamento global de seqüências biológicas utilizando uma abordagem iterativa estocástica por algoritmo genético, uma forma relativamente recente [7] de se atacar tal problema. Obtenção de um panorama sobre as soluções alternativas existentesMultialignment of biological sequences is one of the most frequently used activities in bioinformatics. The results provided by sequence alignment are used in the solution of other bioinformatics problems. Since a multialignment procedure is one of the first steps of many bioinformatics problems, the condition of an alignment affects the quality of the results obtained for these problems. Multialignment of biological sequences is a complex problem (NP complete) and requires usually heuristics to obtain acceptable performance. Evolutionary algorithms have been used with relevant results. This work aims to find better solutions for the multialignment problem using evolutionary computation. In order to achieve that, this research investigates techniques using evolutionary computation applied to multialignment problem and searches to reproduce their results. Moreover, the development of an approach that performs global multialignment of biological sequences using evolutionary algorithms and an evaluation of the available multialignment techniques are also proposedBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPDelbem, Alexandre Cláudio BotazzoOgata, Adriano Kiyoshi Oliveira2006-09-18info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-09052007-100823/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:09:51Zoai:teses.usp.br:tde-09052007-100823Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:09:51Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
Biological multialignment sequence using genetic algorithms
title Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
spellingShingle Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
Ogata, Adriano Kiyoshi Oliveira
Algoritmos evolutivos
Bioinformatic
Bioinformática
Evolutiionary algorithms
Multialignment
Multialinhamento
title_short Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
title_full Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
title_fullStr Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
title_full_unstemmed Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
title_sort Multialinhamento de seqüências biológicas utilizando algoritmos genéticos
author Ogata, Adriano Kiyoshi Oliveira
author_facet Ogata, Adriano Kiyoshi Oliveira
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Delbem, Alexandre Cláudio Botazzo
dc.contributor.author.fl_str_mv Ogata, Adriano Kiyoshi Oliveira
dc.subject.por.fl_str_mv Algoritmos evolutivos
Bioinformatic
Bioinformática
Evolutiionary algorithms
Multialignment
Multialinhamento
topic Algoritmos evolutivos
Bioinformatic
Bioinformática
Evolutiionary algorithms
Multialignment
Multialinhamento
description Dentro da bioinformática uma das atividades mais realizadas é o alinhamento de seqüências biológicas [1]. Seus resultados são utilizados em várias atividades que desdobram-se em áreas de pesquisa interdisciplinares com geração de diversos subprodutos. Sendo uma das primeiras etapas de tais tarefas, o multialinhamento é então importante para garantir a qualidade dos resultados obtidos em vários estudos do material genético. Para este trabalho espera-se a reprodução dos resultados já publicados na área [2]; [3]; [4]; [5]; [6]). A implementação de um programa de multialinhamento global de seqüências biológicas utilizando uma abordagem iterativa estocástica por algoritmo genético, uma forma relativamente recente [7] de se atacar tal problema. Obtenção de um panorama sobre as soluções alternativas existentes
publishDate 2006
dc.date.none.fl_str_mv 2006-09-18
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-09052007-100823/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-09052007-100823/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1809090546139922432

Registros relacionados