Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Budaruiche, Ricardo Moura Sekeff
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113535/
Resumo: O crescimento do poder computacional nas últimas décadas e o avanço da Inteligência Arti- cial para além dos limites da Ciência da Computação tem permitido que diversas outras áreas da ciência sejam beneciadas com novas descobertas e avanços auxiliados por essas ferramentas com- putacionais. Uma dessas ferramentas, que é considerada multidisciplinar, apesar de ter sua origem na Filosoa, são as Ontologias, utilizadas para organizar conhecimentos adquiridos ao longo do tempo e deduzir novos conhecimentos por meio de técnicas dedutivas. Neste trabalho, apresenta- mos a Li-Fraumeni Ontology, uma ontologia modular de aplicação para a Síndrome de Li-Fraumeni desenvolvida para classicar pacientes de uma família segundo os quatro critérios da síndrome: Classic, Birch, Eeles e Chompret. Para isso, desenvolvemos uma metodologia ágil e colaborativa de modelagem de ontologias que permitiu a construção gradual e estável dos módulos da Li-Fraumeni Ontology sem que houvesse gasto de tempo com documentações extensas ou longas correções na ontologia. A Li-Fraumeni Ontology é formada por 3 módulos: GenOnto, CDOnto e LFOnto, este último podendo ser substituído por outra ontologia que modele o domínio de conhecimento para outra doença de caráter hereditário. Demonstramos essa capacidade modelando uma ontologia para a Síndrome de Lynch e mostrando que ela pode ser usada em conjunto com módulos GenOnto e CDOnto. Mapeamos a Li-Fraumeni Ontology à BioTopLite, uma ontologia upper-level, e que servirá de referência para futuras integrações com ontologias de outros domínios. Por m, testamos o poder da Li-Fraumeni Ontology em dois grupos de famílias: um grupo formado por casos ctícios gerados aleatoriamente por uma ferramenta desenvolvida para para essa nalidade (OpenGLiFS) e outro grupo formado por casos reais do A.C. Camargo Cancer Center. Os resultados foram analisados e mostraram que a Li-Fraumeni Ontology pode ser utilizada de maneira satisfatória e conável para classicação de pacientes e para a descoberta de novos fatores que venham a inuenciar a Síndrome de Li-Fraumeni.
id USP_356cc0c119ee6d15b54a9d64673c246e
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-20230727-113535
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer CenterUsing modular ontologies for Li-Fraumeni Syndrome patients classication: acase study at A.C. Camargo Cancer CenterOntologiasO crescimento do poder computacional nas últimas décadas e o avanço da Inteligência Arti- cial para além dos limites da Ciência da Computação tem permitido que diversas outras áreas da ciência sejam beneciadas com novas descobertas e avanços auxiliados por essas ferramentas com- putacionais. Uma dessas ferramentas, que é considerada multidisciplinar, apesar de ter sua origem na Filosoa, são as Ontologias, utilizadas para organizar conhecimentos adquiridos ao longo do tempo e deduzir novos conhecimentos por meio de técnicas dedutivas. Neste trabalho, apresenta- mos a Li-Fraumeni Ontology, uma ontologia modular de aplicação para a Síndrome de Li-Fraumeni desenvolvida para classicar pacientes de uma família segundo os quatro critérios da síndrome: Classic, Birch, Eeles e Chompret. Para isso, desenvolvemos uma metodologia ágil e colaborativa de modelagem de ontologias que permitiu a construção gradual e estável dos módulos da Li-Fraumeni Ontology sem que houvesse gasto de tempo com documentações extensas ou longas correções na ontologia. A Li-Fraumeni Ontology é formada por 3 módulos: GenOnto, CDOnto e LFOnto, este último podendo ser substituído por outra ontologia que modele o domínio de conhecimento para outra doença de caráter hereditário. Demonstramos essa capacidade modelando uma ontologia para a Síndrome de Lynch e mostrando que ela pode ser usada em conjunto com módulos GenOnto e CDOnto. Mapeamos a Li-Fraumeni Ontology à BioTopLite, uma ontologia upper-level, e que servirá de referência para futuras integrações com ontologias de outros domínios. Por m, testamos o poder da Li-Fraumeni Ontology em dois grupos de famílias: um grupo formado por casos ctícios gerados aleatoriamente por uma ferramenta desenvolvida para para essa nalidade (OpenGLiFS) e outro grupo formado por casos reais do A.C. Camargo Cancer Center. Os resultados foram analisados e mostraram que a Li-Fraumeni Ontology pode ser utilizada de maneira satisfatória e conável para classicação de pacientes e para a descoberta de novos fatores que venham a inuenciar a Síndrome de Li-Fraumeni.The growth of computational power in recent decades and the progress of Articial Intelligence beyond the boundaries of Computer Sciences have allowed several other areas of science being be- neted with new discoveries and improvements aided by these computational tools. One such tool, which is considered multidisciplinary despite having its origin Philosophy, are the ontologies, which are used to organize knowledge acquired over time and deduce new knowledge through deductive techniques. In this work, we present the Li-Fraumeni Ontology, a modular ontology application for Li-Fraumeni Syndrome developed to classify patients in a family according to the four syndrome criteria: Classic, Birch, Eeles and Chompret. To do so, we developed an agile and collaborative methodology of ontology modeling which allowed the gradual and stable construction of the modu- les of the Li-Fraumeni Ontology without spending time with extensive documentation and lengthy corrections in the ontology. The Li-Fraumeni Ontology consists of three modules: GenOnto, CDOnto and LFOnto, the latter being able to be replaced by another ontology that models the knowledge domain to another hereditary disease. We demonstrate this capability by modeling an ontology for Lynch Syndrome and showing that it can be used together with the GenOnto and CDOnto modules. We mapped the Li-Fraumeni Ontology to BioTopLite. an upper-level ontology, which will serve as reference for future integrations with ontologies from other domains. Finally, we tested the power of the Li-Fraumeni families Ontology with two family groups: one group of ctitious cases randomly generated by a tool developed for this purpose (OpenGLiFS) and another group of real cases of A.C. Camargo Cancer Center. The results were analyzed and showed that the Li-Fraumeni Ontology can be used satisfactorily and reliably to patient classication and discovery of new factors that may inuence the Li-Fraumeni Syndrome.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPWassermann, RenataBudaruiche, Ricardo Moura Sekeff2016-05-24info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113535/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-07-27T20:04:04Zoai:teses.usp.br:tde-20230727-113535Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-07-27T20:04:04Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
Using modular ontologies for Li-Fraumeni Syndrome patients classication: acase study at A.C. Camargo Cancer Center
title Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
spellingShingle Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
Budaruiche, Ricardo Moura Sekeff
Ontologias
title_short Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
title_full Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
title_fullStr Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
title_full_unstemmed Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
title_sort Uso de ontologias modulares para classicação de pacientes portadores da Síndrome de Li-Fraumeni: estudo de caso no A.C. Camargo Cancer Center
author Budaruiche, Ricardo Moura Sekeff
author_facet Budaruiche, Ricardo Moura Sekeff
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Wassermann, Renata
dc.contributor.author.fl_str_mv Budaruiche, Ricardo Moura Sekeff
dc.subject.por.fl_str_mv Ontologias
topic Ontologias
description O crescimento do poder computacional nas últimas décadas e o avanço da Inteligência Arti- cial para além dos limites da Ciência da Computação tem permitido que diversas outras áreas da ciência sejam beneciadas com novas descobertas e avanços auxiliados por essas ferramentas com- putacionais. Uma dessas ferramentas, que é considerada multidisciplinar, apesar de ter sua origem na Filosoa, são as Ontologias, utilizadas para organizar conhecimentos adquiridos ao longo do tempo e deduzir novos conhecimentos por meio de técnicas dedutivas. Neste trabalho, apresenta- mos a Li-Fraumeni Ontology, uma ontologia modular de aplicação para a Síndrome de Li-Fraumeni desenvolvida para classicar pacientes de uma família segundo os quatro critérios da síndrome: Classic, Birch, Eeles e Chompret. Para isso, desenvolvemos uma metodologia ágil e colaborativa de modelagem de ontologias que permitiu a construção gradual e estável dos módulos da Li-Fraumeni Ontology sem que houvesse gasto de tempo com documentações extensas ou longas correções na ontologia. A Li-Fraumeni Ontology é formada por 3 módulos: GenOnto, CDOnto e LFOnto, este último podendo ser substituído por outra ontologia que modele o domínio de conhecimento para outra doença de caráter hereditário. Demonstramos essa capacidade modelando uma ontologia para a Síndrome de Lynch e mostrando que ela pode ser usada em conjunto com módulos GenOnto e CDOnto. Mapeamos a Li-Fraumeni Ontology à BioTopLite, uma ontologia upper-level, e que servirá de referência para futuras integrações com ontologias de outros domínios. Por m, testamos o poder da Li-Fraumeni Ontology em dois grupos de famílias: um grupo formado por casos ctícios gerados aleatoriamente por uma ferramenta desenvolvida para para essa nalidade (OpenGLiFS) e outro grupo formado por casos reais do A.C. Camargo Cancer Center. Os resultados foram analisados e mostraram que a Li-Fraumeni Ontology pode ser utilizada de maneira satisfatória e conável para classicação de pacientes e para a descoberta de novos fatores que venham a inuenciar a Síndrome de Li-Fraumeni.
publishDate 2016
dc.date.none.fl_str_mv 2016-05-24
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113535/
url https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113535/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1809090938056736768

Registros relacionados