Efeitos dos erros de genotipagem na estimação dos valores genéticos genômicos: um estudo de simulação

• Autor(a) principal: Santos, Fernanda Schneberger dos
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-01082022-143109/
• topic: Accuracy; Acurácia; Bovinos; Cattle; Erros genotípicos; Genomic; Genômica; Genotypic erros; ssGBLUP; ssGBLUP

A seleção genômica (SG) e a adoção de marcadores moleculares do tipo SNP (single nucleotide polymorphism) aumentaram a eficiência de muitos programas de melhoramento genético ao redor do mundo. Com a utilização dessas novas ferramentas, aumentou-se a acurácia de predição dos animais jovens e sem progênie. A aplicação da informação genômica requer inúmeros genótipos para formação de grupos de referência e avaliação de candidatos, aumentando os custos financeiros. Considerando os erros de genotipagem, suas origens são pouco claras, ou inevitáveis, com taxas muitas vezes desconhecidas e, com o crescimento dos bancos de dados genômicos e a grande diversidade de painéis comercializados, ocorre o agravamento desse problema. Em especial, a adoção da imputação dos genótipos para maior densidade consiste em um dos principais fatores de ocorrência de erros genotípicos e inconsistências mendelianas em bancos de dados. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: simular taxas de erros genotípicos em dados simulados de bovinos de corte que mimetizem erros de imputação; avaliar o efeito da presença de erros genotípicos na acurácia de predição genômica; e identificar o viés na performance das avaliações genéticas em cenários de taxas crescentes de erros genotípicos. Os resultados mostraram a existência de efeitos devido aos erros genotípicos, com uma tendência que sugere desfavorecimento dos animais geneticamente superiores. A acurácia de predição, medida como correlação entre GEBV (Genomic Estimated Breeding Value) e TBV (True Breeding Value), diminuiu em resposta a taxas crescentes de erros genotípicos, sendo esse efeito mais intenso nos 100 animais superiores genotipados. O viés obtido por regressão do TBV sobre o GEBV não apresentou alteração na comparação com todos os animais, entretanto observou-se que o GEBV de animais superiores foram mais viesados (b < 1) quanto maior a taxa de erros. A utilização de genótipos com altas taxas de erros pode gerar ranqueamento ilegítimo tanto para animais superiores como também inferiores.