Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2023 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
Texto Completo: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17137/tde-29062023-141530/ |
Resumo: | Introdução: Meningiomas são os tumores primários mais comum do sistema nervoso central sendo originados a partir de grupamentos celulares da aracnóide. Vários tratamentos de meningiomas intracranianos são propostos sendo a única possibilidade de cura sua ressecção macroscópica e microscópica completa. Alterações cromossômicas são bem documentadas na literatura, especialmente relacionada à monossomia do cromossomo 22, sendo a segunda anormalidade cromossômica mais comum a perda do braço curto do cromossomo 1. Diversas modificações epigenéticas e de micro RNAs (miRNAs) também podem ser reguladores importantes em algumas vias de tumorigênese e progressão de grau. Objetivo: Nosso objetivo foi analisar a expressão tumoral dos genes PIK3C2B, PIP5K1A (via PI3K/AKT) e RAB3B (via da RAS/RAF/MEK/ERK) do cromossomo 1 e a expressão sérica e tumoral dos miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-345 e miR-143 em meningiomas e avaliar seu potencial diagnóstico e sua correlação com o grau tumoral. Metodologia: Após análise global de genes e miRNAs por análise de microarranjo em 14 meningiomas grau I e 3 amostras de aracnóides não relacionadas a amostras tumorais foram selecionados os genes de interesse PIK3C2B e PIP5K1A e o gene RAB3B presentes no cromossomo 1. Foram selecionados os miRNAs relacionados à expressão diferencial dos genes acima: miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345. Em seguida, foi avaliada a expressão destes miRNAs (tecido tumoral e plasma) e do genes PIP3KC2B, PIP5K1A e RAB3B, por meio da técnica de PCR em tempo real, em meningiomas grau I, II e III, respectivamente com 14, 14 e 6 pacientes e 6 aracnóides não relacionadas a tecido tumoral como controle para sua validação como biomarcadores e marcadores de grau tumoral. Resultados: No tecido tumoral verifica-se sensibilidade relativamente alta para os genes PIK3C2B de 79,41% (IC: 62,1-91,3%); AUC (IC95%): 0,89 (0,58 - 0,99)) e RAB3B de 97,06%(IC: 84,7-99,9%); AUC (IC95%): 0,89 (0,75 - 0,97)) mas especificidade baixa para o diagnóstico de meningiomas, enquanto o gene PIP5K1A apresenta alta especificidade diagnóstica de 100% (IC:54,1-100%), AUC (IC95%): 0,65 (0,49 - 0,80). Os miRNAs séricos miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 de pacientes com meningiomas apresentaram excelente sensibilidade e especificidade diagnóstica e o miR-133b apresentou alta sensibilidade diagnóstica no tecido tumoral. Dentre os graus de meningiomas, verifica-se, de forma significativa (p: 0,001), uma diferença estimada de expressão do gene PIK3C2B de 1,5 vezes entre o grau I e II. Observa-se com significância estatística (p: 0,038) que a expressão dos miRNAs no tecido tumoral miR-125a-5p é maior no meningioma grau III em relação ao grau II, miR-143 é maior no meningioma grau I em relação aos graus II e III e o miR-345 é maior no grau I que no grau II. Conclusões: Verifica-se alta sensibilidade diagnóstica em meningiomas para os genes PIK3C2B e RAB3B e alta especificidade para o gene PIP5K1A. Os miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 demonstram alto potencial como biomarcadores séricos em meningiomas (hipoexpressão global) com alta sensibilidade e especificidade diagnóstica. Ao avaliarmos o grau dos meningiomas, constata-se uma maior expressão do gene PIK3C2B nos meningiomas grau (I > II), do miR-125a-5p (III>II), do miR-143 (I>III) e do miR-345 (I>II). |
id |
USP_3979f30ab3997a3bfff1177fe215ed57 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-29062023-141530 |
network_acronym_str |
USP |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository_id_str |
2721 |
spelling |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoralDiagnostic potential of genes PIK3C2B, PIP5K1A and RAB3b and microRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 and miR-345 in meningiomas and their correlation with tumor gradeGene PIK3C2BGene PIP5K1AGene RAB3BMeningiomaMeningiomaMicro RNAsMicro RNAsPIK3C2B genePIP5K1A geneRAB3B geneIntrodução: Meningiomas são os tumores primários mais comum do sistema nervoso central sendo originados a partir de grupamentos celulares da aracnóide. Vários tratamentos de meningiomas intracranianos são propostos sendo a única possibilidade de cura sua ressecção macroscópica e microscópica completa. Alterações cromossômicas são bem documentadas na literatura, especialmente relacionada à monossomia do cromossomo 22, sendo a segunda anormalidade cromossômica mais comum a perda do braço curto do cromossomo 1. Diversas modificações epigenéticas e de micro RNAs (miRNAs) também podem ser reguladores importantes em algumas vias de tumorigênese e progressão de grau. Objetivo: Nosso objetivo foi analisar a expressão tumoral dos genes PIK3C2B, PIP5K1A (via PI3K/AKT) e RAB3B (via da RAS/RAF/MEK/ERK) do cromossomo 1 e a expressão sérica e tumoral dos miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-345 e miR-143 em meningiomas e avaliar seu potencial diagnóstico e sua correlação com o grau tumoral. Metodologia: Após análise global de genes e miRNAs por análise de microarranjo em 14 meningiomas grau I e 3 amostras de aracnóides não relacionadas a amostras tumorais foram selecionados os genes de interesse PIK3C2B e PIP5K1A e o gene RAB3B presentes no cromossomo 1. Foram selecionados os miRNAs relacionados à expressão diferencial dos genes acima: miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345. Em seguida, foi avaliada a expressão destes miRNAs (tecido tumoral e plasma) e do genes PIP3KC2B, PIP5K1A e RAB3B, por meio da técnica de PCR em tempo real, em meningiomas grau I, II e III, respectivamente com 14, 14 e 6 pacientes e 6 aracnóides não relacionadas a tecido tumoral como controle para sua validação como biomarcadores e marcadores de grau tumoral. Resultados: No tecido tumoral verifica-se sensibilidade relativamente alta para os genes PIK3C2B de 79,41% (IC: 62,1-91,3%); AUC (IC95%): 0,89 (0,58 - 0,99)) e RAB3B de 97,06%(IC: 84,7-99,9%); AUC (IC95%): 0,89 (0,75 - 0,97)) mas especificidade baixa para o diagnóstico de meningiomas, enquanto o gene PIP5K1A apresenta alta especificidade diagnóstica de 100% (IC:54,1-100%), AUC (IC95%): 0,65 (0,49 - 0,80). Os miRNAs séricos miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 de pacientes com meningiomas apresentaram excelente sensibilidade e especificidade diagnóstica e o miR-133b apresentou alta sensibilidade diagnóstica no tecido tumoral. Dentre os graus de meningiomas, verifica-se, de forma significativa (p: 0,001), uma diferença estimada de expressão do gene PIK3C2B de 1,5 vezes entre o grau I e II. Observa-se com significância estatística (p: 0,038) que a expressão dos miRNAs no tecido tumoral miR-125a-5p é maior no meningioma grau III em relação ao grau II, miR-143 é maior no meningioma grau I em relação aos graus II e III e o miR-345 é maior no grau I que no grau II. Conclusões: Verifica-se alta sensibilidade diagnóstica em meningiomas para os genes PIK3C2B e RAB3B e alta especificidade para o gene PIP5K1A. Os miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 demonstram alto potencial como biomarcadores séricos em meningiomas (hipoexpressão global) com alta sensibilidade e especificidade diagnóstica. Ao avaliarmos o grau dos meningiomas, constata-se uma maior expressão do gene PIK3C2B nos meningiomas grau (I > II), do miR-125a-5p (III>II), do miR-143 (I>III) e do miR-345 (I>II).Introduction: Meningiomas are the most common primary tumors of the central nervous system, originating from arachnoid cell clusters. Several treatments for intracranial meningiomas are proposed, with complete macroscopic and microscopic resection being the only possibility of cure. Chromosomal alterations are well documented in the literature, especially related to monosomy of chromosome 22, the second most common chromosomal abnormality being loss of the short arm of chromosome 1. Several epigenetic and microRNAs (miRNAs) modifications may also be important regulators in some pathways of tumorigenesis and grade progression. Objective: Our objective was to analyze the tumor expression of genes PIK3C2B, PIP5K1A (via PI3K/AKT) and RAB3B (via RAS/RAF/MEK/ERK) of chromosome 1 and the serum and tumor expression of miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-345 and miR-143 in meningiomas and evaluate their diagnostic potential and their correlation with tumor grade. Methodology: After global analysis of genes and miRNAs by microarray analysis in 14 grade I meningiomas and 3 samples of arachnoids not related to tumor samples, the genes of interest PIK3C2B and PIP5K1A and the RAB3B gene present on chromosome 1 were selected. related to the differential expression of the above genes: miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 and miR-345. Then, the expression of these miRNAs (tumor tissue and plasma) and the PIP3KC2B, PIP5K1A and RAB3B genes was evaluated using the real-time PCR technique in grade I, II and III meningiomas, respectively with 14, 14 and 6 patients and 6 arachnoids not related to tumor tissue as controls for their validation as biomarkers and tumor grade markers. Results: In tumor tissue there is a relatively high sensitivity for the PIK3C2B genes of 79.41% (CI: 62.1-91.3%); AUC (95% CI: 0.89 (0.58 - 0.99)) and 97.06% RAB3B (CI: 84.7-99.9%); AUC (CI95%): 0.89 (0.75 - 0.97)) but low specificity for the diagnosis of meningiomas, while the PIP5K1A gene has a high diagnostic specificity of 100% (CI:54.1-100%). AUC (95% CI): 0.65 (0.49 - 0.80). Serum miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 and miR-345 from patients with meningiomas showed excellent diagnostic sensitivity and specificity and miR-133b showed high diagnostic sensitivity in tumor tissue. Among the grades of meningiomas, there is, significantly (p: 0.001), an estimated 1.5-fold difference in PIK3C2B gene expression between grades I and II. It is observed with statistical significance (p: 0.038) that the expression of miRNAs in the tumor tissue miR-125a-5p is higher in grade III meningioma compared to grade II, miR-143 is higher in grade I meningioma compared to grade II and III and miR-345 is higher in grade I than in grade II. Conclusions: There is high diagnostic sensitivity in meningiomas for the PIK3C2B and RAB3B genes and high specificity for the PIP5K1A gene. miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 and miR-345 miRNAs demonstrate high potential as serum biomarkers in meningiomas (global hypoexpression) with high diagnostic sensitivity and specificity. When we assess the grade of meningiomas, a higher expression of the PIK3C2B gene is observed in grade meningiomas (I > II), of miR-125a-5p (III>II), of miR-143 (I>III) and of miR- 345 (I>II).Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPCarlotti Junior, Carlos GilbertoNery, Breno2023-04-10info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17137/tde-29062023-141530/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-07-06T13:26:18Zoai:teses.usp.br:tde-29062023-141530Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-07-06T13:26:18Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral Diagnostic potential of genes PIK3C2B, PIP5K1A and RAB3b and microRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 and miR-345 in meningiomas and their correlation with tumor grade |
title |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral |
spellingShingle |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral Nery, Breno Gene PIK3C2B Gene PIP5K1A Gene RAB3B Meningioma Meningioma Micro RNAs Micro RNAs PIK3C2B gene PIP5K1A gene RAB3B gene |
title_short |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral |
title_full |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral |
title_fullStr |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral |
title_full_unstemmed |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral |
title_sort |
Potencial diagnóstico dos genes PIK3C2B, PIP5K1A e RAB3b e dos micro RNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 em meningiomas e sua correlação com o grau tumoral |
author |
Nery, Breno |
author_facet |
Nery, Breno |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Carlotti Junior, Carlos Gilberto |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Nery, Breno |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Gene PIK3C2B Gene PIP5K1A Gene RAB3B Meningioma Meningioma Micro RNAs Micro RNAs PIK3C2B gene PIP5K1A gene RAB3B gene |
topic |
Gene PIK3C2B Gene PIP5K1A Gene RAB3B Meningioma Meningioma Micro RNAs Micro RNAs PIK3C2B gene PIP5K1A gene RAB3B gene |
description |
Introdução: Meningiomas são os tumores primários mais comum do sistema nervoso central sendo originados a partir de grupamentos celulares da aracnóide. Vários tratamentos de meningiomas intracranianos são propostos sendo a única possibilidade de cura sua ressecção macroscópica e microscópica completa. Alterações cromossômicas são bem documentadas na literatura, especialmente relacionada à monossomia do cromossomo 22, sendo a segunda anormalidade cromossômica mais comum a perda do braço curto do cromossomo 1. Diversas modificações epigenéticas e de micro RNAs (miRNAs) também podem ser reguladores importantes em algumas vias de tumorigênese e progressão de grau. Objetivo: Nosso objetivo foi analisar a expressão tumoral dos genes PIK3C2B, PIP5K1A (via PI3K/AKT) e RAB3B (via da RAS/RAF/MEK/ERK) do cromossomo 1 e a expressão sérica e tumoral dos miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-345 e miR-143 em meningiomas e avaliar seu potencial diagnóstico e sua correlação com o grau tumoral. Metodologia: Após análise global de genes e miRNAs por análise de microarranjo em 14 meningiomas grau I e 3 amostras de aracnóides não relacionadas a amostras tumorais foram selecionados os genes de interesse PIK3C2B e PIP5K1A e o gene RAB3B presentes no cromossomo 1. Foram selecionados os miRNAs relacionados à expressão diferencial dos genes acima: miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345. Em seguida, foi avaliada a expressão destes miRNAs (tecido tumoral e plasma) e do genes PIP3KC2B, PIP5K1A e RAB3B, por meio da técnica de PCR em tempo real, em meningiomas grau I, II e III, respectivamente com 14, 14 e 6 pacientes e 6 aracnóides não relacionadas a tecido tumoral como controle para sua validação como biomarcadores e marcadores de grau tumoral. Resultados: No tecido tumoral verifica-se sensibilidade relativamente alta para os genes PIK3C2B de 79,41% (IC: 62,1-91,3%); AUC (IC95%): 0,89 (0,58 - 0,99)) e RAB3B de 97,06%(IC: 84,7-99,9%); AUC (IC95%): 0,89 (0,75 - 0,97)) mas especificidade baixa para o diagnóstico de meningiomas, enquanto o gene PIP5K1A apresenta alta especificidade diagnóstica de 100% (IC:54,1-100%), AUC (IC95%): 0,65 (0,49 - 0,80). Os miRNAs séricos miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 de pacientes com meningiomas apresentaram excelente sensibilidade e especificidade diagnóstica e o miR-133b apresentou alta sensibilidade diagnóstica no tecido tumoral. Dentre os graus de meningiomas, verifica-se, de forma significativa (p: 0,001), uma diferença estimada de expressão do gene PIK3C2B de 1,5 vezes entre o grau I e II. Observa-se com significância estatística (p: 0,038) que a expressão dos miRNAs no tecido tumoral miR-125a-5p é maior no meningioma grau III em relação ao grau II, miR-143 é maior no meningioma grau I em relação aos graus II e III e o miR-345 é maior no grau I que no grau II. Conclusões: Verifica-se alta sensibilidade diagnóstica em meningiomas para os genes PIK3C2B e RAB3B e alta especificidade para o gene PIP5K1A. Os miRNAs miR-125a-5p, miR-133b, miR-143 e miR-345 demonstram alto potencial como biomarcadores séricos em meningiomas (hipoexpressão global) com alta sensibilidade e especificidade diagnóstica. Ao avaliarmos o grau dos meningiomas, constata-se uma maior expressão do gene PIK3C2B nos meningiomas grau (I > II), do miR-125a-5p (III>II), do miR-143 (I>III) e do miR-345 (I>II). |
publishDate |
2023 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2023-04-10 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
format |
doctoralThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17137/tde-29062023-141530/ |
url |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17137/tde-29062023-141530/ |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.none.fl_str_mv |
|
dc.rights.driver.fl_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. info:eu-repo/semantics/openAccess |
rights_invalid_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.coverage.none.fl_str_mv |
|
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
instacron_str |
USP |
institution |
USP |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
_version_ |
1809091177971974144 |