Genotipagem de marcadores do tipo InDel em uma amostra da população urbana brasileira

• Autor(a) principal: Souza, Juliet Figueiredo Gonçalves de
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-02122020-115858/
• topic: Distâncias genéticas e ancestralidade; DNA Mixtures; Forensic parameters; Genetic distances and ancestry; InDel; InDel; Misturas de DNA; Parâmetros forenses; Parâmetros populacionais; Populational parameters

Marcadores do tipo InDel podem ser utilizados em casos de misturas de DNA entre dois indivíduos para detectar e quantificar diferentes linhagens. Além disso, os lócus InDels podem apresentar três genótipos, homozigoto para inserção (ii), deleção (dd) e heterozigoto (id). As misturas de DNA mais estudadas são DNA fetal livre de células e quimerismo pós-transplante de células tronco hematopoiéticas. Nesses dois casos, um lócus será informativo quando os dois indivíduos apresentarem genótipos diferentes, ou seja, em casos de gestantes, a mãe obrigatoriamente terá que ter uma linhagem diferente do feto. Em casos de quimerismo, o doador e o receptor obrigatoriamente têm que ter genótipos diferentes para que se possa detectar e quantificar o DNA. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi descrever um painel de 18 lócus InDels, com primers flanqueadores e alelo-específicos que possa ser útil em detectar linhagens especificas de DNA em uma mesma solução. Dentre os 18 lócus, nove já haviam sido descritos anteriormente em pesquisas desenvolvidas em nosso laboratório, outros nove foram descritos pela primeira vez em uma população brasileira neste trabalho. Foram calculadas as frequências alélicas desta população para utiliza-las em dados estatísticos (parâmetros populacionais, forenses, distâncias genéticas e estimativa de ancestralidade). Também foram desenvolvidas duas equações para determinar a informatividade dos lócus em casos de misturas em que coexistem diferentes linhagens, ou seja, as equações foram desenvolvidas utilizando as frequências alélicas encontradas na população. Para casos de solução materno-fetal a equação é dada por pq e em casos de quimerismo por 2pq(1-pq). Os 18 lócus apresentaram uma probabilidade mínima de 98% em que pelo menos um traga a informação para detectar uma linhagem especifica. Os lócus apresentaram valores altos de parâmetros forenses (Poder de exclusão: 96% e probabilidade de discriminação: 99%) considerando que são lócus bialélicos. Nas análises de distâncias genéticas e ancestralidade realizadas em nossa população, a amostra da população brasileira está mais próxima das populações Europeias e Americanas e obteve maior proporção de ancestralidade da população Europeia, seguida de Africana e uma porcentagem baixa com Leste-asiático.