Impactos da inclusão de corridas de homozigosidade em processos de acasalamento dirigido em uma população simulada de bovinos de corte

• Autor(a) principal: Selli, Alana
• Data de Publicação: 2024
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-20062024-120257/
• topic: Data simulation; Genomic selection; Homozigosidade; Homozygosity; Seleção genômica; Simulação de dados

Este trabalho teve como objetivo aplicar diferentes estratégias de seleção em relação aos perfis de corridas de homozigosidade em uma população (via dados simulados), além de investigar o impacto de tais estratégias sob o aumento ou redução do valor genético estimado (EBV) de uma característica e outros parâmetros relacionados à variabilidade genética da população. Para isso, uma população de bovinos de corte foi simulada com o pacote R AlphaSimR, contendo 5 cromossomos com diferentes tamanhos e números de loci de interesse econômico (QTL, do inglês Quantitative Trait Loci), correspondentes a uma característica com herdabilidade de 0,3. A partir da simulação inicial, foram testadas três estratégias de seleção e acasalamentos dirigidos. (1) EBV + Fped: valores genéticos estimados através do pedigree e fenótipo, e o coeficiente de endogamia baseado em Pedigree. (2) GEBV + Fg: valores genéticos estimados através de informações de marcadores genéticos do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism), e coeficiente de endogamia genômico. (3) GEBV + Froh: valores genéticos estimados através de informações de marcadores genéticos do tipo SNP, e coeficiente de endogamia baseado em corridas de homozigosidade. A estratégia GEBV + Froh produziu consistentemente valores genéticos verdadeiros e fenótipos superiores. O Fg foi mais baixo quando utilizada a estratégia GEBV + Fg, no entanto a mesma estratégia promoveu a formação de corridas de homozigosidade maiores e mais frequentes no genoma. A estratégia mais eficiente para minimizar a porcentagem do genoma coberta por ROHs, no entanto, foi a EBV + Fped. As avaliações genéticas de cada animal da população, assim como os respectivos coeficientes de endogamia, foram desenvolvidos via mescla de ativações em tempo real de softwares já existentes (BLUF90, PLINK), por meio de uma interface desenvolvida em linguagem R. Algumas limitações foram pontuadas, tais quais o tamanho populacional utilizado e a adequação de certos parâmetros da simulação, e possíveis soluções foram propostas.