Análise filogenética dos coronavírus aviários isolados em diferentes regiões do Brasil

• Autor(a) principal: Barbosa, Carla Meneguin
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-05012021-130421/
• topic: Aves domésticas; Aves migratórias; Aves silvestres; Brasil; Brazil; Coronavirus; Coronavírus; Domestic birds; Migratory birds; Wild birds

O desmatamento e as mudanças de ambiente causadas pelo homem levam a drásticas alterações dos padrões de migração das aves. A contínua perda e fragmentação do habitat ao longo dos corredores das grandes rotas migratórias criam gargalos, resultando em superpopulação e aglomerados de espécies contribuem para aquisição e carreamento de diferentes patógenos ao longo destas rotas, incluindo os coronavirus (CoVs). Maiores vírus de RNA conhecidos, os CoVs possuem grande capacidade de se adaptar a novos hospedeiros e nichos ecológicos, sendo a emergência dos vírus causadores da SARS e da MERS, a partir de vírus de morcegos, os exemplos mais notáveis. Apesar de sua relevância e da complexidade destes agentes, são escassos os estudos de detecção e caracterização genética destes vírus, em especial em aves selvagens. Desta forma este trabalho visa detectar, analisar e discutir a diversidade destes agentes em aves nos locais de parada e invernada de aves migratórias. Para tal, 852 amostras aviárias provenientes de diferentes regiões do Brasil foram submetidas a extração de RNA total seguida das reações de Transcrição Reversa (RT), Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e Nested-PCR, com primers que têm como alvo uma região do ORF 1ab codificante do gene da RpRd viral, e os resultados foram visualizados através de eletroforese em gel de agarose. Deste total, 15 apresentaram resultados positivos para CoVs sendo que em 5 delas foi possível a confirmação por sequenciamento pelo método de Sanger. Adicionalmente, outras 6 amostras de CoVs de um estudo anterior*, foram analisadas visando dar continuidade nos estudos de caracterização viral. Na análise filogenética das sequências da região da ORF 1ab destas 11 amostras, 3 delas se agruparam com o gênero dos Deltacoronavírus. Este grupo tem especial importância por ter um reconhecido potencial de transmissão e emergência de aves para mamíferos, a exemplo do PorCoV HKU15, associado a surtos fatais em suínos. As 8 demais amostras foram agrupadas com o gênero dos Gammacoronavírus, ao qual pertence o vírus causador da doença da Bronquite Infecciosa em galinhas, o mais conhecido CoV aviário, causador de grandes perdas econômicas, que se desenvolve no trato respiratório, reprodutor, gastrointestinal e rins. Com a finalidade de obter sequências também de outras regiões do vírus, foi possível a submissão de 6 destas amostras à plataforma Ion Torrent S5™ System. Duas delas resultaram em sequências das regiões N e 3’UTR, que não somente confirmaram o agrupamento destas amostras com o gênero dos Gammacoronavirus, mas também demonstraram a proximidade destes ao vírus causador da Bronquite Infecciosa em galinhas. Este trabalho demonstrou presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas em diversos pontos das rotas migratórias brasileiras e a caracterização de algumas destas amostras, colaborando assim para o entendimento da epidemiologia deste agente. \"Coronavírus em aves silvestres e domésticas provenientes de diferentes regiões do Brasil\" *