Caracterização epidemiológica e microbiológica da disseminação do gene de resistência plasmidial à colistina, mcr-1, no Hospital das Clínicas da FMUSP

• Autor(a) principal: Nagano, Debora Satie
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-14112019-093806/
• topic: Carbapenêmicos; Carbapenems; Colistin; Colistina; Cross infection; Enterobacteriaceae; Enterobacteriaceae; Infecção hospitalar; MCR-1; MCR-1; Plasmídeos; Plasmids

Introdução: O gene de resistência plasmidial à colistina, mcr-1 (do inglês mobile colistin resistance) foi identificado pela primeira vez no final de 2015 e desde então foi descrito em isolados de animais, humanos e ambiente. Entretanto, estudos conduzidos em hospitais brasileiros são escassos. Objetivos: Descrever a disseminação de mcr-1 em unidades que apresentaram pacientes (caso) com infecção e/ou colonização por Enterobactérias resistentes a colistina e sensíveis a carbapenêmicos, e em pacientes hospitalizados na mesma unidade e período que os casos (contactantes), entre agosto de 2016 a janeiro de 2017. Avaliar outros mecanismos de resistência à colistina desses isolados. Material e Métodos: Foi realizada coleta de amostras com swab retal, processamento em ágar MacConkey e triagem em meio com colistina. Todos os isolados obtidos foram testados para mcr-1 por PCR e confirmados por sequenciamento Sanger. Foi criado um banco de dados no programa Epi InfoTM (CDC) com variáveis clínicas e demográficas dos pacientes. Análise univariada dos fatores de risco associados com aquisição do gene mcr-1 foi realizada e o valor de p <= 0.05 foi considerado significativo. Variáveis significativas foram colocadas em um modelo de regressão logística. Foram realizadas concentração inibitória mínima para colistina, meropenem e imipenem; extração de DNA plasmidial; PCR para plasmídeo tipo IncX4; sequenciamento total do genoma; conjugação e teste para bomba de efluxo com CCCP dos isolados positivos para o gene mcr-1. Resultados: Todos os contactantes dos 3 casos, totalizando 20 pacientes identificados entre setembro de 2016 a janeiro de 2017 foram avaliados. O tempo de hospitalização médio prévio a coleta de amostras foi de 21 dias para os 23 pacientes, 54 dias para os 3 pacientes caso e 16 dias para os 20 contactantes. O uso de meropenem, tempo de uso de meropenem e de colistina durante internação, ser submetido a cirurgia e tempo de internação prévio a coleta foram considerados fatores de risco para aquisição de mcr-1 na análise univariada. Entretanto, apenas tempo de uso meropenem foi fator de risco foi fator de risco independente. Foram obtidos 7 isolados positivos para mcr-1 de K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. aerogenes, P. mirabilis, P. stuartii e M. morganii, sendo as últimas 3 espécies intrinsecamente resistentes à colistina. Porém, não foi possível transferir o gene mcr-1 por conjugação. O gene mcr-1 não foi encontrado por sequenciamento total do genoma, mas o PCR foi confirmado por sequenciamento Sanger em 5 isolados (2 K. pneumoniae, 1 K. aerogenes, 1 M. morganii e 1 P. mirabilis). Nenhum isolado foi positivo para plasmídeo tipo IncX4 por PCR nem por sequenciamento total do genoma. Dois isolados de K. pneumoniae, resistentes à colistina, ao meropenem e ao imipenem eram coprodutores de KPC-2, além de variadas ESBLs. Um isolado de K. quasipneumoniae (anteriormente K. pneumoniae pertencente ao ST-1308) foi descrito pela primeira vez no Brasil como carreador de mcr-1. Os isolados de Klebsiella spp. também apresentaram inativação de mgrB, relacionado a resistência a colistina. Todos os isolados sequenciados apresentaram diminuição de CIM para colistina na presença de inibidor de bomba de efluxo (CCCP). Os genes codificadores de AcrAB-TolC de bomba de efluxo apresentaram mutações no isolado de P. stuartii que também teve variação menor de CIM. Conclusão: O gene mcr-1 foi identificado em diferentes gêneros e espécies de Enterobactérias, incluindo as intrinsecamente resistentes à colistina. Outros mecanismos de resistência à colistina como mutação cromossômica e bomba de efluxo, foram observados em isolados carreadores de mcr-1, evidenciando a complexidade da resistência a colistina nas Enterobactérias. O tempo de uso de meropenem foi o único fator de risco independente para aquisição do gene mcr-1